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  • 1  实时荧光定量PCR中内参基因的选择
    赵文静 徐洁 包秋华 陈永福 张和平
    2010, 37(12):1825-1829.
    [摘要](11033) [HTML](0) [PDF 791.56 K](23068)
    摘要:
    实时荧光定量PCR技术是分析基因表达谱的一种常用方法, 在分析中选择合适的内参基因对数据进行校正是得到可信数据的关键。以Lactobacillus helveticus H9为研究对象, 应用实时荧光定量PCR技术, 评价了5种常用内参基因ldh、recA、rpoB、gapdh和16S rRNA的表达稳定性, 通过geNorm和NormFinder程序进行数据分析, 结果表明5个候选内参基因在菌株不同的发酵时间点表达相对都较为稳定, 结合两种分析得到其中最为稳定的基因是ldh, 适合于用作后续实时荧光定量PCR试验中的内参基因。
    2  草鱼出血病混合感染的嗜水气单胞菌的分离、鉴定与理化特性
    邓国成 江小燕 叶 星 刘明智 许淑英 刘礼辉 白岳强 罗 霞
    2009, 36(8):1170-1177.
    [摘要](2713) [HTML](0) [PDF 577.10 K](18038)
    摘要:
    从患出血病草鱼的肝脏病灶中分离筛选出2株致病菌。取病鱼样品组织过滤液接种CIK细胞、培养, 电镜下观察到细胞质中含有草鱼呼肠孤病毒样颗粒和包涵体, 病毒颗粒大小65 nm~ 70 nm, 包涵体0.46 μm~1.81 μm。人工回归感染实验显示分离的菌株及细胞毒悬液均能使草鱼致病死亡。对分离菌株进行细胞形态学、理化特性分析及药敏试验, 初步判定所分离的2株菌均为嗜水气单胞菌。进一步对菌株进行DNA分子鉴定, 结果显示2株菌的16S rRNA基因、促旋酶亚单位蛋白(gryB)基因均与GenBank上的嗜水
    3  Clostridium thermocellum与Bacillus licheniformis共培养分解纤维素的性质
    姚义 吕育财 龚艳丽 邓志威 李宁 郭金玲 田毅红 龚大春
    2017, 44(10):2361-2369. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160934
    [摘要](1222) [HTML](73) [PDF 664.12 K](16228)
    摘要:
    【目的】采取人工构建复合菌系的方法探索微生物协同降解纤维素的机理及菌间关系。【方法】从一组高温发酵木质纤维素原料产沼气的菌群中分离获得若干菌株,其中一株细菌经16S rRNA基因全序列测序比对后鉴定为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis),将该菌株与厌氧纤维素分解菌Clostridium thermocellum CTL-6进行共培养,菌株组合表现出很强的滤纸纤维素分解能力。【结果】两菌共培养9 d,累计滤纸分解量为484.6 mg,滤纸相对分解率高达93.2%;pH变化呈先下降后逐步回升,培养3 d后pH由初始时的7.00降到最低值6.57,第9天升至7.73;菌株组合能同时产生纤维素酶和半纤维素酶,培养过程中两种酶活性大小均呈不断上升趋势,最大值分别为0.32 U/mL和0.57 U/mL。利用HPLC监测了乳酸、甲酸、乙酸、丙酸和丁酸5种有机酸含量的变化,其中丁酸、丙酸代谢量最高,分别为1 477.3 mg/L和1 068.8 mg/L;除丙酸外,其他4种有机酸含量变化趋势与滤纸降解的变化均无明显相关性。5种有机酸总含量的变化与pH的变化趋势一致,表明对pH变化起决定性作用的很可能是某种未检测的酸性较强的物质含量变化。【结论】Bacillus licheniformis能有效促进Clostridium thermocellum CTL-6的纤维素分解活性,且该菌株组合可作为后期进一步构建纤维素甲烷转化复合菌系的基础。
    4  抗菌活性海洋真菌HN4-13的鉴定及其发酵优化
    郭雷 朱文成 刘玮炜 丁国伟 张越乾 张守禄 邱月 谢宇
    2013, 40(6):951-958.
    [摘要](6143) [HTML](0) [PDF 11.37 M](15629)
    摘要:
    【目的】鉴定一株来源于连云港近岸海域沉积物并具有分泌抗菌活性代谢产物的真菌菌株HN4-13, 优化其合成抗菌活性物质的发酵条件。【方法】通过形态学观察及ITS 序列分析方法对菌株HN4-13进行鉴定; 通过基础发酵培养基筛选、碳氮源及无机盐的单因素试验, 继而采用正交试验设计优化其合成抗菌活性物质的发酵条件。【结果】菌株HN4-13被鉴定为黄柄曲霉(Aspergillus flavipes), 其分泌抗菌活性产物的发酵条件为: 4%蔗糖、0.5%蛋白胨、0.1% KCl、0.06% NaH2PO4、28 °C、1%接种量、160 r/min培养9?d。【结论】实验结果为进一步分离纯化菌株HN4-13所产抗菌活性代谢产物提供了基础。
    5  反硝化细菌在污水脱氮中的作用
    辛明秀 赵颖 周军 高文臣
    2007, 34(4):0773-0776.
    [摘要](2253) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](13445)
    摘要:
    反硝化是在反硝化细菌的作用下,以硝酸盐作为最终电子受体而进行的无氧呼吸过程。从污水脱氮的角度论述反硝化在污水脱氮中的作用、污水脱氮的机理、污水脱氮过程中反硝化作用的影响因素等。从反硝化的角度出发,论述了反硝化细菌的类群、反硝化作用的机理、反硝化细菌细胞中参与反硝化过程的关键酶。另外,还论述了近年来发现的有氧反硝化细菌、自养反硝化细菌及反硝化除磷细菌等方面的研究进展。
    6  环境因素对细菌群体感应的影响
    周宁一
    2015, 42(2):436-436. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.158002
    [摘要](3975) [HTML](76) [PDF 156.56 K](13014)
    摘要:
    7  土壤细菌DNA提取及多样性分析的T-RFLP方法
    葛芸英 陈 松 胡 兰 凃 政
    2008, 35(1):131-136.
    [摘要](7930) [HTML](8) [PDF 0.00 Byte](12841)
    摘要:
    获得高质量的土壤总DNA是土壤细菌生态学的关键步骤之一。实验通过综合应用两个试剂盒(Soilmaster kit和DNA IQTM系统)的优点进行土壤样品总DNA的提取, 结果证明该方法是一种快速、有效、灵敏、稳定的土壤DNA提取方法。另外尝试将16S rDNA 序列和T-RFLP(Terminal restriction fragment length polymorphism)技术引入土壤细菌DNA群落多样性的研究中, 证明T-RFLP是一种有力的土壤细菌多样性分析工具。
    8  转醛醇酶基因差异表达影响酵母发酵木糖及耐受乙酸性能
    肖琴 曾维怡 汤岳琴 木田建次
    2014, 41(6):1094-1108. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.130856
    [摘要](3763) [HTML](0) [PDF 11.12 M](11683)
    摘要:
    【目的】木糖发酵是纤维素燃料乙醇生产的一个关键瓶颈,同时木质纤维素水解液中的乙酸严重抑制酿酒酵母的木糖发酵过程,因此通过基因工程手段提高菌株对木糖的利用以及对乙酸的耐受性具有重要意义。本研究以非氧化磷酸戊糖途径(PPP途径)中关键基因转醛醇酶基因(TAL1)为研究对象,探讨了3种不同启动子PTDH3、PAHP1和PUBI4,控制其表达对菌株利用木糖和耐受乙酸的影响。【方法】通过同源重组用3种启动子替换酿酒酵母基因工程菌NAPX37的TAL1基因的启动子PTAL1,再通过孢子分离和单倍体交配构建了纯合子,利用批次发酵比较了在以木糖为唯一碳源和混合糖(葡萄糖和木糖)为碳源条件下,3种启动子控制TAL1基因表达导致的发酵和乙酸耐受能力的差异。【结果】启动子PTDH3、PAHP1和PUBI4在不同程度上提高了TAL1基因的转录水平,提高了菌株对木糖的利用速率及乙酸耐受能力,提高了菌株在60 mmol/L乙酸条件下的葡萄糖利用速率。在以木糖为唯一碳源且无乙酸存在、以及混合糖为碳源的条件下,PAHP1启动子控制TAL1表达菌株的发酵结果优于PTDH3和PUBI4启动子的菌株,PAHP1启动子控制的TAL1基因的转录水平比较合适。在木糖为唯一碳源且乙酸为30 mmol/L时,PUBI4启动子控制TAL1基因表达的菌株发酵结果则优于PAHP1和PTDH3启动子菌株,此时PUBI4启动子控制的TAL1的转录水平比较合适。【结论】启动子PTDH3、PAHP1和PUBI4不同程度地提高TAL1基因的表达,在不同程度上改善了酵母菌株的木糖发酵速率和耐受乙酸性能,改善程度受发酵条件的影响。
    9  SCI收录的微生物科学期刊信息
    李 红
    2008, 35(6):0967-0976.
    [摘要](13753) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](11531)
    摘要:
    以SCI期刊引用报告JCR最新网络版 (2006年) 为依据, 对其收录的88种微生物科学期刊进行了统计分析。结果显示:这88种期刊由美、英、荷兰、德和日本等16个国家用3种语言出版, 且主要语言是英语; 年均载文量165篇, 平均被引频次5226.64次; 影响因子、即时指标和被引半衰期的平均值分别为3.154、0.45和5.84年。最后根据影响因子的大小, 列出影响因子超过2.0的55种核心期刊相关信息。
    10  以比生长速率时间曲线为基础的生物群体生长数学模型
    宋健 林建群 金燕 沈红 林慧彬 林建强 曲音波
    2007, 34(5):0836-0838.
    [摘要](2216) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](11145)
    摘要:
    构建了一个描述限制性环境条件下生物群体生长规律的数学模型。模型中比生长速率(μ)是时间(t)的函数。模型可以很好地拟合多种生物或生物细胞群体生长的延迟期、指数期和稳定期。该模型参数少,模型参数生物学意义明确,计算简单。
    11  荚膜唾液酸对猪链球菌激活巨噬细胞TLR2-AKT-NF-κB信号通路影响的研究
    朱静 胡丹 刘丽娜 张锦海 张凤玉 郝丽娜 耿美玲 郑峰 朱进 潘秀珍 王长军
    2013, 40(6):1058-1067.
    [摘要](4112) [HTML](0) [PDF 15.50 M](10829)
    摘要:
    【目的】探索猪链球菌2型感染后单核/巨噬细胞启动信号转导通路机制, 探讨荚膜唾液酸对细菌激活巨噬细胞TLR2-AKT-NF-κB信号通路的影响。【方法】以小鼠巨噬细胞系RAW264.7细胞为研究对象, 采用RT-PCR、Western blotting、免疫荧光和ELISA法分别检测猪链球菌2型野毒株、唾液酸缺失突变株、唾液酸回复突变株感染后不同时间点巨噬细胞TLR2 mRNA转录水平、AKT磷酸化水平、NF-κB激活程度以及前炎症因子TNF-α分泌水平; 再分别用TLR2阻断剂和PI-3K抑制剂预处理巨噬细胞, 检测上述分子的表达水平。【结果】唾液酸缺失株可选择性的活化信号转导通路途径。RT-PCR结果表明, 缺失株TLR2 mRNA表达水平自1 h开始升高, 1.5 h达高峰后有所下降; Western blotting显示, 缺失株TLR2蛋白表达水平7 h达高峰, 9 h下降; p-AKT 水平1.5?5 h持续稳定在高峰水平, 7 h后开始下降; 免疫荧光可见15 min NF-κB激活-核转运程度较高; ELISA结果显示, 10 h之后TNF-α的水平显著高于野生株和回复株。使用TLR2阻断剂和PI-3K抑制剂, 三菌株通路活化程度均明显受抑制。【结论】荚膜唾液酸可抑制宿主免疫细胞TLR2-AKT-NF-κB信号通路的激活, 藉此参与细菌逃避宿主的免疫防御作用。
    12  基于Biolog-ECO方法的两种不同草原中5种不同植物根际土壤微生物群落特征
    李慧,李雪梦,姚庆智,李强
    2020, 47(9):2947-2958. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.200451
    [摘要](104) [HTML](102) [PDF 1.84 M](9212)
    摘要:
    【背景】土壤微生物是草原生态系统的重要组成部分,在调节植物生长、促进土壤结构的形成及维持草原生态系统功能和稳定性等方面有着不可替代的作用。【目的】探究内蒙古自治区四子王旗两种不同草原中5种不同植物根际土壤微生物群落代谢功能的多样性。【方法】利用Biolog-ECO微平板法分析四子王旗荒漠草原中阿德格和格根塔拉2个样地中短花针茅、冷蒿、细叶葱、阿尔泰狗娃花和银灰旋花5种植物根际土壤微生物群落多样性特征。【结果】两种不同草原中5种不同植物根际土壤中可培养微生物数量存在显著性差异(P<0.05),阿德格草原中短花针茅根际土壤中可培养微生物总数显著高于其他植物根际,格根塔拉草原中阿尔泰狗娃花根际土壤中可培养微生物总数显著高于其他植物;两样地不同植物根际土壤微生物的平均颜色变化率(average well color development,AWCD)均表现为格根塔拉样地高于阿德格样地,而且呈“S”型变化。培养96 h后格根塔拉草原5种植物的Shannon指数与Simpson指数高于阿德格草原,同时银灰旋花根际土壤微生物多样性指数在两个草原中差异极显著;两个草原不同植物根际土壤微生物对碳源的利用主要是氨基酸类和碳水化合物碳源,对于L-天门冬酰胺、r-羟基丁酸、L-丝氨酸和D-半乳糖醛酸等碳源的功能微生物显著富集,根际土壤微生物的AWCD和多样性指数与细菌、放线菌以及土壤微生物总数呈极显著正相关性(P<0.01),均匀度指数与细菌、放线菌以及土壤微生物总数量呈显著负相关性(P<0.05)。【结论】不同植物根际土壤微生物对碳源的利用能力和偏好出现差异,而且根际土壤微生物数量越高,微生物碳代谢能力、微生物群落多样性越丰富。
    13  生物冶金中耐盐浸矿微生物的研究进展
    毛振华,孙见行,周文博,王玉光,周洪波,程海娜
    2020, 47(9):2996-3003. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.200158
    [摘要](86) [HTML](108) [PDF 1.81 M](9170)
    摘要:
    耐盐浸矿微生物是指在发挥矿物浸出功能时对所处的含盐环境具有一定耐受能力的一类浸矿微生物。耐盐浸矿微生物因其可以适应不同浓度的氯化钠等盐,因而在淡水资源缺乏地区的生物冶金中具有广泛的应用价值。本文从耐盐浸矿微生物的种类、耐盐机制及其在矿物生物浸出中的应用现状进行了系统性综述,为耐盐浸矿微生物的研究和应用提供参考。
    14  病毒入胞机制研究方法及其研究进展
    孙芳 李玉霞 凌焱 梁龙 陈珊 陈惠鹏
    2010, 37(1):0103-0111.
    [摘要](1990) [HTML](0) [PDF 793.85 K](9155)
    摘要:
    多数病毒家族利用胞吞作为入侵宿主细胞的途径。胞吞既可以介导病毒内化, 也可以将病毒运输到复制位点。已知的胞吞途径包括: 网格蛋白依赖型内吞、小窝蛋白依赖型内吞、巨胞饮和网格蛋白、小窝蛋白非依赖型内吞。随着对胞吞过程中各组分结构和功能了解的日趋深入, 研究胞吞过程以及病毒入侵过程的手段也变得更有效, 特异性更高。目前, 化学抑制剂的使用仍十分普遍, 但该方法常非特异性地阻断细胞某些功能。一些分子抑制方法, 如过表达显性负突变体和siRNA技术等, 因其对单一途径的特异性阻断, 使得应用分子型抑制剂逐渐取代了化学抑制剂。本文主要分析了研究病毒入侵途径时所使用的实验方法, 并列举了一些实例。
    15  辅助噬菌体在噬菌体展示中的应用及研究进展
    杜东霞 张 冉
    2009, 36(2):0261-0266.
    [摘要](2323) [HTML](0) [PDF 388.00 K](9127)
    摘要:
    噬菌体展示技术是一种将外源肽或蛋白质与特定噬菌体衣壳蛋白相融合,展示于噬菌体表面来构建蛋白质或多肽文库,并从中筛选目的蛋白、多肽或抗体的基因工程高新技术。噬菌粒/辅助噬菌体系统是最常用的噬菌体展示系统,此系统中辅助噬菌体对噬菌粒的复制和组装发挥着至关重要的作用。本文结合当今该领域的最新研究动态,概述了噬菌粒和辅助噬菌体双基因组系统,着重介绍了不同辅助噬菌体的特点及其突变机制,并对其应用前景进行了展望,以期为该技术的进一步完善提供一定的借鉴作用。
    16  细菌素的合成与作用机制
    吴清平 黄静敏 张菊梅 莫树平
    2010, 37(10):1519-1524.
    [摘要](1827) [HTML](0) [PDF 510.00 K](8999)
    摘要:
    细菌素是由细菌产生的抗菌蛋白, 可以杀死与产生菌相近的细菌。很多乳酸菌产生不同多样性的细菌素, 虽然这些细菌素都是由发酵或非发酵食品中发现的乳酸菌产生的, 但是迄今只有乳酸链球菌素(Nisin)作为食品防腐剂被广泛应用。和抗生素不同的是, 细菌素由核糖体合成, 需经翻译后修饰活化并且通过特定转运系统输到胞外才能发挥其功能, 它一般通过作用于靶细胞膜来抑制靶细胞的生长, 同时本身合成细菌素的细胞对其产物具有免疫性。细菌素能安全有效地抑制病原体生长, 在食品行业中具有广阔的应用前景。
    17  试验设计和优化及其在发酵培养基优化中的应用
    代志凯 张翠 阮征
    2010, 37(6):0894-0903.
    [摘要](1867) [HTML](0) [PDF 697.31 K](8838)
    摘要:
    在发酵工业中, 发酵培养基的优化对发酵水平的提高起着举足轻重的作用。而在寻求最佳发酵培养基的过程中, 试验设计及统计优化发挥着重要作用。对近年来常用的试验设计及优化方法进行了综述, 内容包括单因素轮换法、析因设计、均匀设计、响应面设计、人工神经网络和遗传算法等多种试验设计和优化方法, 并对其进行分析和比较。
    18  流式细胞术在细菌快速检测中的应用
    刘新星 霍转转 云慧 杨英杰
    2014, 41(1):161-168.
    [摘要](1840) [HTML](0) [PDF 423.31 K](8661)
    摘要:
    流式细胞仪(Flow cytometer)是集应用流体学、光学、电子学、生物学、免疫学等多门学科和技术于一体的新型高科技仪器。它的核心技术是流式细胞术(Flow cytometry,FCM),该技术是利用流式细胞仪,使单个细胞或其他微小生物粒子处于快速直线流动状态,且逐个通过光束,从而对单个细胞或微粒进行多参数(数量、大小、核酸含量、细胞活性、特定菌群或物种等)定量分析和分选的检测技术,具有快速、灵敏、精确以及便于操作等突出优点。本文简要介绍流式细胞仪的原理,并论述流式细胞技术在实验室研究、工业生产、临床诊断、环境评估等领域的细菌快速检测应用。
    19  环境微生物宏基因组学研究中的生物信息学方法
    魏子艳 金德才 邓晔
    2015, 42(5):890-901. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.140992
    [摘要](2442) [HTML](90) [PDF 753.64 K](8526)
    摘要:
    高通量测序技术的发展促进了组学技术在环境微生物研究中的广泛应用,而宏基因组学是目前最为关键和成熟的组学方法。生物信息学在微生物宏基因组学研究中具有至关重要的作用。它贯穿于宏基因组学的数据收集和存储、数据处理和分析等各个阶段,既是宏基因组学推广的最大瓶颈,也是目前宏基因组学研究发展的关键所在。本文主要介绍和归纳了目前在高通量宏基因组测序中常用的生物信息学分析平台及其重要的信息分析工具。未来几年之内,测序成本的下降和测序深度的增加将进一步增大宏基因组学研究在数据存储、数据处理和数据挖掘层面的难度,因此相应生物信息学技术与方法的研究和发展也势在必行。近期内我们应该首先加强基础性分析和存储平台的建设以方便普通环境微生物研究者使用,同时针对目前生物信息分析的瓶颈步骤和关键任务重点突破,逐步发展。
    20  BOX-PCR技术在微生物多样性研究中的应用
    杨凤环 李正楠 姬惜珠 冉隆贤
    2008, 35(8):1282-1286.
    [摘要](2932) [HTML](0) [PDF 0.00 Byte](8430)
    摘要:
    近年来在微生物多样性研究中, 利用微生物基因组中广泛分布的短重复序列设计引物, 选择性地扩增重复序列之间的不同基因区域, 以得到大小不等的DNA扩增片段的方法日渐增多。以BOX插入因子(细菌基因组重复序列)为基础的PCR技术, 具有操作简单快捷, 可重复性强, 容易获得较为丰富的扩增条带等特点, 最初主要应用于细菌的多样性研究。目前研究发现用BoxA1R引物对微生物中的真菌、放线菌进行选择性的扩增, 也能够达到很好的遗传及多样性分析的目的。本文综述了BOX-PCR指纹图谱分析技术的特点和一般步骤; 结合作者对植物内生细菌的BOX-PCR指纹图谱分析体系的优化, 对BOX-PCR技术的改进进行了总结; 并对该技术在微生物菌株多样性研究领域的应用现状和前景进行了阐述。

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