为了探索同源片段长度与糖多孢红霉菌染色体同源重组率的关系，化学合成或用重叠PCR合成带有突变位点、在突变位点两侧长度为（26bp+27bp）、（500bp+576bp）和（1908bp+1749bp）的同源序列，克隆于糖多孢红霉菌同源重组载体pWHM3后，分别构建了pWHM1113、 pWHM1116和 pWHM1119质粒。以PEG介导转化糖多孢红霉菌A226原生质体，3个质粒分别获得每皿30个、69个和170个转化子，但pWHM1113质粒不能与染色体有效整合，pWHM1116质粒与染色体整合率为转化子的2%，而pWHM1119质粒与染色体整合率达到转化子的19%。 pWHM1116和 pWHM1119质粒均可进行有效的染色体二次重组，将突变位位点引入染色体。因此，同源片段长度为（500bp+576bp）或更长时，可与糖多孢红霉菌染色体进行有效的单重组和双重组。