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  • 1  长双歧杆菌NCC2705葡萄糖与乳糖代谢的比较蛋白质组学
    何湘 刘大伟 孙忠科 王芳 姜铮 赵红庆 陈宣男 黄留玉 袁静
    2008, 48(11):1451-1458.
    [摘要](17430) [HTML](0) [PDF 717.24 K](1647)
    摘要:
    摘要:【目的】以本实验室前期构建的长双歧杆菌NCC2705菌株蛋白质参考图谱为基础,研究长双歧杆菌发酵乳糖和葡萄糖的比较蛋白质组学。【方法】采用ImageMaster 2D Elite Platnum Version 5.0 比较分析3倍以上蛋白差异点;利用MALDI-TOF进行差异蛋白鉴定, 每个蛋白质点的肽指纹图谱在长双歧杆菌NCC2705菌株的蛋白质数据库用Mascot进行检索;采用Pro-Q磷酸化试剂进行磷酸化蛋白的染色。【结果】鉴定到31个蛋白表达发生显著变化,在乳糖发酵中14 个蛋白上调17个蛋白下调。这些蛋白为亲水性酸性蛋白,它们基因的CAI值均在0.5以上,主要包括糖代谢相关蛋白、应激蛋白、转录和翻译相关蛋白,还有一些未知功能的蛋白。此外,有两个蛋白:转醛缩酶(BL0715,transaldolase,tal)L3蛋白点和丙酮酸激酶(BL0988, pyruvate kinase, pyk)G9蛋白点发生了磷酸化作用。【结论】长双歧杆菌NCC2705在乳糖中生长快于葡萄糖,它们的降解途径是相同的;转醛缩酶和丙酮酸激酶发生了翻译后修饰作用,推测转醛缩酶在43T和47S发生了磷酸化,而丙酮酸激酶在65S发生了磷酸化。
    2  丝状真菌红褐肉座菌(Hypocrea jecorina)纤维素酶基因的转录调控研究进展
    辛琪 徐金涛 汪天虹 刘巍峰 陈冠军
    2010, 50(11):1431-1437.
    [摘要](3973) [HTML](0) [PDF 709.24 K](1267)
    摘要:
    摘要:红褐肉座菌(Hypocrea jecorina, 即Trichoderma reesei的有性型)是工业上重要的纤维素酶生产菌株,也是用于研究纤维素酶和半纤维素酶基因转录调控机制的模式菌株。在诱导物存在的条件下,H. jecorina可以迅速启动这些糖苷水解酶基因的转录表达,但不同的诱导物对纤维素酶和半纤维素酶基因的诱导表达模式存在一定差异。目前对不溶性诱导物如结晶纤维素如何诱导这些基因的起始转录问题有三种假设;并且已发现某些参与调控纤维素酶基因转录的正调控因子(Xyr1、Ace2、Hap2/3/5)和负调控因子(Ace1、Cre1),这些调控因子可在纤维素酶基因启动子上结合且彼此间可能发生相互作用。本文系统综述了红褐肉座菌纤维素酶基因转录表达调控中的关键因素及其相互作用的相关研究进展。
    3  高通量测序技术及其在微生物学研究中的应用
    秦楠 栗东芳 杨瑞馥
    2011, 51(4):445-457.
    [摘要](3888) [HTML](0) [PDF 1.14 M](4359)
    摘要:
    摘要:20世纪70年代发明的核酸测序技术为基因组学及其相关学科的发展做出了巨大贡献,本世纪初发展的以Illumina公司的Solexa,ABI公司的SOLiD,和Roche公司的454技术为代表的高通量测序技术又为基因组学的发展注入了新活力。本文在阐述这些技术的基础上,着重讨论了新一代测序技术在微生物领域中的应用。
    4  在基于BAC的EB病毒基因组中引入突变
    卢建红 唐运莲 周鸣 武明花 欧阳珏 高建明 张荔茗 李丹 陈琼 熊炜 李小玲 唐珂 李桂源
    2008, 48(3):385-390.
    [摘要](2958) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](1947)
    摘要:
    为了在Epstein-Barr病毒(EBV)172kb的基因组中引入突变以研究基因功能, 建立了一种简单有效的基因操作方法。在载体pcDNA3.1(+)上操作, 将两端含有重组蛋白FLP识别位点(FRT)的卡那霉素筛选标记基因(kan)与鼻咽癌(NPC)来源的、包含LMP1基因全长ORF的gDNA“无缝”连接(无外源序列插入)。连接后的kan-LMP1线性DNA片段经转化、由λ噬菌体中redαβγ系统介导在E.coli中发生同源重组(ET克隆), 用kan-LMP1替代了BAC-EBV(p2089)中相应的LMP1基因区域, 然后经过重组蛋白FLP对FRT-kan-FRT特异性的识别, 切除了引入的kan基因, 留下一个69bp的FRT“疤痕”。通过抗性筛选和对菌液进行PCR扩增可以鉴定突变子。这种经改进并程序化的方法, 也适应于引入其它突变或在其它BAC-疱疹病毒基因组中引入突变。
    5  稳定性同位素核酸探针技术DNA-SIP 原理与应用
    贾仲君
    2011, 51(12):1585-1594.
    [摘要](2660) [HTML](0) [PDF 738.15 K](4977)
    摘要:
    摘要:稳定性同位素核酸探针技术DNA-SIP(Stable isotope probing),是将复杂环境中微生物物种组成及其生理功能耦合分析的有力工具。微生物的体积在μm 尺度,因此,自然环境中微生物群落在μm 尺度下生理过程的发生、发展,其新陈代谢物质在环境中累积与消减的动力学变化规律,形成了微生物生理生态过程,决定了不同尺度下生态系统物质和能量的良性循环。利用稳定性同位素示踪复杂环境中微生物基因组DNA,实现了单一微生物生理过程研究向微生物群落生理生态研究的转变,能在更高更复杂的整体水平上定向发掘重要微生物资源,推动微生物生理生态学和生物技术开发应用。本文重点探讨了DNA-SIP 的技术原理、主要技术瓶颈及对策,初步展望了DNA-SIP 为基础的环境微生物基因组学发展趋势。
    6  过量表达NADH氧化酶加速光滑球拟酵母合成丙酮酸
    董志姚 李秀芬 刘立明 堵国成 陈坚
    2008, 48(8):1061-1066.
    [摘要](2615) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](1803)
    摘要:
    【目的】进一步提高光滑球拟酵母(Torulopsis glabrata)发酵生产丙酮酸的生产强度。【方法】将来源于乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)中编码形成水的NADH氧化酶noxE基因过量表达于丙酮酸工业生产菌株T. glabrata CCTCC M202019中,获得了一株NADH氧化酶活性为34.8 U/mg 蛋白的重组菌T. glabrata-PDnoxE。【结果】与出发菌株T. glabrata CCTCC M202019相比,细胞浓度、葡萄糖消耗速率和丙酮酸生产强度分别提高了168%、44.9%和12%,发酵进行到36 h葡萄糖消耗完毕。补加50 g/L葡萄糖继续发酵20 h,则使丙酮酸浓度提高到67.2 g/L。葡萄糖消耗速度和丙酮酸生产强度增加的原因在于形成水的NADH氧化酶过量表达,导致NADH和ATP含量分别降低了18.1%和15.8%,而NAD+增加了11.1%。【结论】增加细胞内NAD+含量能有效地提高酵母细胞葡萄糖的代谢速度及目标代谢产物的生产强度。
    7  RIG-I样受体与RNA病毒识别
    秦成峰 秦鄂德
    2008, 48(10):1418-1423.
    [摘要](2580) [HTML](0) [PDF 454.70 K](1798)
    摘要:
    RIG-I样受体(RIG-I like receptors,RLR)是一类新发现的模式识别受体,能够识别细胞质中的病毒RNA,通过RLR级联信号诱导干扰素和促炎症细胞因子的产生,对抗病毒天然免疫的建立起着非常重要的作用。RLR信号通路既受宿主的严格调控,也能够作为病毒逃避宿主干扰素反应的靶点。本文重点讨论了RLR及其在RNA病毒识别和抗病毒天然免疫中的作用。
    8  单菌多次级代谢产物方法及其在微生物代谢产物研究中的应用
    韦洪娟 林贞建 李德海 顾谦群 朱天骄
    2010, 50(6):701-709.
    [摘要](2491) [HTML](0) [PDF 1.07 M](2282)
    摘要:
    摘要:微生物次级代谢产物的结构多样性赋予其广泛的生物活性,是药物先导化合物的重要来源。然而传统单一的培养方法,使微生物中大量的代谢途径不能被表达,以至于许多代谢产物不能产生。因此,运用各种技术和方法激活这些沉默途径,获得结构多样的代谢产物已成为目前关注的热点。一株菌多种次级代谢产物(One strain many compounds, OSMAC)策略作为一种简便有效的研究手段,已成功应用于该领域的研究。本文综述了OSMAC策略中常用的研究手段(包括改变培养状态、混合培养及添加酶抑制剂等),以及OSMAC与基因组扫描技术相结合的研究进展,并介绍了本研究室利用此方法对高产细胞松弛素的海洋来源真菌曲丽穗霉(Spicaria elegans KLA03)进行研究的部分结果。
    9  大肠杆菌外膜蛋白ompW基因敲除菌的构建及其对两种抗生素的敏感性
    吴贤斌 邹海杰 田丽花 潘建义 赵辅昆
    2012, 52(8):1021-1026.
    [摘要](2480) [HTML](0) [PDF 1.25 M](1751)
    摘要:
    摘要:探讨大肠杆菌ompW基因敲除后,硫酸新霉素和氨苄青霉素对敲除菌最低抑菌浓度(MIC)和生存率的影响,进而分析OmpW 的功能。【方法】运用Red 重组技术将大肠杆菌K12 染色体上基因ompW 敲除,构建缺陷株ΔompW。然后分别测定硫酸新霉素和氨苄青霉素对正常菌和ΔompW 菌的最小抑菌浓度(MIC)及次抑菌浓度(1/2 MIC)下K12 和ΔompW 菌的生存率。【结果】经PCR 鉴定和通过提取膜蛋白进行western blot分析表明,成功获得ompW 敲除菌。抗生素分析表明,K12 菌对硫酸新霉素的MIC 为8.0μg/mL,生存率为98.0%;ΔompW菌对新霉素的MIC为1.7μg/mL,而其生存率仅为39.0%。而k12对氨苄新霉素的MIC为16.0μg/mL,ΔompW为3.3μg/mL;1/2MIC下K12生存率为70.4%,而ΔompW 为30.3%。【结论】ompW基因缺陷株对两抗生素的敏感性大大增强,表明ompW 在细菌抗性方面起着关键作用。
    10  砷的微生物转化及其在环境与医学应用中的研究进展
    张旭 于秀敏 谢亲建 李红玉
    2008, 48(3):408-412.
    [摘要](2468) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](2756)
    摘要:
    砷广泛分布于自然界中, 近年来砷污染及砷中毒事件在全球范围内的频繁发生, 严重威胁着全球上千万人口的健康。砷的迁移与转化等地球化学行为的研究对探明环境中砷的来源以及砷污染整治的方法至关重要。越来越多的研究表明, 自然界中的微生物广泛参与了砷的地球化学循环, 在砷的迁移与转化过程中起到关键作用。综述了近年来砷的微生物转化及其相关酶类与编码基因等的研究进展, 同时结合作者的工作分析与展望了砷的微生物转化在环境与医学中的应用前景。
    11  高通量测序和DGGE分析土壤微生物群落的技术评价
    夏围围 贾仲君
    2014, 54(12):1489-1499. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.12.012
    [摘要](2467) [HTML](0) [PDF 1.48 M](5888)
    摘要:
    摘要:【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,通过高通量测序和DGGE技术分析土壤微生物群落的组成、丰度和多样性,比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性。【结果】在不同的微生物分类水平,高通量测序草地土壤检测到22门,54纲,60目,131科,350属;而DGGE仅检测到6门,9纲,8目,10科,10属,表明DGGE显著低估了土壤微生物的群落组成。森林土壤也得到了类似规律,高通量测序的检测灵敏度是DGGE的3.8、6.7、6.4、19.2及39.4倍。进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度,发现分类水平越低,高通量测序与DGGE的结果差异越大,尤其在科和属的水平上差异最大。以高通量测序结果为标准,DGGE明显高估了土壤中大多数微生物类群的相对丰度,最高可达2000倍。两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林土壤,但DGGE多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果。【结论】高通量测序能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,而DGGE仅能够反映有限的优势微生物类群,在很大程度上极可能低估土壤微生物的物种组成并高估其丰度。
    12  细胞自噬对乙肝病毒感染细胞干扰素表达的影响
    倪扬笑 时迎娣 张迎秋 杨怀义
    2012, 52(11):1385-1391.
    [摘要](2463) [HTML](0) [PDF 1.18 M](2245)
    摘要:
    摘要:【目的】细胞自噬(Autophagy)是真核细胞用于清除胞内聚集物、损伤细胞器而维持其稳态平衡的一种溶酶体降解途径。细胞自噬不仅在细胞生长发育、成熟、分化等过程中起重要作用,且与病毒感染、细胞免疫密切相关。通过研究细胞自噬对乙肝病毒感染的I 型干扰素的影响,为进一步阐明乙肝病毒感染对机体天然免疫反应研究奠定基础。【方法】通过siRNA 干扰Beclin1 和Atg7 表达,检测自噬小体形成,Real-TimePCR检测干扰素因子表达,分析了细胞自噬对乙肝病毒感染细胞中干扰素形成的影响。【结果】干扰Beclin1和Atg7均可抑制细胞自噬发生,抑制细胞自噬可降低干扰素因子的表达,而对细胞活力和细胞凋亡无明显影响。【结论】抑制细胞自噬,可降低HBV 感染细胞中IFNβ 和IFI27 的表达,这在一定程度上意味着,HBV诱导的自噬具有增强感染细胞天然免疫反应的作用。
    13  细菌CRISPR-Cas系统的研究进展
    胡丽 陈实
    2017, 57(11):1643-1652. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20170162
    [摘要](2341) [HTML](39) [PDF 1.20 M](2808)
    摘要:
    获得性免疫长期以来被视为真核生物所独有,而CRISPR-Cas系统的发现则打破了这一定论。它是广泛存在于细菌和古菌中的一种获得性免疫系统,通过捕获整合初次感染的外源核酸片段,在Cas蛋白与crRNA(CRISPR RNAs)的共同作用下抵御相同核酸的再次入侵,以保护宿主免受侵扰。近些年,CRISPR-Cas系统得到广泛的关注和研究。本文主要从细菌微生物角度,对系统分类、作用机制及原核领域应用等取得重要突破的研究进行扼要阐述,为CRISPR-Cas系统的深入探究和应用拓展提供有价值的参考信息。
    14  海洋病毒——海洋生态系统结构与功能的重要调控者
    王慧 柏仕杰 蔡雯蔚 郑天凌
    2009, 49(5):551-559.
    [摘要](2294) [HTML](0) [PDF 368.61 K](2400)
    摘要:
    摘要:作为海洋生态系统中的重要成员,海洋病毒在调节海洋生态系统中的群落结构、种群数量、物质循环、生物间遗传物质的转移以及气候变化等方面起着重要的作用。本文概述了近年来对海洋病毒的研究进展,讨论了海洋病毒对海洋生态系统结构和功能的重要调控作用,并对海洋病毒的研究前景进行了展望。
    15  FLO1基因靠近3'端重复序列对酵母菌絮凝蛋白功能的调控
    岳峰 杜昭励 郭雪娜 何秀萍 张博润
    2013, 53(12):1276-1284.
    [摘要](2255) [HTML](0) [PDF 1.41 M](1469)
    摘要:
    摘要:【目的】研究絮凝基因FLO1 中靠近3'端重复DNA 序列缺失对絮凝蛋白Flo1功能的影响,为遗传稳定的最小絮凝功能基因的构建及酵母菌絮凝特性的可控改造提供理论依据。【方法】通过融合PCR 的方法得到FLO1内靠近3'端重复DNA 序列B、C和D全部缺失的衍生基因FLO1bcd,比较FLO1及FLO1bcd在非絮凝酵母细胞中表达后,菌株在不同条件下絮凝特性的差异。【结果】与表达完整絮凝基因FLO1的酵母菌株YSF1相比,FLO1内靠近3'端重复DNA 序列全部缺失的酵母菌株YSF1bcd的絮凝强度仅略有降低,而且其絮凝特性对钙离子的依赖性、金属离子的敏感性及乙醇敏感性均没有明显变化,但对环境pH以及温度的变化表现出更广泛的适应性,受甘露糖抑制的敏感性也有所降低。【结论】FLO1 中重复DNA序列B、C和D全部缺失与单独缺失C或D一样可以提高絮凝蛋白的构象和功能稳定性,使酵母细胞在极端酸碱环境下仍然表现出明显的絮凝特性;这些重复序列的完全缺失对其他絮凝特性没有明显影响。因此可以通过重复序列删减策略构建遗传稳定的最小絮凝功能基因,为絮凝特性在发酵工业及环境修复方面的可控应用奠定理论 基础。
    16  两个根瘤菌新群的系统发育学分析
    闫爱民 陈文新
    2000, 40(1).
    [摘要](2251) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](1422)
    摘要:
    在数值分类、SDSPAGE 全细胞蛋白分析、DNADNA 杂交、16SrDNAPCRRFLP 的基础上,测定了两个分离自干旱地区苜蓿、草木樨根瘤菌新群1 、2 的中心株XJ96060 、XJ96408 的16SrDNA 全序列,并进一步将中心株和31 株已知菌、3 株分自黄土高原的根瘤菌进行了系统发育学分析。结果表明,供试菌株在系统发育树中基本分成Sinorhizobium 、Mesorhizobium 、AgrobacteriumRhizobium 、Rhizobiu m 、Bradyrhizobium 、Azorhizobium 六个分枝。群1 ,2 落入Sinorhizobiu m 分枝。
    17  云南地区热泉中氨氧化菌丰度对环境条件的响应
    黄秋媛 蒋宏忱 张传伦 李文均 邓诗财 于炳松 董海良
    2010, 50(1):132-136.
    [摘要](2244) [HTML](0) [PDF 509.75 K](1442)
    摘要:
    摘要:【目的】研究热泉中的氨氧化菌对于理解全球氮循环作用至关重要,而人们对于热泉中环境条件对氨氧化菌丰度分布的影响还知之甚少。本研究旨在研究云南热泉中氨氧化菌的丰度以及热泉环境因子(例如:温度、氨浓度及pH等)对氨氧化菌丰度的影响。【方法】在所选取的热泉中,采集沉积物、菌席或泉华样品。使用RNA逆转录、定量聚合酶链式反应及荧光原位杂交等技术对样品中各微生物种群进行定量分析。【结果】所选取的热泉沉积物、菌席或泉华中微生物总量大约为108~109细胞/g。其中,氨氧化古菌(AOA)占样品中微生物总量的0.02~1.32%,而氨氧化细菌数量低于检测下限。地球化学参数和AOA相对丰度的相关性统计分析显示,氨氧化古菌相对丰度值与NH3 、NO2-、NO3-浓度和温度等具有统计学意义上的相关性,而其与Fe2+和及盐度无统计学意义上的相关性。【结论】在所调查的热泉中,氨氧化微生物种群主要由AOA组成,AOA在热泉中的氨氧化生物地球化学过程中起着重要作用。热泉中多个环境因子一起控制着AOA丰度在不同热泉中的分布特征,而某些环境因子,如盐度-和Fe2+浓度,可能不是控制AOA分布特征的关键因素。
    18  单胃动物肠道微生物菌群与肠道免疫功能的相互作用
    杨利娜 边高瑞 朱伟云
    2014, 54(5):480-486. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.05.002
    [摘要](2238) [HTML](0) [PDF 155.81 K](3010)
    摘要:
    摘要: 动物胃肠道栖息着大量的微生物,这些微生物及其代谢产物在营养、免疫等方面对宿主的健康有重要的意义。近年来研究发现肠道微生物与免疫系统间存在密切的交流和互作机制,尽管肠道共生菌具有定植抑制效应,但肠道微生物也可通过其特定组分刺激免疫细胞如Tregs细胞、Th17细胞的分化,肠道菌群的紊乱可能导致细菌移位、肠道屏障功能损伤,影响机体健康。宿主免疫系统可通过分泌多种免疫效应因子如MUC、sIgA、ITF、RegIIIγ、α-防御素等调节肠道微生物的分布和组成,调节肠道菌群的稳态。本文综述了单胃动物肠道微生物菌群的组成,深入探讨了肠道微生物菌群与动物肠道免疫功能之间的相互作用。
    19  微生物群落结构探针杂交评价不同培养基从活性污泥分离优势菌群的能力
    高平平 赵立平
    2003, 43(2).
    [摘要](2221) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](2073)
    摘要:
    用ERICPCR (Enterobacterial Repetitive Intergenic ConsensusPCR)、苯酚羟化酶大亚基基因(LmPHs)扩增和群落结构探针分子杂交检测技术对LB、dCGY、MP和FWM 4种培养基从焦化废水处理厂2个曝气池活性污泥中分离优势功能菌群的能力进行了比较研究。LmPHs扩增显示7种回收菌群中均有以多亚基苯酚羟化酶为代谢途径的苯酚降解菌存在。用代表苯酚降解高峰期活性污泥优势菌组成的总DNA的ERICPCR产物经地高辛标记作为群落结构的混合探针M1和M8,对8种回收菌群的ERICPCR指纹图谱进行杂交检测,不同培养基回收优势菌的能力不同,以废水为基础的FWM培养基从活性污泥中回收到的优势菌种群最多(30.8%~42.9%)。本文建立了用微生物群落结构探针杂交技术对不同培养基回收分离优势菌能力进行评价的方法。
    20  厌氧微生物降解多环芳烃研究进展
    孙明明 滕应 骆永明
    2012, 52(8):931-939.
    [摘要](2206) [HTML](0) [PDF 730.78 K](3692)
    摘要:
    摘要:多环芳烃(PAHs)是一类普遍存在于环境介质中的难降解有机污染物,相对于好氧微生物降解PAHs的研究,厌氧微生物降解PAHs 的研究则相对较少。本文从厌氧微生物降解PAHs 的研究背景,厌氧降解微生物的特点和不同厌氧降解还原反应体系的角度综述了厌氧微生物降解PAHs的概况;结合厌氧微生物降解萘和菲转化途径的介绍,推断了其降解机制的内在原因;同时通过总结影响厌氧微生物降解PAHs的主要因素(包括:PAHs 的生物可利用性、外源营养物质的添加、外源电子受体的添加、特定厌氧降解菌的筛选强 化和部分环境因素等),指出了制约降解进程的潜在限制因子;并对厌氧微生物降解PAHs 研究目前存在的问题和未来的发展方向作了简述与展望。

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