为评价rep-PCR在快速鉴定啤酒污染菌中的应用，首先比较了DNA提取方法，确定CTAB法作为制备rep-PCR的DNA模板的方法。并通过PCR产物直接测序的方法，从分离菌中鉴定得到11种常见的啤酒污染菌。用BOXA1R和(GTG)₅引物扩增分离菌，采用GelComparⅡ软件处理电泳图，构建污染菌的标准指纹图库。经过聚类分析表明，BOXA1R和(GTG)₅对Lactobacillus brevis、L. buchneri、L. casei/paracasei、L. plantarum和L. fermentum的聚类效果具有互补性，并首次提出指纹比对快速鉴定的相似系数阈值的概念。对来自三个不同来源的9株乳酸菌的快速鉴定结果表明，rep-PCR鉴定技术简单、快速、可靠，在快速鉴定方面将具有重要的应用价值。