2016年第43卷第5期文章目次

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  • 1  43(5)封面
    编辑部
    2016, 43(5).
    [摘要](877) [HTML](0) [PDF 2.06 M](897)
    摘要:
    2  43(5)目录
    编辑部
    2016, 43(5).
    [摘要](840) [HTML](0) [PDF 515.64 K](1211)
    摘要:
    3  海滨盐薄片菌——分离自海洋盐田的一个嗜盐古菌新种
    徐佳琪 李杨 吕真真 周瑶 侯靖 崔恒林
    2016, 43(5):899-906. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150953
    [摘要](1294) [HTML](113) [PDF 7.22 M](1867)
    摘要:
    目的】研究分离自我国华南地区阳江盐田的一株嗜盐古菌菌株YJ-41T,探究其分类学地位。【方法】运用多相分类学方法即通过表型和遗传型特征鉴定,研究菌株YJ-41T 的分类学地位。【结果】菌株YJ-41T 的细胞为杆状、革兰氏染色阴性、菌落呈红色。菌株YJ-41T 的生长温度范围20–50 ℃ (最适为37 ℃)、NaCl 浓度范围2.1–4.8 mol/L (最适为3.1 mol/L)、MgCl2浓度范围0–1.0 mol/L (最适为0.05 mol/L)、pH 范围5.0–9.0 (最适为pH 7.0)。细胞在蒸馏水中会裂解,维持细胞形态的最低NaCl 浓度为10% (质量体积比)。菌株YJ-41T 的极性脂为磷脂酸(Phosphatidic acid,PA)、磷脂酰甘油(Phosphatidyl glycerol,PG)、磷脂酰甘油磷酸甲基酯(Phosphatidyl glycerol phosphate methyl ester,PGP-Me)、磷脂酰甘油硫酸酯(Phosphatidylglycerol sulphate,PGS)和8 种糖脂;其中3 种糖脂为硫酸甘露糖苷葡萄糖二醚(Sulfated mannosylglucosyl diether,S-DGD-1)、半乳糖苷甘露糖苷葡萄糖二醚(Galactosyl mannosy glucosyl diether,TGD-1)和甘露糖苷葡萄糖二醚(Mannosyl glucosyl diether,DGD-1),其余为未知糖脂。菌株YJ-41T 的16S rRNA 基因和rpoB'基因与盐薄片菌属(Halolamina)的成员相关基因相似性分别为97.5%–98.4%和93.1%–94.4%。菌株YJ-41T 的G+C mol%为61.4 mol%。【结论】表型、化学分类和系统发育的特性表明,菌株YJ-41T (=CGMCC 1.12859T=JCM 30237T)代表Halolamina 属的一个新种,建议命名为海滨盐薄片菌(Halolamina litorea)。
    4  来源于中国南海的微生物新种乙醇速生杆菌(Celeribacter ethanolicus)多相分类研究
    简书令 吴月红 买热帕提阿依 迪丽拜尔托乎提 Aharon Oren 许学伟
    2016, 43(5):907-916. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160012
    [摘要](1286) [HTML](120) [PDF 1.89 M](1598)
    摘要:
    目的】研究来源于南海海水的一株速生杆菌属菌株NH195T 的多相分类。【方法】采用表型、基因型和化学分类方法,并综合系统发育关系结果,分析菌株NH195T 的分类学地位。【结果】菌株NH195T 是一株革兰氏阴性、好氧、杆状、无运动性细菌;能积累Poly-β-hydroxybutyrate (PHB);能在0.5%-10.0% (质量体积比) NaCl 浓度,pH 5.0-9.0 和20-40 ℃ 条件下生长,最适NaCl 生长浓度为1.0%-3.0%;氧化酶、触酶和脲酶反应结果阳性。菌株NH195T 主要呼吸醌为Q-10,主要脂肪酸为C18:1ω7c、C18:1ω6c 和11 methyl C18:1ω7c,主要极性脂为磷脂酰胆碱、磷脂酰甘油、双磷脂酰甘油、一个未知的氨基脂和两个未知脂。基因组G+C 含量为61.3 mol%。基于16S rRNA 基因的系统发育结果显示,菌株NH195T 隶属于速生杆菌属;其与速生杆菌属标准菌株的16S rRNA 基因相似性范围为94.4%-97.7%。菌株NH195T 与速生杆菌属标准菌株C. halophilus ZXM137TC. indicus P73T 的平均核苷酸一致性(ANI)分别为78.6%和78.0%;基于基因组数据计算所得的DNA 杂交同源率分别为26.1%和23.0%。【结论】基于表型和基因型结果,菌株NH195T 代表了速生杆菌属一个新物种,命名为Celeribacter ethanolicus,标准菌株为NH195T (CGMCC 1.15406T=JCM 31095T)。
    5  一株中度嗜盐芽孢杆菌(Bacillus sp. BZ-SZ-XJ39)的微生物学特性
    刘亢 张闪闪 卢伟东 闫艳春 赵百锁
    2016, 43(5):917-926. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150858
    [摘要](1261) [HTML](115) [PDF 827.92 K](1751)
    摘要:
    目的】了解一株来自新疆盐碱湖的中度嗜盐菌(Bacillus sp. BZ-SZ-XJ39)的微生物学特性,为进一步阐明该菌独特的盐适应机制奠定基础。【方法】通过16S rRNA 基因序列分析、G+C mol%含量测定、细胞形态和菌落观察、培养条件确定、营养与生理生化指标测定以及细胞化学组分分析等描述该菌的生物特性。【结果】基于16S rRNA 基因序列的同源性和系统发育树分析,菌株BZ-SZ-XJ39 与Bacillus saliphilus 6AGT (序列相似性为97.5%),Bacillus daliensis DLS13T (96.5%),Bacillus luteus JC167T (96.2%),Bacillus chagannorensis CG-15T (95.5%)和Bacillus agaradhaerens DSM8721T (95.3%)有密切的亲缘关系。基因组DNA G+C 含量为44.4 mol%±1.2 mol% (Tm)。菌株BZ-SZ-XJ39 为好氧、短杆状、革兰氏阳性菌。菌落呈黄色、圆形凸起、表面光滑且边缘整齐。菌株生长盐度范围为0.5%–28% (最适8%),pH 范围为5.5–9.5 (最适pH 8.0),温度范围为4–41 ℃ (最适33 ℃)。菌株BZ-SZ-XJ39 合成的主要脂肪酸包括anteiso-C15:0(50.2%)和anteiso-C17:0 (16.3%)。合成极性脂为磷脂(PL)、磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰甘油(PG)、二磷脂酰甘油(DPG)和磺酸基异鼠李糖基二脂酰基甘油(SQDG)。呼吸醌类型为甲基萘醌(MK-7)。菌株BZ-SZ-XJ39 已经在中国普通微生物菌种保藏管理中心(CGMCC1.12936)和日本微生物菌种保藏中心(JCM30194)冻干保藏,在GenBank 中的序列注册号为KP456019。【结论】基于BZ-SZ-XJ39 菌株的遗传型、表型、生理生化以及化学组成特征,初步确定该菌为Bacillus 属中的一个新成员。研究将为探索生命在高盐环境中存在的本质提供新素材,也可为生物技术的潜在应用提供新视角。
    6  分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析
    姜钊 职晓阳 李文均
    2016, 43(5):927-934. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150939
    [摘要](1181) [HTML](102) [PDF 584.76 K](1509)
    摘要:
    目的】采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m 以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA 基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力。【方法】以分离自印度洋深海沉积物的7 株Streptomyces albidoflavus,11 株Streptomyces cavourensis,16 株Streptomyces pratensis 为研究对象,以16SrRNA、atpDrecArpoB 基因片段为标记,通过PCR 扩增、测序,获得序列。同时从NCBI上下载5 株S. pratensis 上述4 个基因的序列,将所有序列在MLST 网站进行比对,并构建系统进化树进行比较。【结果S. pratensis 各菌株种内比较发现,16S rRNA 基因构建的系统进化树中相同基因型的菌株没有聚在一起,系统进化树不稳定,区分度不高。其余3 个构建的系统进化树稳定,菌株的聚类关系与MLST 数据库得到的基因型一致。同时,多基因聚类分析后将菌株分为6个类群。在3个种的种间多位点序列比较中,除区分度明显增加、进化树更加稳定以外,还发现recA 基因进化上比较特殊的菌株。【结论】多位点序列分析将实验菌株分为很多不同的类型,成功地将所分离的链霉菌进行了更细的分类,同时也找到部分菌株在个别基因上差异较大。此方法可以用于相近种的快速鉴定。
    7  一种寄生茶小绿叶蝉蜡蚧菌的鉴定及产孢条件优化
    周叶鸣 邹晓 瞿娇娇 周家喜 李娟
    2016, 43(5):935-941. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150697
    [摘要](1061) [HTML](155) [PDF 787.71 K](1514)
    摘要:
    目的】对寄生茶小绿叶蝉的丝状真菌进行鉴定和分生孢子培养研究。【方法】采用形态特征比较和转录间隔区(ITS)序列构建系统树进行分析,分生孢子培养通过单因素筛选和正交试验进行产孢条件优化。【结果】根据形态特征比较和系统发育分析表明,该真菌为渐狭蜡蚧菌Lecanicillium attenuatum Zare & W. Gams。最优产孢条件(质量体积比)为:蛋白胨2%,麦芽糖1%,蚕蛹粉1%,氯化钾0.05%,磷酸氢二钾0.1%,七水硫酸镁0.05%,琼脂1.5%,蒸馏水1 000 mL,25 ℃。【结论】通过形态特征比较和分子序列分析表明,罹病茶小绿叶蝉上的真菌为已知种——渐狭蜡蚧菌,并对该菌株进行了产孢条件的优化。研究结果为该菌株应用到茶小绿叶蝉的生物防治研究提供基础资料。
    8  rDNA ITS序列在ACCC真菌鉴定中的应用
    姜雨萌 牛永春 邓晖
    2016, 43(5):942-947. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150957
    [摘要](1156) [HTML](107) [PDF 293.10 K](2315)
    摘要:
    目的】真菌无处不在,并与人类生活紧密相关。真菌的鉴定是科学研究和资源开发利用的基础。本研究从中国农业微生物菌种保藏管理中心(ACCC)随机选取已经定名的112 株库藏真菌菌株作为实验材料,通过DNA 测序,评估核糖体DNA 内转录间隔区(rDNA ITS)序列在真菌属级鉴定上的应用。【方法】采用真菌DNA 条形码rDNA ITS 的序列测定和在GenBank 中查寻比对的方法,对这些菌株进行属水平的鉴定复核。【结果】通过研究,供试菌株中有80 株的属名与原鉴定相符,同时表明序列中套峰的情况降低与GenBank 中序列比对的相似性。【结论】rDNA ITS序列测定法可以用于真菌菌株进行属水平的鉴定复核,国家菌种保藏机构应对已入库保藏和即将入库的所有真菌菌株都进行属水平的鉴定复核,并对菌株鉴定结果作审慎处理,原定名的名称及其变更历史应以“曾用名”在数据库中保留。
    9  一株感染铜绿假单胞菌的双链RNA噬菌体PaP6的分离和鉴定
    郭棵棵 杨雨卉 沈伟 费文斌 乐率 胡福泉
    2016, 43(5):948-954. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.151019
    [摘要](1437) [HTML](103) [PDF 1.24 M](1995)
    摘要:
    目的】鉴定一株新分离的铜绿假单胞菌噬菌体PaP6 的生物学特性。【方法】利用铜绿假单胞菌临床分离株PA038 为宿主,从西南医院污水中分离得到一株裂解性噬菌体PaP6,观察其噬斑特点;氯化铯密度梯度离心纯化噬菌体颗粒后,用透射电子显微镜观察噬菌体形态;提取PaP6 基因组,通过DNA 酶和RNA 酶酶切,做基因组酶切图谱分析;按照感染复数(MOI)分别为10、1、0.1、0.01、0.001 和0.000 1 加入噬菌体和宿主菌,裂解细菌后,测定噬菌体滴度;以MOI=10 的比例加入噬菌体和宿主菌,绘制一步生长曲线;用112 株铜绿假单胞菌临床分离株检测PaP6 宿主谱。【结果】PaP6 的噬斑直径约2 mm-4 mm,圆形透明,边缘清晰;PaP6噬菌体呈多面体立体对称的头部,直径约45 nm;酶切图谱表明PaP6 基因组对DNase 不敏感,对RNase 敏感,未酶切基因组具有3 节段双链RNA (dsRNA),长度分别约为9.0、4.5、3.5 kb,共约17 kb;当MOI 为0.1 时PaP6 感染其宿主菌产生的子代噬菌体滴度最高,达到3.4×109 PFU/mL;用一步生长曲线描绘了其生长特性;PaP6 可以感染40.1%的临床分离株,是一株比较广谱的噬菌体。【结论】首次报道了一株铜绿假单胞菌的dsRNA 分节段噬菌体,分类学上属于囊病毒科,该噬菌体具有较广的宿主谱,在噬菌体治疗领域具有应用前景。
    10  贵州兴义喀斯特洞穴土可培养细菌多样性及其产蛋白酶、淀粉酶活性筛选
    张万芹 张永光 房保柱 魏大巧 韩明贤 李帅 肖敏 李文均
    2016, 43(5):955-964. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150897
    [摘要](1367) [HTML](100) [PDF 5.42 M](1543)
    摘要:
    目的】进一步了解贵州喀斯特洞穴土可培养细菌的物种多样性组成及其产蛋白酶、淀粉酶生物活性能力。【方法】选取11 种分离培养基,利用稀释直接涂布平板法对贵州黔西南兴义市喀斯特地区白碗窑镇魔家大溶洞洞内土壤进行可培养细菌分离;利用两种鉴定培养基对相关细菌进行生物活性判定。【结果】根据16S rRNA 基因序列的系统进化分析,将分离得到的217 株细菌分别归类到24 个属的63 个不同种类,其中红球菌属(Rhodococcus)和链霉菌属(Streptomyces)为该洞内土壤可培养细菌的优势菌群,分别占24.42%和21.66%。大多数菌株与已知典型菌株的16S rRNA 基因序列相似性为97.90%-99.99%,其中至少有4 株菌株(D3T01、D911、D961 和D502)为潜在的新分类单元。对217 株细菌进行蛋白酶和淀粉酶活性筛选,其中具有蛋白酶或淀粉酶活性的99 株,占分离菌株的45.62%,分别属于18 个属的38 个不同种;同时具有蛋白酶和淀粉酶活性的36 株,占具有酶活性菌株的36.36%,占分离菌株的16.59%。【结论】贵州兴义喀斯特洞穴土中存在丰富多样的细菌类群,且蕴藏着一定数量的潜在新物种资源;此外功能酶菌株在喀斯特洞穴土壤中大量存在,为工业应用奠定了资源基础,极具进一步发掘和研究的价值。
    11  多环芳烃降解菌的筛选、鉴定及降解特性
    黄兴如 张彩文 张瑞杰 章俊 张晓霞
    2016, 43(5):965-973. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150949
    [摘要](1176) [HTML](121) [PDF 564.35 K](1741)
    摘要:
    目的】多环芳烃(PAHs)是一类普遍存在于环境中且具有高毒性的持久性有机污染物,高效降解菌的筛选对利用生物修复技术有效去除环境中的多环芳烃具有重要意义。研究拟从供试菌株中筛选多环芳烃高效降解菌,并分析其降解特性,为多环芳烃污染环境的微生物修复提供资源保障和科学依据。【方法】采用平板法从25 株供试菌株中筛选出以菲和芘为唯一碳源和能源的高效降解菌,经16S rRNA 基因序列进行初步鉴定,通过单因素实验法分析其在液体培养基中的降解特性。【结果】筛选出的3 株多环芳烃高效降解菌SL-1、02173 和02830 经16S rRNA基因序列分析,02173 和02830 分别与假单胞菌属中的Pseudomonas alcaliphilaPseudomonas corrugate 同源性最近,SL-1 为本课题组发表新类群Rhizobium petrolearium 的模式菌株;降解实验表明,菌株SL-1 3 d 内对单一多环芳烃菲(100 mg/L)和芘(50 mg/L)的降解率分别达到100%和48%,5 d 后能够降解74%的芘;而其3 d 内对混合PAHs 中菲和芘的降解率分别为75.89%和81.98%。菌株02173 和02830 3 d 内对混合多环芳烃中萘(200 mg/L)、芴(50 mg/L)、菲(100 mg/L)和芘(50 mg/L)的降解率均分别超过97%。【结论】筛选出的3 株PAHs 降解菌SL-1、02173 和02830 不仅可以高效降解低分子量PAHs,还对高分子量PAHs 具有很好的降解潜力。研究表明,由于共代谢作用低分子量多环芳烃可促进高分子量多环芳烃的降解,而此时低分子量多环芳烃的降解将受到抑制。
    12  第六次北极科学考察海洋沉积物可培养细菌的多样性分析
    李晓亮 蔡明明 李阳 张培玉 林学政
    2016, 43(5):974-983. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150875
    [摘要](1127) [HTML](97) [PDF 955.92 K](1787)
    摘要:
    目的】研究北极海洋沉积物可培养细菌的菌种资源多样性。【方法】采用海水Zobell2216E 培养基和涂布平板法对第六次北极科学考察获得的海洋沉积物开展细菌分离培养,通过16S rRNA 基因系统发育分析了解可培养细菌的多样性。【结果】根据菌落形态特征,从40 个站位的北极海洋沉积物样品中共分离并获得16S rRNA 基因有效序列的细菌达445 株;基于16S rRNA 基因的相似性分析与系统发育研究结果表明,分离获得的细菌分属于细菌域的4 个门、6 个纲、13 个目、28 个科、49 个属、91 个种,其中γ-Proteobacteria 占大多数;有12 株与模式菌株的16S rRNA 基因序列相似性小于97%,可能代表了6 个潜在的细菌新物种;此次获得的细菌种类组成与以往第五次北极科考获得的相比,在属水平上差异较大。【结论】北极海洋沉积物中存在着丰富的微生物菌种资源,具有很多新型微生物仍未被发现,是亟待开发的微生物资源宝库。
    13  内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳中乳酸菌的多样性分析
    呼斯楞 刘红新 于洁 刘文俊 孙天松
    2016, 43(5):984-990. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150919
    [摘要](1224) [HTML](117) [PDF 491.37 K](1581)
    摘要:
    目的】对内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳制品中乳酸菌资源的生物多样性进行研究。【方法】采用纯培养和16S rRNA 基因序列分析法对内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳中的乳酸菌进行多样性分析。【结果】从8 份传统发酵乳制品(6 份酸牛奶和2 份酸马奶)样品中分离到24 株乳酸菌,通过16S rRNA 基因序列分析和系统进化关系分析将24 株乳酸菌鉴定为2 株Lactobacillus kefiranofaciens、2 株Lactobacillus kefiri、5 株Lactobacillus paracasei、3 株Lactobacillus plantarum、1 株Lactobacillus rhamnosus、6 株Lactococcus lactis subsp. lactis、2 株Leuconostoc mesenteroides subsp. dextranicum、2 株Streptococcus thermophilus 和1 株Enterococcus faecium。【结论Lactococcus lactis subsp. lactis 为内蒙古呼伦贝尔地区传统发酵乳制品的优势菌种,占总分离株的25%,其次为Lactobacillus paracasei,占总分离株的20.83%。
    14  一株玉米秸秆纤维素分解菌株的分离鉴定及酶学性质
    赵萍 夏文旭 郭健 雷晨瑶 王聪 肖宇轩 丁毛毛 王雅
    2016, 43(5):991-997. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150863
    [摘要](1178) [HTML](111) [PDF 565.03 K](1606)
    摘要:
    目的】筛选分离可以分解玉米秸秆纤维素的菌株。【方法】采用平板稀释法从土样中分离纯化得到能够分解玉米秸秆纤维素的菌株,对分离得到的菌株进行生理生化及分子鉴定,同时以菌株Penicillium spp. (CICC40361)作为对照,比较菌株纤维素酶和木质素酶的活性,研究不同因素对菌株纤维素酶活力的影响,确定菌株纤维素酶动力学常数Km 值。【结果】分离得到的菌株命名为PL2#,经生理生化及分子鉴定后,确定菌株PL2#为羊毛状青霉(Penicillium lanosum)。菌株PL2#的纤维素酶和木质素酶活力高于对照菌株Penicillium spp.;菌株PL2#的最优酶活测定条件为:1% CMC 底物浓度,pH 4.8,50 ℃,酶反应时间60 min 以及2 mL DNS添加量。【结论】羊毛状青霉(Penicillium lanosum)菌株PL2#比对照菌株Penicillium spp.具有更好地降解玉米秸秆纤维素的性能。
    15  稻瘟病菌拮抗性大豆根瘤内生细菌的筛选及抑制效果
    赵龙飞 徐亚军 彭顶华 赵瑞英 陈乐乐 刘备备
    2016, 43(5):998-1008. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150923
    [摘要](1212) [HTML](105) [PDF 2.15 M](1340)
    摘要:
    目的】从河南大豆根瘤的内生细菌资源中筛选对稻瘟病菌有拮抗作用的菌株,初步探讨其抑菌效果,为进一步研究其抑菌机理提供菌种资源。【方法】以稻瘟病菌为供试病原菌,采用对峙法进行拮抗性菌株筛选,显微观察法研究受抑制病原菌菌丝变化,对筛选拮抗性菌株进行细胞形态学及生理生化特性试验、16S rRNA 基因测序和系统发育分析及接种防效试验。【结果】经复筛有17 株内生菌拮抗效果较明显,最高抑制率为62.16%;受抑制病原菌丝呈现弯曲打结、断裂、原生质浓缩等畸形状态。拮抗性筛选过程中内生菌快速生长形成生物薄膜,包埋菌丝并使其断裂。拮抗菌株分布在7 属9 种,稻瘟病拮抗性大豆根瘤内生菌呈现种属多样性。防效试验表明内生菌处理组稻苗发病率和病情指数均显著降低,防治效果最高达74.19%。【结论】大豆根瘤内生拮抗性菌株具有种属多样性,拮抗性菌株处理组稻苗发病率和病情指数均显著降低,防治效果显著,为进一步研究其抑菌机理提供菌种资源。
    16  水稻内生放线菌OsiRt-1的分离鉴定及对稻瘟病的防治作用
    王真真 徐婷 袁珊珊 廖红东 杨远柱 曾夏冬 李燕 胡小淳 柳倩 曾嘉锐 朱咏华 刘选明
    2016, 43(5):1009-1018. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150913
    [摘要](1451) [HTML](114) [PDF 1.06 M](1924)
    摘要:
    目的】从水稻中分离、筛选并鉴定出对稻瘟病真菌具有拮抗性能的内生放线菌,对高抗菌株进行稻瘟病生防效果评定,初步探讨其作用机制。【方法】采用4 种分离培养基对水稻内生放线菌进行分离,用平板对峙法筛选出对稻瘟病菌拮抗性能最好的菌株,结合其菌落形态、生理生化及16S rRNA 基因序列分析进行鉴定;用环境扫描电镜(SEM)观察拮抗菌对稻瘟病菌菌丝形态影响,用菌丝生长速率法对拮抗菌发酵滤液进行抗菌活性评价;大田条件下,喷洒拮抗菌孢子液于水稻,检测其稻瘟病控制效果;同时,对拮抗菌进行产酶和次级代谢产物分析,检测其聚酮合酶基因(PKSⅡ型)和非核糖体多肽合成酶基因(NRPS)。【结果】从1 800 个水稻样品中分离出117 株内生放线菌,从中筛选出拮抗性能最好的菌株OsiRt-1,鉴定为米修链霉菌Streptomyces misionensis。该菌株使稻瘟病菌菌丝出现畸形,其无菌滤液对病菌菌丝生长的抑制率为28.06%;大田条件下,OsiRt-1 对水稻苗瘟、穗瘟均有较好防效,其中对苗瘟防效为7.76%,穗瘟防效高达25.65%,损失率降低了17.46%。与之对应,OsiRt-1 处理过的水稻地上部分,OsiRt-1 所占内生放线菌的比例明显高于未处理水稻。该菌株具有可能降解真菌细胞壁的纤维素酶、蛋白酶活性,同时可产生植物生长促进剂铁载体、IAA、ACC 脱氨酶。菌株OsiRt-1 呈现PKSⅡ型和NRPS 阳性。【结论】菌株OsiRt-1 是一株具生防潜力的内生放线菌,在农业上具有实际研发价值。
    17  湘江河岸土壤中高产甲壳素脱乙酰酶菌株的筛选及鉴定
    王晓玲 万芳芳 刘高强
    2016, 43(5):1019-1026. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150802
    [摘要](1027) [HTML](110) [PDF 6.12 M](1266)
    摘要:
    目的】甲壳素脱乙酰酶(CDA)是将天然甲壳素生物转化为可商品化利用的壳聚糖的关键酶。本文旨在从湘江河岸的土壤中筛选可高产CDA 的新菌株。【方法】以甲壳素为唯一碳源,利用4'-硝基乙酰苯胺为显色剂,通过变色圈法进行产CDA 菌株初筛,产酶活性分析复筛;通过形态学和ITS 区序列特征对菌株进行鉴定。【结果】从湘江(长沙段)河岸边的土壤中分离出的117 株菌株中筛选到可产CDA 的菌株30 株,其中4 株具有较强产CDA 的能力。进一步经发酵产酶分析验证,菌株A1 具有较强的产CDA 能力,其胞外CDA 酶活高达13.21 U/mL。结合形态学和ITS 区序列特征,菌株A1 初步鉴定为层生镰孢菌。【结论】从湘江河岸边的土壤中筛选到可高产CDA 的菌株A1,具有较好的开发应用前景。
    18  不同光照强度对小球藻生长的影响
    徐慧 纪道斌 崔玉洁 龙良红 刘德富
    2016, 43(5):1027-1034. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150803
    [摘要](1243) [HTML](119) [PDF 586.38 K](1866)
    摘要:
    目的】优化小球藻的培养与提高资源化利用效率,得到不同光照强度对小球藻生长的影响规律。【方法】通过室内控制实验,设置0、1 000、3 000、5 500、7 000、9 000 lx 共6 组光照强度,在温度为20 ℃ 和曝气强度为20%的条件下,采用BG-11 培养基培养小球藻(Chorella vulgaris)至稳定生长,研究不同光照强度对小球藻生长的影响,建立光照强度与最大光密度ODmax、最大比增长率μmax 之间的抛物回归曲线。【结果】不同光照强度下,小球藻生长差异较大,培养初期叶绿素a 浓度迅速增加直至峰值,后期迅速降低,其中5 500 lx 强度下小球藻生长最好。藻类生长对溶解性总磷的消耗比溶解性总氮更大。【结论】光照强度(x)与ODmax 的拟合方程为:ODmax=-1E–07x2+0.001 6x+0.105 5 (R2=0.987 2,0≤x≤9 000 lx),光照强度(x)与μmax 的拟合方程为:μmax=-2E–08x2+0.000 3x-0.004 2 (R2=0.998 6,0≤x≤9 000 lx)。
    19  3株罗伊氏乳杆菌生物学特性的分析比较
    李文静 梁运祥 赵述淼
    2016, 43(5):1035-1041. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150800
    [摘要](1154) [HTML](121) [PDF 362.33 K](2017)
    摘要:
    目的】对3 株罗伊氏乳杆菌的生物学特性进行分析比较,为后期生产应用提供一定的参考。【方法】对实验室保藏的3 株罗伊氏乳杆菌的生长曲线、pH 曲线、耐受人工胃液能力、耐受猪胆盐能力、黏附能力、抑菌能力和对抗生素的耐药性等特性进行了分析比较。【结果】3 株菌生长趋势大致相同;3 株菌对人工胃液均具有良好的耐受性,且可以有效地抑制大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的生长;菌株L0 和L2 对高胆盐的环境耐受性较差,菌株L1 则对高胆盐环境具有极强的耐受性;菌株L1 和L2 具有很强的黏附能力;3 株菌对20 种抗生素表现出不同的耐受性。【结论】菌株L1 的生物学特性明显优于其他两株菌株,有利于后期的生产应用。
    20  粒毛盘菌黄色素的稳定性研究
    杨柳 王青青 吴俊贤 周小燕 曹焕英 叶明
    2016, 43(5):1042-1050. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150926
    [摘要](1056) [HTML](123) [PDF 422.52 K](1342)
    摘要:
    目的】评价粒毛盘菌黄色素的稳定性。【方法】以色素吸光值为指标,研究温度、光照、pH、金属离子、氧化剂、还原剂及食品添加剂对黄色素稳定性的影响。【结果】该黄色素属黄酮类物质,易溶于水,在水溶液中紫外区及可见光区各呈现一个吸收峰,最大吸收波长分别为300 nm 和410 nm;热稳定性较好,70 ℃ 处理4 h 的色素保存率近90%;光照能降低黄色素水溶液的稳定性;随着pH 的升高,色素溶液颜色逐渐加深,其A410 增大;色素溶液在pH 9.0-10.0下较稳定,pH 10.0 的色素溶液放置5 d 后色素保存率近90%;Na2SO3 对色素水溶液有增色作用,色素水溶液抗NaNO2、H2O2 能力较强,对抗坏血酸敏感。Fe3+、Fe2+与色素反应而改变色素颜色,Al3+、Cu2+、Zn2+对色素水溶液具有一定的褪色作用,Ca2+、K+、Mg2+对色素溶液无明显影响。蔗糖、葡萄糖和山梨酸钾对色素水溶液无明显影响,氯化钠对色素水溶液具有较弱的褪色作用。【结论】粒毛盘菌黄色素在稳定性上呈现出一定优势,具有开发潜力。
    21  来源于海洋细菌Altererythrobacter luteolus SW109T的新型酯酶E29的克隆表达及其酶学性质
    李正阳 戎振 王昭 霍颖异 孟凡旭 王春生 崔恒林 许学伟
    2016, 43(5):1051-1059. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150974
    [摘要](1211) [HTML](147) [PDF 1.08 M](1393)
    摘要:
    目的】克隆表达一个来源于海洋细菌的酯酶E29,并研究其酶学性质。【方法】从细菌Altererythrobacter luteolus SW109T 中筛选并扩增出一个酯酶基因,将其克隆至pSMT3 载体上,并将重组质粒转化至大肠杆菌BL21(DE3)中进行异源表达,分析表达产物的酶学性质。【结果】氨基酸序列分析结果表明,酯酶E29 属于脂类水解酶第二家族(Family II)。酶学性质分析结果显示,酯酶E29 的最适反应底物为对硝基苯酚丁酸酯,最适反应温度为45 ℃,最适反应pH 为8.5;10 mmol/L 的Co2+和Mn2+及15%的异丙醇和乙腈能强烈抑制酯酶E29 的活性,1%的SDS 能使酶失活,甘油的存在能促进酶活性。【结论】酯酶E29 是一个海洋来源的新型酯酶,其具有较高的酶活力值、较宽的底物谱以及对部分有机溶剂和金属离子较好的耐受性,在工业方面具有潜在的应用价值。
    22  泡桐丛枝和枣疯病植原体tuf基因上游序列结构、功能和遗传变异比较分析
    于少帅 林彩丽 潘皎 任争光 朴春根 汪来发 郭民伟 田国忠
    2016, 43(5):1060-1069. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150805
    [摘要](1139) [HTML](102) [PDF 7.20 M](1189)
    摘要:
    目的】探究泡桐丛枝和枣疯病植原体tuf 基因上游序列结构、功能差异及其遗传多样性。【方法】利用热不对称交错式PCR (TAIL-PCR)扩增枣疯病植原体tuf 基因上游未知序列,利用启动子探针载体pSUPV4 构建了泡桐丛枝和枣疯病植原体tuf 基因上游序列的大肠杆菌异源表达体系,分析泡桐丛枝、苦楝丛枝、莴苣黄化、桑萎缩、长春花绿变等16SrI 组和枣疯病、樱桃致死黄化、重阳木丛枝等16SrV 组株系tuf 基因上游调控序列的遗传变异特征和启动子活性。【结果】泡桐丛枝等16SrI 组植原体株系tuf 基因和其上游fusA 基因之间的间区序列长129-130 bp,预测有完整的启动子保守结构。泡桐丛枝植原体tuf 基因上游130 bp 片段具有启动子活性,此间区序列在5 种35 株16SrI 组株系中存在4 种变异类型;枣疯病植原体等16SrV组株系fusAtuf 基因间区长53-54 bp,未预测到完整启动子结构。枣疯病植原体tuf 基因上游144 bp 和346 bp 片段均未检测到启动子活性,fusAtuf 基因间区序列在3 种20 株16SrV组株系中存在2 种变异类型。fusA-tuf 基因间区序列相对保守,基于此序列构建的进化树可清晰区分不同组别的植原体株系。【结论】研究方法和结果为深入研究植原体基因表达与调控、揭示植原体生长繁殖规律及其致病机理等奠定了良好的基础。
    23  推进国家微生物资源平台建设,支撑微生物学科发展——“第七届全国微生物资源学术暨国际微生物系统与分类学研讨会”专刊序言
    姜瑞波 阮志勇
    2016, 43(5):891-892. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.167005
    [摘要](1115) [HTML](104) [PDF 227.21 K](1347)
    摘要:
    微生物资源是国家战略性生物资源之一,是支撑微生物学科发展与技术创新的重要基础。中国作为微生物资源的大国,近年来,通过“国家微生物资源平台”项目的建设,在微生物资源的分离、收集、保藏与共享等方面都取得了较大的发展。在我国微生物资源科技工作者的共同努力下,微生物新种的分离与发表也跃居世界首位。《微生物学通报》组织了本期“微生物资源”主题刊,旨在展示微生物资源学领域的最新进展,加强微生物资源学领域学术交流,提升我国微生物资源分类和系统学研究水平,促进微生物资源学科发展,推进国家微生物资源平台建设。
    24  我国微生物分类学发展现状及面临的挑战——“第七届全国微生物资源学术暨国际微生物系统与分类学研讨会”专刊序言
    许学伟
    2016, 43(5):893-894. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.167105
    [摘要](1120) [HTML](112) [PDF 230.81 K](1442)
    摘要:
    2015年8月,“第七届全国微生物资源学术暨国际微生物系统与分类学研讨会”在浙江省杭州市顺利召开。会议重点围绕微生物资源与分类领域的新技术、新方法和新进展开展学术研讨与交流,展示了我国微生物资源与分类领域的研究水平和发展前景;会议特别举办了“微生物系统与分类学”专题培训。“微生物资源学术研讨会”与《微生物学通报》首次合作,出版了一期“微生物资源”主题刊,在微生物新分类单元有效发表方面做了有益探索,期望该期论文集有助于促进我国微生物资源与分类领域的交流和发展。
    25  第七届全国微生物资源学术暨国际微生物系统与分类学研讨会:评论和结论
    Aharon Oren
    2016, 43(5):895-898. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.166005
    [摘要](992) [HTML](95) [PDF 196.40 K](1323)
    摘要:
    26  梭菌属分类研究进展:现状和展望
    Paul A.Lawson
    2016, 43(5):1070-1074. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.166105
    [摘要](1599) [HTML](177) [PDF 552.82 K](2114)
    摘要:
    目前构成梭菌属的微生物在系统发育和表型特征上不一致。多相分类数据表明,梭菌属物种之间差异大。大量基于16S rRNA 基因的系统发育研究表明,梭菌属应被限定为梭菌属类群I,作为狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)。尽管有这方面认识,梭菌属新物种仍持续增加,这些新物种并不能与梭菌属类群I 和标准种丁酸梭菌(C. butryicum)形成一致分支,引发梭菌属分类上的混乱。本文明确了梭菌属物种的范围,即只包括模式种和梭菌属类群I。此外,4 个物种念珠状真杆菌(Eubacterium moniliforme)、旋舞真杆菌(Eubacterium tarantellae)、最大八叠球菌(Sarcina maxima)和胃八叠球菌(Sarcina ventriculi)应被调至梭菌属,分别命名为念珠状梭菌(Clostridium moniliforme)、旋舞梭菌(Clostridium tarantellae)、最大梭菌(Clostridium maximum)和胃梭菌(Clostridium ventriculi)。一个新属哈撒韦氏菌属(Hathewaya)被提议成立,3 个梭菌属物种溶组织梭菌(Clostridium histolyticum)、泥渣梭菌(Clostridium limosum)和解朊梭菌(Clostridiumproteolyticum)重新归为溶组织哈撒韦氏菌(Hathewaya histolytica)、泥渣哈撒韦氏菌(Hathewaya limosa)和解朊哈撒韦氏菌(Hathewaya proteolytica),其中Hathewaya histolytica 为模式种。
    27  从环境中分离培养微生物:培养基营养水平至关重要
    周楠 姜成英 刘双江
    2016, 43(5):1075-1081. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160010
    [摘要](1348) [HTML](157) [PDF 269.41 K](2628)
    摘要:
    根据目前的微生物学知识体系,利用现有的微生物培养技术仅仅能够分离和培养部分微生物,自然环境中绝大多数微生物暂不能培养。本文总结归纳了部分微生物培养技术和培养策略,包括采取生境隔离、延长培养时间以及模拟自然环境条件等方法,尤其是培养基的营养水平对可培养微生物数量及种类产生重要影响。简要总结了寡营养微生物及其生态意义,以及营养物浓度影响微生物生长的机理。提出可根据微生物的生态环境条件及细胞生理特性,设计合理的培养条件和培养方法,以及采用多种分离培养方法联合,以期最终提高环境微生物的可培养性。
    28  赤杆菌科微生物分类研究进展
    吴月红 许学伟
    2016, 43(5):1082-1094. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150973
    [摘要](1269) [HTML](105) [PDF 992.46 K](1939)
    摘要:
    赤杆菌科微生物隶属于细菌域(Bacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)。依据16S rRNA 基因序列的系统发育分析结果,2005 年赤杆菌科被提议建立,成立之初由3 个属5 个种组成;在过去10 年中,该科的物种数量增加迅速;截止2015 年10 月,赤杆菌科合格发表6 个属44 个种。赤杆菌科微生物在土壤、热泉、海水和沉积物等环境中广泛分布,其在环境修复、食品工程及生物医药等领域具有重要的应用前景。此外,部分菌株具有细菌叶绿素a,营好氧异养生长兼具光合作用功能,是好养不产氧光合异养菌的一个重要类群,近年来其在全球海洋碳循环和能量代谢过程中的重要作用日益凸显,得到了国内外学者的关注。本文综述了赤杆菌科微生物的分类特征、生态分布和应用基础等方向的研究进展,并对其分类研究趋势做了分析。
    29  根瘤菌系统学研究进展与展望
    陈文峰
    2016, 43(5):1095-1100. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150994
    [摘要](1576) [HTML](112) [PDF 282.12 K](2300)
    摘要:
    根瘤菌(Rhizobia)原指能与豆科植物共生固氮的革兰氏阴性细菌,归属于变形杆菌门的α-变形杆菌纲和β-变形杆菌纲。近年来,细菌系统学研究方法的发展及大量新菌株的研究,大大改变了根瘤菌的分类方法和分类系统。最新的分类体系中,对α-纲内的根瘤菌属(Rhizobium)进行了重新划分:一部分种仍保留在根瘤菌属内,新增了副根瘤菌属(Pararhizobium)和新根瘤菌属(Neorhizobium),恢复并修订了土壤杆菌属(Agrobacterium)和其它根瘤菌属(Allorhizobium), 且所有属中都包括了共生和非共生的细菌。α- 纲内的中华根瘤菌属(Sinorhizobium)学名虽已被剑菌属(Ensifer)取代,但在研究共生的细菌时,前者的名称仍被广泛使用。在分类方法方面,最重要的进展全基因组序列测定及平均核苷酸一致性(ANI)已取代传统的DNA 同源性分析。由于16S rRNA 基因序列在根瘤菌系统发育中的保守性,目前多用于确定系统发育中属的分类地位,而多基因序列分析、全基因组序列比较来确定种的分类地位已成为确定基因种的“黄金标准”。加上生理生化特性、脂肪酸、醌等的快速测定获得表型和化学分类数据,使得近十年来根瘤菌的系统学快速发展。可以期待,未来基于全基因组序列分析的根瘤菌分类系统将更趋稳定,但大量的新种仍有待描述,而这仍会导致建立一些新属,或在原本不包括根瘤菌的细菌属内分离到一些共生固氮的种或菌株。另外,药用豆科植物苦参与含有不同结瘤基因的多种根瘤菌共生混杂性的发现,突破了原来对共生专一性的认识,为豆科植物与根瘤菌之间共生关系的研究开拓了新思路。
    30  嗜热微生物及在高温生物冶金过程中的应用
    刘丽君 刘双江 姜成英
    2016, 43(5):1101-1112. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160184
    [摘要](1199) [HTML](112) [PDF 1.27 M](2045)
    摘要:
    嗜热微生物包括中度嗜热微生物和极端嗜热微生物,主要栖息于热泉、火山口、海底热液喷口、高温反应器以及工厂高温废水排放区等自然或人为产生的高温环境中。它们可以生活在40-80 ℃、甚至更高的温度中,其中有些具备嗜酸性及特殊的代谢类型,在高温生物冶金过程中具有应用潜力。高温生物冶金较传统中温生物冶金更具优势,其能浸出某些难处理矿、解决浸矿过程的钝化问题,以及提高浸出效率等,目前已引起了生物冶金工业的重视。本文概述了应用于生物冶金的主要嗜热微生物的生理特点、耐热机制以及对铁、铜和砷等离子的耐受机制,进一步介绍了嗜热微生物在高温生物冶金中的发展及应用。
    31  嗜盐古菌分类学研究进展
    崔恒林
    2016, 43(5):1113-1122. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150920
    [摘要](1153) [HTML](211) [PDF 600.00 K](1961)
    摘要:
    嗜盐古菌是一类需要高盐维持生长的古菌。到目前为止,已发现的嗜盐古菌都属于古菌域的广古菌门,主要包括:嗜盐甲烷古菌类群、嗜盐古菌纲的全部成员以及尚不能培养的纳米嗜盐古菌类群。嗜盐古菌是盐环境的土著类群,驱动着盐环境生态系统的生物地球化学循环。作为极端微生物,嗜盐古菌在理论研究和应用领域具有重要的研究价值。本文从嗜盐古菌分类学地位的变迁、分类学方法、分类学研究现状及我国的嗜盐古菌分类学研究等方面综述了嗜盐古菌分类学的最新研究进展。
    32  拟诺卡氏菌属放线菌研究进展
    李文均 张永光
    2016, 43(5):1123-1135. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150899
    [摘要](1381) [HTML](158) [PDF 529.52 K](2332)
    摘要:
    拟诺卡氏菌属是一个经典的丝状放线菌类群,在近十余年来获得了快速发展,目前已合格发表42 个种、2 个亚种。该菌群在土壤环境,尤其是天然高盐碱土样生境中广泛分布,同时从海洋、人居环境、临床样本、堆肥等生境中也能分离到。拟诺卡氏菌不仅能合成抗生素、酶抑制剂、生物表面活性剂等多种结构新颖的活性物质,而且还能产生多种具有潜在工业用途的酶,因此近年来引起了国内外学者的广泛关注。本文综述了拟诺卡氏菌分类学、生态分布与适应机制、代谢产物及遗传转化的研究进展,并对其研究趋势做了分析。
    33  基因组分析方法在微生物分类学中的应用
    惠文彦 张和平
    2016, 43(5):1136-1142. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.151018
    [摘要](1124) [HTML](189) [PDF 316.67 K](2306)
    摘要:
    细菌分类学始于19 世纪后半叶,当时主要是以表型标记和生理生化特性为基础的简单分类,之后DNA-DNA 分子杂交、16S rRNA 基因序列分析方法的出现给微生物分类带来了极大的便利。尽管如此,这些分类学方法仍然存在一些局限性,而基因组时代的到来,为微生物分类带来了新思路。本文主要介绍了5 种基于全基因组数据的微生物分类方法,包括平均核苷酸同源性分析、核心基因组分析、最大唯一匹配指数分析、K 串组分矢量法和基因流动性分析,并论述了这些方法在微生物分类学中的应用。
    34  产甲烷古菌研究进展
    承磊 郑珍珍 王聪 张辉
    2016, 43(5):1143-1164. DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150993
    [摘要](1392) [HTML](131) [PDF 2.08 M](2694)
    摘要:
    产甲烷古菌是一类严格厌氧的古菌,只能利用简单的化合物进行产甲烷生长。产甲烷古菌在地球生命起源和进化、全球气候变化、碳生物地球化学循环和农业废弃物资源化利用等领域,都起着至关重要的作用。系统了解产甲烷古菌的生物学特征,将有助于在这些基础和应用领域的研究工作。本文主要从生理生化特征、代谢途径、能量储存和系统分类等方面介绍产甲烷古菌的研究进展。

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