微生物学通报  2017, Vol. 44 Issue (5): 1074−1080

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韩伟, 林娟, 谢勇, 徐凡, 叶秀云
HAN Wei, LIN Juan, XIE Yong, XU Fan, YE Xiu-Yun
褐藻胶裂解酶基因的克隆表达及重组酶酶学性质
Expression and characterization of a recombinant alginate lyase
微生物学通报, 2017, 44(5): 1074-1080
Microbiology China, 2017, 44(5): 1074-1080
DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160518

文章历史

收稿日期: 2016-07-17
接受日期: 2016-09-22
优先数字出版日期(www.cnki.net): 2016-09-28
褐藻胶裂解酶基因的克隆表达及重组酶酶学性质
韩伟, 林娟, 谢勇, 徐凡, 叶秀云     
福建省海洋酶工程重点实验室福州大学    福建    福州    350116
摘要【目的】 克隆交替假单胞菌(Pseudoalteromonas sp.) BYS-2的褐藻胶裂解酶基因,实现其在大肠杆菌细胞中异源表达,对分离纯化的重组酶进行酶学性质研究。 【方法】 以交替假单胞菌BYS-2菌株基因组DNA为模板,克隆得到褐藻胶裂解酶基因alg738,构建重组基因工程菌BL21(DE3)/pET22b-alg738,诱导表达,表达产物通过Ni-NTA树脂纯化后进行酶学性质研究。 【结果】 重组酶的最适反应pH为8.0,在pH 6.0−9.0范围内37℃保温1 h仍能保持84%以上的相对酶活力,具有较好的pH稳定性;最适反应温度为45℃,热稳定性实验显示在37℃下保温60 min其残余酶活力仍达66.6%;在5 mmol/L浓度下,Na+、Mg2+、Mn2+对该酶具有明显的促进作用,Ni2+、Co2+、Cu2+、Hg2+、Zn2+、EDTA、β-巯基乙醇、SDS具有明显的抑制作用。动力学参数KmVmax分别为1.11 g/L和0.011 g/(L·min),底物特异性分析表明该重组酶为偏好聚甘露糖醛酸钠(poly M)裂解作用的双功能酶。 【结论】 重组褐藻胶裂解酶具有良好的酶学特性,为褐藻胶裂解酶的开发应用打下基础。
关键词褐藻胶裂解酶     交替假单胞菌     克隆表达     重组酶     酶学性质    
Expression and characterization of a recombinant alginate lyase
HAN Wei, LIN Juan, XIE Yong, XU Fan, YE Xiu-Yun     
Fujian Provincial Key Laboratory of Marine Enzyme Engineering, Fuzhou University, Fuzhou, Fujian 350116, China
Received: July 17, 2016; Accepted: September 22, 2016; Published online(www.cnki.net): September 28, 2016
Foundation item: State Oceanic Administration of Marine Public Welfare Industry Research (No. 201305015); Enterprise Technology Innovation Project of Fujian Province; Fuzhou Science and Technology Project (No. 2016X0005)
*Corresponding author: LIN Juan, E-mail:ljuan@fzu.edu.cn.
Abstract: [Objective] The alginate lyase gene of Pseudoalteromonas sp. BYS-2 was cloned and expressed in Escherichia coli, and the properties of recombinase were characterized. [Methods] The alginate lyase gene alg738 was cloned from the genomic DNA of Pseudoalteromonas sp. BYS-2 and the recombinant strain BL21(DE3)/pET22b-alg738 was constructed. The recombinase was purified with Ni-NTA resin and the enzymatic properties were studied. [Results] The optimum pH of recombinase was 8.0. It was stable in the pH range of 6.0 to 9.0 and could maintain more than 84% of its relative enzyme activity after incubation at 37℃ for 1 hour. The optimum temperature of recombinase was 45℃ and 66.6% of enzyme activity was remained after incubation at 37℃ for 60 minutes. At the concentration of 5 mmol/L, Na+, Mg2+ and Mn2+ had significant stimulation on the enzyme activity, while Ni2+, Co2+, Cu2+, Hg2+, Zn2+, EDTA, β-mercaptoethanol and SDS had inhibitory effects on the enzyme. The kinetic parameters Km and Vmax of rAlg738 were 1.11 g/L and 0.011 g/(L·min), respectively. Moreover, this recombinase was a bifunctional enzyme which prefers sodium polymannuronate (Poly M). [Conclusion] The properties of the recombinase rAlg738 has laid a good foundation for its future development and application.
Key words: Alginate lyase     Pseudoalteromonas sp.     Cloning and expression     Recombinant enzyme     Characterization    

褐藻胶(Alginate)是存在于褐藻细胞壁及细胞间质中的一种水溶性酸性多糖,广义上褐藻胶是褐藻酸、褐藻酸盐及褐藻酸有机衍生物的统称,市场上商品一般指的是褐藻酸钠盐。褐藻胶是世界上用途最广的三大海藻胶之一,广泛应用于工业、农业、医药等领域[1-5]。褐藻胶在藻体中含量丰富,工业上应用的褐藻胶大部分来源于3个属:巨藻(Macrocystis)、海带(Laminaria)和泡叶藻(Ascophyllum),欧美国家生产的褐藻胶主要源自巨藻,我国生产的褐藻胶则主要来源于海带。褐藻胶分子由两种互为C5差向异构体的单体[β-D-甘露糖醛酸(M)和α-L-古罗糖醛酸(G)]聚合而成[6],其组成方式有3种:同聚物G段、同聚物M段和异聚物G/M段。同一种褐藻胶中可同时包含一种及多种结构。

由于褐藻胶凝胶性强、黏度大、不易被机体吸收等缺点,使其在应用方面受到限制。随着海洋科学和寡糖生理活性研究的不断深入,褐藻胶寡糖的价值逐渐被揭示。研究表明,褐藻胶寡糖有抗肿瘤、抗凝血、抗自由基氧化、抗菌、预防龋齿、增强免疫、促进植物生长和诱导抗逆性等生物活性[7-8]。褐藻胶裂解酶作为一种海藻工具酶[9],因其反应条件温和,专一性强,且在制备过程中不改变寡糖结构,得到的寡糖也较酸解寡糖生物活性更强等优点,将逐步取代传统酸碱制备方法。因此对褐藻胶裂解酶的开发引起了国内外学者的关注。

褐藻胶裂解酶来源广泛,可从土壤微生物、海洋软体动物和微生物、海藻、海水甚至一些噬菌体、病毒中分离获得,但主要来自海洋微生物[10]。不同来源的褐藻胶裂解酶,其酶学性质差异较大,在分子量、底物特异性、最适pH和温度等方面也各不相同。本文采用基因工程方法,克隆褐藻胶裂解酶基因,构建重组表达载体,转化大肠杆菌进行异源表达,并对重组酶进行分离纯化和酶学性质研究,为褐藻胶裂解酶的开发应用打下基础。

1 材料与方法 1.1 材料

1.1.1 菌株和质粒: 交替假单胞菌BYS-2菌株:从福建南日岛鲍鱼养殖场水样中筛选获得;宿主大肠杆菌Top10为本实验保存菌株;宿主大肠杆菌BL21(DE3) 购于北京TransGen公司;质粒pET-22b(+)为本实验室保存质粒。

1.1.2 主要试剂和仪器: Pfu DNA Polymerase购自北京TransGen公司;质粒提取试剂盒购自美国OMEGA公司;限制性内切酶、T4 DNA连接酶、蛋白Marker购自美国Thermo Fisher Scientific公司;IPTG购自生工生物工程(上海)股份有限公司。梯度热循环PCR仪Veriti® 96-Well Thermal Cycler,美国Applied Biosystems公司;凝胶成像仪JS-680,上海培清科技有限公司;DYY-8C型电泳仪、DYCP-31DY型电泳槽,北京六一仪器厂;YXQ-LS-100SII型高压蒸汽灭菌锅、SW-CJ-2FI类B型超净工作台,上海博迅实业有限公司;SHP-250型隔水式恒温培养箱,上海精宏实验设备有限公司;752N型可见分光光度计,上海精密科学仪器有限公司;CF16RXⅡ型高速冷冻离心机,日本HITACHI公司;ZWY-2101C型恒温培养振荡器,上海智城分析仪器制造有限公司。

1.2 实验方法

1.2.1 引物设计与基因克隆: 引物设计:alg738-F:5′-AACTGAATTCAGCGCATCCAAATTTGGTAATA ACC-3′,alg738-R:5′-AAGTCTCGAGCTCCTGATTA TTCTTCATCGCATAAAC-3′。以交替假单胞菌BYS-2菌株DNA为模板,50 µL体系扩增alg738基因。扩增体系:2×Pfu PCR master 25 µL,20 pmol/L alg738-F 1.5 µL,20 pmol/L alg738-R 1.5 µL,基因组DNA 3 µL,ddH2O 19 µL。扩增条件:94 ℃ 5 min;94 30 s,60℃ 30 s,72℃ 2.5 min,30个循环;72 ℃ 10 min;10 ℃保存[11]。将扩增PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳验证,回收目的片段。

1.2.2 表达载体构建: alg738基因和质粒pET-22b(+)用EcoR I和Xho I双酶切,回收的基因片段和酶切质粒用T4 DNA连接酶连接,构建重组表达质粒pET-22b-alg738,转化至感受态细胞大肠杆菌Top10,挑选阳性转化子送至Invitrogen公司测序,提取序列正确的重组质粒转化至感受态细胞大肠杆菌BL21(DE3)。

1.2.3 序列分析: 采用Expasy中ProtParam (http://web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam)预测褐藻胶裂解酶alg738基因的蛋白质分子量以及等电点等;采用SignalP 4.1 (http://www.cbs.dtu.dk/ services/SignalP/)预测蛋白质信号肽以及剪切位点,为目的蛋白表达提供一定基础条件;利用SWISS-MODEL (http://swissmodel.expasy.org/interactive)在线对褐藻胶裂解酶Alg738进行三维建模。

1.2.4 重组酶rAlg738诱导表达: 将构建的大肠杆菌工程菌接种到LB液体培养基[12]中(含Amp终浓度为100 mg/L),37、200 r/min振荡培养。菌液OD600达到0.5-0.8时,加入IPTG (终浓度为1 mmol/L)进行诱导,以未添加IPTG诱导作为对照组。收集菌液,4、13 000 r/min离心5 min,收集上清液并测定褐藻胶裂解酶活力。

1.2.5 重组酶rAlg738活力检测: 采用DNS (3, 5-二硝基水杨酸)法测定还原糖含量[13]。取0.1 mL酶液与0.9 mL的0.3%褐藻酸钠底物于40水浴中反应15 min,加入1 mL DNS并煮沸5 min显色,然后立即冷水冷却至室温并定容至5 mL,同时以灭活酶液组作为空白对照,在540 nm下测定吸光值,根据上述葡萄糖标准曲线计算还原糖含量。

酶活力单位定义:在该反应条件下,每分钟催化底物产生1 μmol还原糖所需的酶量作为一个酶活力单位(U)。

1.2.6 重组酶rAlg738分离纯化: 利用中空纤维柱对诱导上清液进行初步浓缩;将浓缩液进行硫酸铵分级沉淀,检测酶活力并收集[14];将收集的重组酶溶液置于2 L Tris-HCl缓冲液(pH 7.0) 中进行透析;通过Ni-NTA亲和层析对重组酶rAlg738进行分离纯化,SDS-PAGE检测纯度。

1.2.7 重组酶rAlg738比活力测定: 以考马斯亮蓝染色(Bradford)法测定纯化酶液的蛋白含量[15-16];在最适反应条件下测定重组酶活力,计算比活力(酶活力/蛋白含量)。

1.2.8 重组酶rAlg738纯酶性质研究: (1) 最适反应pH和pH稳定性研究。在40℃条件下,分别测定在不同pH缓冲溶液配制的褐藻胶底物中的酶活力,以测得的最高酶活力值为100%,计算相对酶活力,确定最适反应pH。将其置于不同pH缓冲液中37℃条件下保温1 h,在最适pH和温度下测定酶活力,以测得的最高酶活力为100%,计算各pH下褐藻胶裂解酶的残余酶活百分比。(2) 最适反应温度和温度稳定性研究。在最适pH条件下,分别测定在不同温度(20、30、40、50、60、70℃) 下的褐藻胶裂解酶活力,以测得的最高酶活力为100%,计算相对酶活力,确定最适反应温度。将其分别置于不同温度水浴中保温,在不同时间点(2、5、8、15、30、45、60 min)分别取样并在最适pH和温度下测定酶活力,以未处理组的酶活力定义为100%,计算各温度条件下褐藻胶裂解酶的残余酶活百分比。(3) 不同金属离子及化学试剂对酶活力的影响。在最适反应条件下,比较浓度为1 mmol/L和5 mmol/L的14种金属离子(Na+、Ca2+、K+、Co2+、Cr3+、Li+、Cu2+、Mg2+、Ni2+、Fe2+、Fe3+、Mn2+、Hg2+、Zn2+)和2种化学试剂(EDTA、SDS)对酶活性的影响,以相同条件下未加金属离子和化学试剂的酶促反应为对照。(4) 酶Km值和Vmax值测定。配制不同浓度(0.8-6.0 g/L)的反应底物,在最适反应条件下测定酶活力,重复3次,计算酶促反应速度,利用双倒数法求得Km值和Vmax[17]。(5) 酶底物特异性研究。分别配制0.3% (质量体积比)的褐藻酸钠、聚古罗糖醛酸钠、聚甘露糖醛酸钠底物,在最适条件下测定酶活力,确定该重组酶对不同底物的作用特异性。

2 结果与分析 2.1 褐藻胶裂解酶全长基因调取及序列分析

以交替假单胞菌BYS-2菌株基因组DNA为模板,设计全长特异性引物alg738-F/R进行PCR扩增;扩增得到一条约2 200 bp大小的片段(图 1),送测序。将测序获得的序列利用Vector软件进行开放阅读框分析,在NCBI数据库中进行蛋白序列比对,确认该序列为完整的褐藻胶裂解酶基因全长,记为alg738

图 1 褐藻胶裂解酶基因alg738的PCR扩增电泳图 Figure 1 PCR product of alginate lyase gene alg738 Note: M: 5 000 bp DNA marker; 1: PCR product.

褐藻胶裂解酶基因alg738全长2 217 bp,利用ProtParam预测该蛋白的氨基酸组成和理化性质,发现其可以编码738个氨基酸,分子量约为79.512 kD,理论等电点为6.42。带负电的氨基酸Asp和Glu共有79个,而带正电的氨基酸Arg和Lys有72个,由此推断该蛋白为一个酸性蛋白。SignalP 4.1预测结构表明蛋白N端含28个氨基酸的信号肽序列;通过NCBI中BLASTp对预测蛋白序列分析,该蛋白含Alginate lyase和Hepar_Ⅱ_Ⅲ两个保守结构域。利用SWISS-MODEL在线对褐藻胶裂解酶Alg738进行同源建模,以4nei.1.A为模板,对Alg738中第28-734个氨基酸进行结构模拟,得到一个低同源性的蛋白结构(图 2),一致性仅为50.07%,该结构中螺旋区和折叠区分区明显,N端约370个氨基酸部分富含α-螺旋,剩余部分富含β-折叠结构。

图 2 三维结构模拟示意图 Figure 2 Three-dimensional simulated structure of Alg738
2.2 重组酶rAlg738的表达与纯化

重组工程菌BL21(DE3)/pET22b-alg738经IPTG诱导分泌重组酶rAlg738。诱导结束后,离心收集上清液测定褐藻胶裂解酶活力并进行SDS-PAGE检测(图 3)。发现经过IPTG诱导的发酵上清液在80 kD处出现一条很明显的蛋白条带,与预测的理论分子量大小(79.512 kD)一致,说明重组褐藻胶裂解酶基因alg738在大肠杆菌中诱导表达成功。

图 3 重组酶rAlg738的SDS-PAGE分析 Figure 3 SDS-PAGE analysis of rAlg738 注:M:Protein marker;1:未经IPTG诱导的发酵上清液;2:经IPTG诱导的发酵上清液;3:纯化后的重组酶. Note: M: Protein marker; 1: Fermentation without IPTG; 2: Fermentation with IPTG; 3: The purified recombinant enzyme.

将诱导和未经诱导的发酵上清液经过中空纤维柱初步浓缩、硫酸铵分级沉淀和镍柱纯化后得到单一条带(图 3),表明重组酶rAlg738已获得纯化。在最适条件下测定重组酶活力为560 U/L,比活力为0.34 U/mg。

后续进一步对经过分离纯化的重组酶rAlg738进行酶学性质研究。

2.3 重组酶rAlg738性质分析

2.3.1 最适反应pH和pH稳定性: 将rAlg738置于不同pH缓冲液中测定酶活力,结果表明该重组酶的最适反应pH为8.0,当pH小于5.0或大于10.0时酶活力降为0 (图 4A)。将重组酶置于不同pH缓冲液中37℃保温1 h并测定酶活力,结果表明该酶在pH 6.0-9.0范围内稳定性较好,能保持84%以上的相对酶活力;在pH低于4.0或高于11.0条件下该酶完全失活(图 4B)。

图 4 重组酶rAlg738最适反应pH (A)和pH稳定性(B) Figure 4 Effect of pH on activity (A) and stability (B) of rAlg738

2.3.2 最适反应温度和热稳定性: 将rAlg738置于不同温度条件下测定酶活力,结果表明该重组酶的最适反应温度为45℃ 图 5A)。热稳定性试验结果显示,该酶在43℃以下较稳定,37℃保温60 min其残余酶活力仍达66.6%;当温度超过50℃,酶快速失活,保温15 min,相对酶活降为0 (图 5B)。

图 5 重组酶rAlg738最适反应温度(A)和热稳定性(B) Figure 5 Effect of temperature on activity (A) and stability (B) of rAlg738

2.3.3 金属离子及化学试剂对酶活性影响: 14种金属离子及2种化学试剂对重组酶活性的影响见表 1。当浓度相对较低(1 mmol/L)时,Na+、K+、Ca2+对该酶有一定促进作用,Co2+、Hg2+、Zn2+、Ni2+、EDTA对该酶具有明显的抑制作用,Cu2+和SDS可完全抑制酶活性;当浓度为5 mmol/L时,Na+、Mg2+、Mn2+对该酶具有明显的促进作用,其中Mn2+促进作用最明显,酶活力提高了50.7%,K+、Ca2+和Fe2+有一定促进作用,而Ni2+、Co2+、EDTA、β-巯基乙醇具有明显的抑制作用,Cu2+、Hg2+、Zn2+、SDS可完全抑制该重组酶活性。

表 1 不同添加剂对重组酶rAlg738活力的影响 Table 1 Effects of different factors on rAlg738 activity
添加剂
Additives
1mmol/L相对酶活
1mmol/L Relative activity (%)
5mmol/L相对酶活
5mmol/L Relative activity (%)
Blank100100
Li+87.35±5.7194.82±1.00
Na+103.04±2.54122.81±6.43
K+102.38±3.28114.54±4.04
Ca2+110.18±1.43107.41±2.42
Mg2+93.44±6.57130.50±4.98
Ni2+70.42±1.5556.00±1.36
Co2+47.96±2.5838.96±0.63
Cu2+00
Fe2+98.30±2.46117.01±2.46
Fe3+83.00±6.7080.45±3.87
Mn2+89.16±1.08150.70±7.86
Hg2+47.42±1.100
Gr3+83.56±1.0889.53±1.32
Zn2+38.99±1.970
SDS00
EDTA67.91±1.2856.93±2.34
β-巯基乙醇89.45±3.7777.89±2.79
β-mercaptoethanol

2.3.4 酶促反应动力学参数测定: 采用Linewaeaver-Burk作图法,测得重组酶rAlg738的Vmax为0.011 g/(L·min),Km为1.11 g/L (图 6)。

图 6 重组酶rAlg738的Linewaeaver-Burk作图 Figure 6 Linewaeaver-Burk plot of rAlg738

2.3.5 重组酶rAlg738的底物特异性: 褐藻胶分子由β-D-甘露糖醛酸(M)和α-L-古罗糖醛酸(G)两种单体聚合而成。褐藻胶裂解酶根据作用底物不同可分为三类:特异性裂解1, 4-β-D-甘露糖醛酸片段酶、特异性裂解1, 4-α-L-古罗糖醛酸片段酶或者可同时裂解两种片段的双功能裂解酶。分别以褐藻酸钠、聚甘露糖醛酸钠(poly M)、聚古罗糖醛酸钠(poly G)为底物测定重组酶活力,结果发现该重组酶为poly M偏好型的双功能酶,作用于聚甘露糖醛酸片段效果远大于作用于聚古罗糖醛酸片段(表 2)。

表 2 重组酶rAlg738的底物特异性 Table 2 Substrate specificity of rAlg738
底物
Substrate
相对酶活力
Relative activity (%)
褐藻酸钠Sodium alginate 100.00±1.55
Poly M 225.57±1.86
Poly G 44.54±5.10
3 结论

以交替假单胞菌BYS-2基因组DNA为模板,克隆目的基因alg738全长,构建工程菌大肠杆菌BL21(DE3)/pET22b(+)-alg738,诱导表达,对重组酶rAlg738进行分离纯化和酶学性质研究。

重组酶的最适反应pH为8.0,最适反应温度为45,在pH 6.0-9.0、43以下稳定性较好;低浓度(1 mmol/L)下Na+、K+、Ca2+对该酶有一定促进作用,而高浓度(5 mmol/L)下Na+、Mg2+、Mn2+则具有明显的促进作用;在1 mmol/L和5 mmol/L下,Cu2+、Co2+、Hg2+、Zn2+、Ni2+、EDTA和SDS对该酶都具有显著的抑制作用。酶促反应参数Km值、Vmax值分别为1.11 g/L和0.011 g/(L·min);底物特异性分析表明该重组酶为偏好聚甘露糖醛酸钠(Poly M)裂解作用的双功能酶。

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