在原核表达中影响外源基因表达效率的因素有很多，这其中翻译起始效率起了非常重要的作用。翻译起始效率又主要受SD序列、SD序列与起始密码子之间的间距、DB（Downstream Box）序列、mRNA翻译起始区（TIR）的二级结构和稀有密码子等因素的影响。主要针对DB序列和5′端稀有密码子的优化设计了软件。通过计算机对序列进行分析比对后，按照匹配碱基数、匹配位置、密码子使用频率平均值的顺序进行排序，给出一些优化序列，并给出了软件算法。