2017年10月31日,中国科学技术信息研究所发布了《2017年版中国科技期刊引证报告(核心版)》,《微生物学通报》荣获“2016年百种中国杰出学术期刊”奖项,这是本刊连续5年获此奖项。
《2017年版中国科技期刊引证报告(核心版)》采用科学客观的研究方法与评价方式,遴选中国自然科学领域各个学科分类的重要期刊作为统计来源期刊,共两千多种“中国科技核心期刊”。
经过层次分析法对各重要指标进行综合评价,《微生物学通报》的综合评分列“2016年微生物学与病毒学类期刊”第一名,因此获得“2016年百种中国杰出学术期刊奖”。