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  • 1  ε-聚赖氨酸产生菌TUST-2的分离鉴定
    贾士儒 许春英 谭之磊 曹伟锋 欧竑宇 贺新义 邓子新
    2010, 50(2):191-196.
    [摘要](1311) [HTML](0) [PDF 1.18 M](21626)
    摘要:
    摘要:【目的】ε-聚赖氨酸是一种天然氨基酸同聚物,本研究目的为分离筛选新的ε-聚赖氨酸产生菌。【方法】采用一种新的分离方法从土壤中分离ε-PL产生菌。分离方法含3步:(1)富集培养ε-PL耐受菌;(2)通过改进的Nishikawa方法筛选;(3)挑选高浓度ε-PL耐受菌株。【结果】从海南省土样中分离获得ε-聚赖氨酸产生菌TUST-2。分类和形态特征属链霉菌属。16S rDNA序列分析比对结果表明TUST-2属淀粉酶产色链霉菌(Streptomyces diastatochromogenes)。经特征反应分析、水解物分析、红外光谱、1H NMR、13C NMR和MALDI-TOF-MS分析表明TUST-2发酵产物为ε-聚赖氨酸。【结论】根据16S rRNA基因序列比对和形态及生理生化特征表明ε-聚赖氨酸产生菌TUST-2属于淀粉酶产色链霉菌,命名为淀粉酶产色链霉菌TUST-2。
    2  洋葱伯克氏细菌是我们的敌人还是朋友?
    罗远婵 谢关林
    2005, 45(4).
    [摘要](957) [HTML](0) [PDF 250.91 K](14768)
    摘要:
    简述了洋葱伯克氏细菌自1949年被鉴定为植物致病菌以来在国内外农业、工业、医学和环保方面对人类的害处和益处,对研究热点、难点及国外对其生物制剂的审批及管理作了讨论和分析,并提出了洋葱伯克氏细菌在我国的几点研究建议。
    3  稻瘟菌MgORP1基因敲除突变株的构建及其表型分析
    林春花 郑服丛
    2008, 48(9):1160-1167.
    [摘要](1105) [HTML](0) [PDF 721.45 K](12655)
    摘要:
    【目的】了解稻瘟病菌中氧固醇结合蛋白(oxysterol-binding proteins related proteins,缩写为ORPs)家族成员组成情况,构建MgORP1基因缺失突变株和互补株,对MgORP1基因功能进行初步研究。 【方法】以ORPs家族的典型结构域“ORD”为靶标,对稻瘟病菌基因组数据库进行BlastP搜索。通过同源重组的策略,构建MgORP1基因缺失突变体,再通过重新导入该基因全长片段获得互补株。然后对野生型、突变体和互补株进行菌落、分生孢子和附着胞形态或形成情况、以及致病力进行比较分析。【结果】稻瘟病菌基因组中含有6个可能的ORPs族蛋白,其中MgORP1基因的破坏降低了稻瘟菌在完全培养基上的菌落生长速率和产孢量。但对菌丝、分生孢子和附着胞的形态,以及在水稻上的致病力没有明显影响。【结论】MgORP1基因可能与稻瘟病菌的菌落生长和产孢量相关。
    4  肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(sTRAIL)在毕赤酵母中的高效表达
    张伟 赵洪亮 薛冲 刘志敏
    2004, 44(3).
    [摘要](715) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](9981)
    摘要:
    从人胎盘总RNA中通过RTPCR方法获得sTRAIL基因的cDNA,并通过构建高拷贝表达载体在毕赤酵母中获得了高效表达,表达量可达40.1mg/L。并对表达产物进行了分离纯化和生物学活性分析,获得了纯度大于90%的纯品,该样品能明显表现出诱导L929肿瘤细胞凋亡的作用,半数致死量为0.18μg/mL,与文献报道的大致相同。
    5  干扰素刺激基因的抗病毒机制
    白思宇 杨倩 仇华吉
    2018, 58(3):361-371. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20170189
    [摘要](1180) [HTML](61) [PDF 620.95 K](9038)
    摘要:
    干扰素刺激基因(Interferon-stimulated genes,ISGs)作为由干扰素(Interferons,IFNs)诱导表达的基因,在宿主抵抗病毒感染的过程中发挥着至关重要的作用。越来越多的研究表明,ISGs能够靶向病毒复制的不同阶段进而抵抗病毒感染。由于ISGs成员众多,且各自的结构及其在细胞中的定位也各不相同,这决定了ISGs在宿主体内以不同机制来发挥抗病毒作用。本文将简要介绍IFNs如何通过JAK-STAT通路调控ISGs的表达,并归纳和讨论不同ISGs家族蛋白较为典型的抗病毒机制。
    6  从阿维菌素获得诺贝尔奖到中国创造
    陈金松 刘梅 张立新
    2016, 56(3):543-558. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20150619
    [摘要](1159) [HTML](32) [PDF 10.77 M](7734)
    摘要:
    纵观世界历史,大国崛起无不伴随着科技的兴起和机制体制的突破。来自大自然的天然产物对于人类的健康起到非常重要的作用,从抗肿瘤明星分子紫杉醇到挽救了无数人生命的抗感染药物青霉素,从治疗代谢疾病到营养保健,都离不开天然产物。此外,还有大量天然产物资源没有被开发过。而随着阿维菌素的发现者Satoshi Ōmura教授和William C. Campbell博士,及青蒿素的发现者屠呦呦研究员因为这两种天然产物在治疗寄生虫感染病和疟疾上的应用而获得2015年诺贝尔生理与医学奖后,天然产物有望迎来其发展的第二个黄金时代。我国是世界工厂也是天然药物的资源大国,为了实现产业升级,弯道超车,实现大国崛起的中国梦,我国科学家在“十二五”期间围绕着天然产物的高产和创新两大主题开展了富有成效的合成生物学研究。阿维菌素是由阿维链霉菌产生的高效低毒生物杀虫剂,其原料产能占国际市场的100%。但我国原有生产菌株的单位发酵产量较低,高消耗、高污染、片面追求生产规模的粗放型发展模式已经成了阻碍低碳经济持续高速发展的瓶颈。如何从根本上解决问题,提高生产菌株的单位发酵产量和原料利用率,降低能耗和生产成本,减少环境污染,是促进我国从“发酵大国”向“发酵强国”转变的关键。本文以阿维菌素为例,综述其基础研究的技术发展,特别是中国科学院微生物研究所引入合成生物学技术,将阿维菌素的单位产量提高了1000倍,至9 g/L,在内蒙古新威远与阿维菌素产业联盟的公司应用,迫使默克公司全面退出阿维菌素历史舞台,从而引领产业迅速发展的过程,为我国其它天然产物生物制造品种的改良提供思路和方法。
    7  FM4-64和Hoechst染料在活细菌胞膜和拟核标记定位中的条件优化与应用
    王净 韩延平 杨瑞馥 赵兴绪
    2015, 55(8):1068-1073. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20140603
    [摘要](828) [HTML](37) [PDF 1.52 M](7599)
    摘要:
    摘要:【目的】为了观察细菌细胞膜和拟核的形态结构,准确对亚细胞进行定位。【方法】本文利用FM4-64和Hoechst两种染料,分别采用不同浓度和不同时间对大肠杆菌活细胞进行染色和荧光共聚焦显微成像,并对7种细菌的活细胞(金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、鼠疫耶尔森菌、军团菌、霍乱弧菌和炭疽芽孢杆菌)进行染色观察。【结果】相同观察条件下,不同染料浓度和不同的染色时间影响了细胞膜、拟核的荧光强度;确定了FM4-64染色通用条件(浓度20 μg/mL 染色1 min)和Hoechst的最佳条件(浓度20 μg/mL染色20min)。上述条件下,Hoechst对8种细菌染色效果均较理想,然而FM4-64对细菌染色效果不同,革兰氏阴性菌(大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、鼠疫耶尔森菌、霍乱弧菌、铜绿假单胞菌和军团菌)表现较好的细胞膜轮廓,革兰氏阳性菌(炭疽芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌)效果较差。【结论】FM4-64和Hoechst两种染料共染8种细菌,对细胞膜和拟核的染色观察,可为原核细胞结构染色提供借鉴,并为大分子的亚细胞定位研究奠定基础。
    8  细菌生物膜研究技术
    李京宝 韩峰 于文功
    2007, 47(3):558-561.
    [摘要](1399) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](7599)
    摘要:
    细菌生物膜是细菌生长过程中为适应生存环境而在固体表面上生长的一种与游走态细胞相对应的存在形式。只要条件允许,绝大多数细菌都可以形成生物膜。一旦形成了生物膜细菌就具有极强的耐药性,在医疗、食品、工业、军事等诸多领域给人类社会带来了严重的危害,造成巨大的经济损失。因此,细菌生物膜已成为全球关注的重大难题,也是目前科学界研究的前沿和热点。本文结合细菌生物膜研究技术的最新进展,重点介绍了几种常用生物膜发生装置及检测量化技术,并对其原理及优缺点进行了讨论。
    9  产油微生物油脂生物合成与代谢调控研究进展
    刘波 孙艳 刘永红 赵宗保
    2005, 45(1).
    [摘要](1250) [HTML](0) [PDF 182.49 K](7370)
    摘要:
    自然界中少量微生物在适宜条件下产生并贮存质量超过其细胞干重20%的油脂,具有这种表型的菌种称为产油微生物。产油微生物利用可再生资源,得到的微生物油脂与植物油脂具有相似的脂肪酸组成,有的还含有丰富的多不饱和脂肪酸,具有广阔开发应用前景。简要介绍了产油微生物的种类和代谢特点,较详细地阐述了微生物产油机制和代谢调控途径的最新研究进展,并对微生物油脂研究的未来发展方向提出了初步见解。
    10  羊毛硫肽类化合物(Lanthipeptide)生物合成新进展
    莫天录 薛林贵 张琪
    2016, 56(3):373-382. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20150427
    [摘要](1690) [HTML](136) [PDF 11.85 M](7087)
    摘要:
    羊毛硫肽化合物(Lanthipeptides)是由核糖体合成并经过翻译后修饰得到的一大类肽类天然产物。这类化合物广泛的产生于不同种类的细菌,具有丰富的结构和生物活性多样性,为活性药物研究和开发提供重要的来源。本文综述了近几年来羊毛硫肽化合物生物合成进展,从其合成酶结构,进化机制,区域和立体选择性控制等方面进行了简要的讨论,展示了羊毛硫肽类化合物生物合成中特殊而迷人的酶学机制。
    11  一株抗真菌解淀粉芽孢杆菌的分离鉴定及其发酵条件的初步研究
    权春善 王军华 徐洪涛 范圣第
    2006, 46(1).
    [摘要](1113) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](6524)
    摘要:
    从堆肥中分离到一株对植物病原菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)具有强烈抗菌活性并具有较广抗菌谱的细菌Q12菌株。通过形态观察、生理生化实验、16S rDNA同源性序列分析以及部分特异性基因序列分析,鉴定该菌为解淀粉芽孢杆菌。该菌的最适培养基组成为:葡萄糖5g/L,NH4Cl 1g/L,牛肉膏 0.8g/L,氯化镁 5g/L。最适培养温度为33℃, 最适培养pH 为6.0, 最适培养时间为40h。
    12  土壤微生物总DNA的提取和纯化
    张瑞福 曹慧 崔中利 李顺鹏 樊奔
    2003, 43(2).
    [摘要](1984) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](6024)
    摘要:
    本文建立了从土壤中提取总DNA的方法,并通过改进使适合于对革兰氏阳性菌的提取。用9种性质不同的土壤进行验证,均提取到了DNA,每克干土的DNA提取量从3.30μg~13.41μg,通过透析袋回收进行纯化,纯化回收率达到65.34%,纯化后的土壤DNA可以直接扩增出16S rDNA。9种土壤的提取率从60.51%~93.45%,可以从每g干土添加362个菌体的土壤中扩增到目的条带。
    13  高通量测序和DGGE分析土壤微生物群落的技术评价
    夏围围 贾仲君
    2014, 54(12):1489-1499. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.2014.12.012
    [摘要](2467) [HTML](0) [PDF 1.48 M](5885)
    摘要:
    摘要:【目的】比较新一代高通量测序与传统的变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)指纹图谱技术,评价两种技术研究土壤微生物群落结构的优缺点。【方法】针对新西兰典型草地和森林土壤,以16S rRNA基因为标靶,通过高通量测序和DGGE技术分析土壤微生物群落的组成、丰度和多样性,比较两种方法在土壤微生物研究中的适用性。【结果】在不同的微生物分类水平,高通量测序草地土壤检测到22门,54纲,60目,131科,350属;而DGGE仅检测到6门,9纲,8目,10科,10属,表明DGGE显著低估了土壤微生物的群落组成。森林土壤也得到了类似规律,高通量测序的检测灵敏度是DGGE的3.8、6.7、6.4、19.2及39.4倍。进一步分析土壤中主要微生物类群的相对丰度,发现分类水平越低,高通量测序与DGGE的结果差异越大,尤其在科和属的水平上差异最大。以高通量测序结果为标准,DGGE明显高估了土壤中大多数微生物类群的相对丰度,最高可达2000倍。两种方法都表明草地土壤的多样性指数高于森林土壤,但DGGE多样性指数的绝对值远低于高通量测序结果。【结论】高通量测序能够较为全面和准确的反映土壤微生物群落结构,而DGGE仅能够反映有限的优势微生物类群,在很大程度上极可能低估土壤微生物的物种组成并高估其丰度。
    14  人类口腔微生物组学研究:现状、挑战及机遇
    周学东 徐健 施文元
    2017, 57(6):806-821. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20170063
    [摘要](1363) [HTML](44) [PDF 537.52 K](5823)
    摘要:
    全球超过一半的人口患有口腔疾病,其医护费用与全球十大常见死亡病因的花费相当,而且口腔感染与早产、动脉粥样硬化、肝硬化、糖尿病、阿尔茨海默病等全身性或慢性疾病显著相关,因此,口腔微生物组一直是人类微生物组计划的主要研究对象之一。与人体其他部位比较,口腔微生物组研究具有取样快捷、宿主反应表征方便、干预手段直接有效等特点;同时,超过65%的口腔细菌类群已可培养,诸多代表性菌株的全基因组信息已破译。因此口腔微生物组在菌群内部调控网络及其与宿主互作机制、局部感染对远隔器官的影响机制、以及基于菌群的慢病早期预警等微生物组研究核心科学问题上具备作为模式研究体系与技术示范对象的重要优势。本文在分析口腔微生物组学国际、国内研究现状的基础上,建议尽快启动中国人口腔微生物组计划(China humanoral microbiome project, CHOMP),通过产学研协同攻关,开拓基于口腔菌群的口腔及全身系统性疾病的个体化预防、诊断及治疗策略。
    15  不同pH条件下除臭生物滤池微生物种群结构的分子生态分析
    陈桐生 李建军 岑英华 孙国萍
    2005, 45(3).
    [摘要](854) [HTML](0) [PDF 340.63 K](5800)
    摘要:
    采用分子生物学方法研究生物滤池中不同pH环境下的微生物种群的基因多样性,通过扩增细菌16S rRNA基因的V3可变区,结合应用变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析除臭生物滤池的生物种群的结构变化,并回收主要的DNA片段,采用PCR测序及T载体克隆测序,明确优势菌群的系统发育地位。结果表明,除臭生物滤池在不同的pH条件下,微生物的多样性及其丰度存在较大差别,强酸性对微生物具有较高的选择作用,与中性条件相比,微生物种群多样性相对较低。同时在滤池的不同层次上也表现出明显的空间分布多样性差异,序列比对显示硫氧化细菌在除臭过程中占有优势地位。为更好的处理恶臭气体提供可靠的科学依据,同时也为生物除臭的应用提供一定的理论基础。
    16  一个新的古菌类群———奇古菌门(Thaumarchaeota)
    张丽梅 贺纪正
    2012, 52(4):411-421.
    [摘要](1932) [HTML](0) [PDF 204.47 K](5633)
    摘要:
    摘要: 基于16S rRNA 基因的系统发育关系,古菌域( Archaea ) 被分为两个主要类群: 广古菌门(Euryarchaeota) 和泉古菌门(Crenarchaeota)。近20 年来,微生物分子生态学技术的快速发展和应用显示,在中温环境中广泛存在着大量的未培养古菌,而且它们可能在自然界重要元素(N、C) 的生物地球化学循环中发挥着重要作用。最初,这些未培养古菌因在16S rRNA 基因系统发育上与泉古菌关系较密切而被称作中温泉古菌( non-thermophilic Crenarchaeota)。而近年来,对更多新发现的中温古菌核糖体RNA 基因序列和其它分子标记物进行的分析均不支持中温泉古菌由嗜热泉古菌进化而来的假设,而揭示其可能代表古菌域中一个独立的系统发育分支。基因组学、生理生态特征等分析也显示中温泉古菌与泉古菌具有明显不同的特征。因而专家建议将这些古菌( 中温泉古菌) 划分为一个新的门,成为古菌域的第三个主要类群—Thaumarchaeota( 意译为奇古菌门)。这一新古菌门提出后得到其他研究证据的支持和认可。本文对目前已知的奇古菌门的分类地位演化、基因组学、多样性和生理代谢特征等作一简要综述。
    17  规律成簇的间隔短回文重复:结构,功能与应用
    崔玉军 李艳君 颜焱锋 杨瑞馥
    2008, 48(11):1549-1555.
    [摘要](1911) [HTML](0) [PDF 273.27 K](5624)
    摘要:
    摘要:规律成簇的间隔短回文重复(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats, CRISPRs)是一类广泛分布于细菌和古菌基因组中的重复结构。最近研究表明,CRISPR与一系列相关蛋白、前导序列一起,为原核生物提供对噬菌体等外源基因的获得性免疫能力,其作用机制可能与真核生物的RNA干扰过程类似。作为基因组中高度可变的区域,CRISPR非常适合成为研究细菌种内分型和微进化的分子靶标。本文综述了CRISPR系统的结构、功能及其应用概况,并对CRISPR研究的前景进行了展望。
    18  Biolog方法在环境微生物群落研究中的应用
    席劲瑛 胡洪营 钱易
    2003, 43(1).
    [摘要](863) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](5485)
    摘要:
    19  革兰氏阴性菌外膜囊泡作为亚单位疫苗的研究进展
    易洁 刘青 孔庆科
    2016, 56(6):911-921. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20150377
    [摘要](1910) [HTML](40) [PDF 7.35 M](5423)
    摘要:
    外膜囊泡(OMVs,Outer membrane vesicles)是一种在革兰氏阴性菌甚至某些革兰氏阳性菌中普遍存在的包含生物学活性物质的囊泡状结构,其大小在20-250 nm之间。其组成成分包括脂多糖、外膜蛋白、磷脂、DNA以及在形成过程中被外膜包裹的周质成分等。由于外膜囊泡不能复制且含有大量的细菌抗原,并能有效激活免疫系统,所以被认为是极具潜力的疫苗候选。虽然外膜囊泡从发现至今有50多年的历史,但针对其作为疫苗的潜力探究最近几年才开始,中国关于这方面的文献报道还很少。本文从外膜囊泡诱导免疫应答的机制以及其作为疫苗的研究进展两个方面概述了外膜囊泡可以作为一种新颖的防控疾病的疫苗策略,为今后外膜囊泡疫苗的深入研究提供参考。
    20  红树林土壤微生物的研究:过去、现在、未来
    蒋云霞 郑天凌 田蕴
    2006, 46(5).
    [摘要](769) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](5368)
    摘要:
    红树林土壤生境的独特性决定了其中微生物的多样性及其资源的珍稀性,对于红树林土壤微生物的研究正在成为热点。然而由于传统研究方法等因素的限制, 至今人们对红树林土壤微生物的系统了解仍较为有限。近年来,基于16S rRNA, 18S rRNA基因的各种分子微生物学技术的迅速发展,红树林土壤微生物的研究亦面临着崭新的局面。文中主要从红树林土壤微生物物种的多样性、生理生化类型的多样性及其在治理污染环境、生物修复作用中的可能性、有效性等方面阐述了红树林土壤微生物的研究进展,并以更合理、有效地开发利用红树林土壤微生物资源为目标,展望了21世纪,以新理念、新技术、新方法进行红树林土壤微生物研究及资源开发的巨大前景。

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