RNA介导的DNA甲基化作用（RNA-directed DNA Methylation，RdDM）是首次在植物中发现的基因组表观修饰现象，RdDM通过RNA_DNA序列相互作用直接导致DNA甲基化。植物中的RdDM和siRNA介导的mRNA降解现象，都是通过RNA使序列特异性基因发生沉默，它们对于植物的染色体重排、抵御病毒感染、基因表达调控和发育的许多过程起到了非常重要的作用。在植物中有很多的文献报道RdDM现象，但是对于其具体调控机理还不是很清楚。这里对RNA介导的植物DNA甲基化的基本特征进行了简要概述，主要对RdDM机理的研究进展进行了综述，其中包括RdDM过程中的DNA甲基转移酶的种类及其作用机理，DNA甲基化与染色质修饰之间的关系，以及与RdDM相关的重要蛋白质的研究等。在植物中，转录和转录后水平都可能发生RdDM，诱发基因沉默，前者常涉及靶基因启动子的甲基化，后者则牵涉到编码区的甲基化。RdDM的发生依赖于RNAi途径中相似的siRNA和酶，如DCL3、RdR2、SDE4和AGO4。植物中至少含有三类DNA甲基转移酶DRM1/2、MET1和CMT3，其作用部位是与RNA同源的DNA区域中的所有胞嘧啶，而组蛋白H3第九位赖氨酸的甲基化影响着胞嘧啶的甲基化。