本刊自1953年创刊以来，一直设有三个栏目：研究报告、研究简报和小型综述。
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从2005年起，将研究报告细分7个栏目：
1－分类和进
2－遗传学和分子生物学
3－生理和代谢
4－酶和蛋白质
5－生态和环境微生物学
6－侵染和免疫
7－方法
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2010年开始设立的一个新栏目“专论”，与“小型综述”、“研究报告”和“研究简报”并列，论述的内容有别于《微生物学报》自1953年创刊以来57年出版模式。根据编辑约到的稿件的情况，将会不定期发表。
目的：
（1）为了丰富《微生物学报》的内容，让从事微生物研究的人员对学科有一个更广、更高的认识。
（2）编辑部需要争取一些特约稿，增加《微生物学报》的点击率，以扩大期刊的影响。
稿件来源：
（1）作者范围定位在3个范围，邀请他们结合自己的研究领域、各自的工作为
学报撰文。
① 国内、外的知名专家；
② 国家基金委等部门的管理者；
③ “国家973项目”、“国家863计划”、“国家基金委”等评审组的专家（即二评专家）。
（2）考虑到 “鼓励编委投稿综述计划”，也欢迎编委个人撰写的专论，不必按照《微生物学报》综述要求的撰写。
专论与综述的区别：
（1）对于专论，在内容和篇幅上没有限制；论述范围比“小型综述”报道的要广、要大，介绍的是一个研究领域的全部研究历程。有利于展示撰稿专家研究工作和实验室。
（2）相反，本刊要求的小型综述；论述的内容更专一些，学术性比较强。