微生物学通报  2017, Vol. 44 Issue (4): 959−969

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孔召玉, 邓振山, 马燕天, 吴子君, 吴兰
KONG Zhao-Yu, DENG Zhen-Shan, MA Yan-Tian, WU Zi-Jun, WU Lan
基于Web of science数据库的ACC脱氨酶研究文献计量分析
Bibliometric analysis of 1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase research based on Web of science
微生物学通报, 2017, 44(4): 959-969
Microbiology China, 2017, 44(4): 959-969
DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160399

文章历史

收稿日期: 2016-05-18
接受日期: 2016-09-14
优先数字出版日期(www.cnki.net): 2016-09-29
基于Web of science数据库的ACC脱氨酶研究文献计量分析
孔召玉1, 邓振山2, 马燕天1, 吴子君1, 吴兰1     
1. 南昌大学生命科学学院 鄱阳湖环境与资源利用教育部重点实验室    江西 南昌    330031;
2. 延安大学生命科学学院    陕西 延安    716000
摘要: 随着土壤环境日益恶化,ACC脱氨酶 (1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase) 提高植物抗逆性及生态修复功能越来越受到关注。基于文献数据库,客观分析当前国际ACC脱氨酶研究的发展动态,旨在推动我国ACC脱氨酶相关研究及其在土壤污染修复中的应用。基于Web of science数据库,采用文献计量学方法,对全球发表于1991−2016年的ACC脱氨酶研究论文的国家、机构、作者、研究领域、期刊及关注热点进行统计分析。ACC脱氨酶全球论文数量在近几年呈现出持续增长态势。其中印度、加拿大和巴基斯坦在ACC脱氨酶研究领域处于国际领先地位,加拿大的发文量和发文影响力均位于首位,研究力量集中,研究人员实力较强。中国在ACC脱氨酶方面的研究起步较晚,发文数量虽然排名全球第四,但其影响力较低。全球范围内,ACC脱氨酶的研究内容主要集中在农业生产及环境修复两个方面。中国从微生物生态学、植物与微生物互作及植物修复等多个方向开展研究,也是今后值得重点关注和跟踪研究的方向。加拿大的研究力量处于国际领先水平。我国在该领域的研究起步晚,但近五年发展速度较快,关注热点体现出一定的特色和前瞻性,今后要注重高水平论文的发表,同时加强与高水平研究机构之间的合作,带动该领域研究力量的整体提升。
关键词ACC脱氨酶     文献计量     Web of science    
Bibliometric analysis of 1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase research based on Web of science
KONG Zhao-Yu1, DENG Zhen-Shan2, MA Yan-Tian1, WU Zi-Jun1, WU Lan1     
1. School of Life Science, Key Laboratory of Poyang Lake Environment and Resource Utilization, Ministry of Education, Nanchang University, Nanchang, Jiangxi 330031, China;
2. School of Life Science, Yan'an University, Yan'an, Shaanxi 716000, China
Received: May 18, 2016; Accepted: September 14, 2016; Published online(www.cnki.net): September 29, 2016
Foundation item: National Natural Science Foundation of China (No.41601337, 31360127)
*Corresponding author: WU Lan, E-mail:wl690902@hotmail.com.
Abstract: As the soil environment is increasingly deteriorating, the potential use of ACC deaminase in improving plant tolerance and bioremediation has received significant attention in recent years. Our aim is to objectively analyze the current development of ACC deaminase studies worldwide, thus to promote the development of related research work and their utilization in bioremediation of contaminated soils in China. Based on Web of science database, the countries, institutions, authors, research fields, journals and key words of ACC deaminase literatures published during 1991−2016 are quantitatively and qualitatively analyzed. The ACC deaminase publications have witnessed a continued increase in recent years all over the world. India, Canada and Pakistan are in a leading position in the ACC deaminase research field. Both of the number and influence of the ACC deaminase publications of Canada rank the first. The ACC deaminase study in Canada has focused and strong research strength. The ACC deaminase research in China initialized late. Although the number of published paper of China ranks the fourth place worldwide, the influence is low. The worldwide research area of ACC deaminase mainly focused on agricultural production and environmental remediation. The research area in China mainly concentrated on microbial ecology, plant-microbe interaction and phytoremediation, which are worth focusing and tracking in the future. The research strength of ACC deaminase in Canada ranks the first all over the world. This research field in China started late, but has been developing rapidly during the recent five years. The hot topics of attention are also unique and forward-looking. Nevertheless, more efforts are still needed to publish high level papers, at the same time strengthening the cooperation with high level research institutes, thus to drive the overall improvement of the research strength of ACC deaminase in China.
Key words: ACC deaminase     Bibliometric analysis     Web of science    

全球气候变化、土壤盐渍化及重金属污染等是影响农业生产和土壤生态环境的严重问题。提高耕地土壤质量,增强植物抗逆性,促进植物生长,增加农作物产量是当前农业可持续发展的重大现实需求。植物根际促生长细菌 (Plant growth-promoting rhizobacteria,PGPR) 能够改善土壤质量,抑制病原物微生物,增强植物抗逆性,促进植物生长,兼具农业增产、生物防治和环境治理的功效[1]。近几年,随着土壤环境日益恶化,PGPR提高植物抗逆性与生态修复功能也备受关注[2]

含有ACC脱氨酶 (1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase) 的PGPR能够利用并分解植物产生的乙烯合成前体ACC,将ACC分解形成α-丁酮酸和氨气,从而抑制植物体内乙烯合成,缓解植物因受到逆境胁迫产生大量乙烯而造成的抑制作用,提高植物在干旱、盐胁迫及重金属污染等逆境条件下的耐受能力[3-5],同时还可以增加根际土壤中的碳、氮营养[6]。当今我国土壤环境问题突出,耕地土壤环境质量堪忧,ACC脱氨酶的研究与应用越来越凸显其潜在的价值[7]。ACC脱氨酶的开发与应用对改善农田土壤质量、提高土壤肥力、提高农作物产量、减少农药化肥污染等具有重要意义。为全面了解ACC脱氨酶方面的作用机理与应用研究进展,本文采用文献计量分析的方法,对1991−2016年科学引文数据库的Web of knowledge的Web of scienceTM核心合集中ACC脱氨酶研究文献进行统计分析,旨在了解当前国际研究现状,以便推动我国ACC脱氨酶相关研究及其在土壤污染修复中的应用。

1 数据来源与分析方法

利用美国科学信息研究所 (ISI) Web of knowledge的Web of scienceTM核心合集,数据采集范围为1991年−2016年 (1991年之前文献量较少未做统计),数据检索时间为2016年4月20日,数据库更新时间为2016年4月20日。采用基本检索方式,用“ACC deaminase”、“1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase”作为主题词,以“OR”关系进行检索,文章类型选择Article、Review和Proceeding paper,获取相关文献共计625条。核心期刊分析使用ISI的期刊引证报告JCR (Journal citation reports) 及Bibexcel进行数据清理与分析 (主要针对机构、作者和关键词的同义归并等)。

2 结果与分析 2.1 全球及国家发文趋势分析

表 1结果表明,1991–2016年文献发表量总数前十的国家从高到低依次为:印度、加拿大、巴基斯坦、中国、美国、韩国、日本、德国、意大利、俄罗斯。其中,发文量排名前五的国家的发文总量超过全球发文量的一半以上,达到70.68%。印度和加拿大的发文量明显高于其他国家,分别占ACC脱氨酶研究论文总数的19.39%和17.95%。加拿大的发文影响力远远高于其他国家,被引总次数达到6 343,平均每篇被引次数为56.63,说明加拿大在此研究领域占据主导地位。中国的发文总量为65,占全部发文量的10.42%,排名第四,但被引总次数却较为落后,仅为529,平均每篇被引次数仅为8.14,说明论文整体影响力不高,研究力量仍需进一步加强。此外还统计了H指数,H指数表示有H篇论文至少被引用H次,H指数越高,表明论文影响力越大。H指数排名前三的国家分别是加拿大、印度和美国,与按论文被引总次数排序一致。

表 1 ACC脱氨酶文献发表量总数居前十名的国家 Table 1 The top 10 countries of literatures on ACC deaminase
排名
Rank
国家
Country
发文量 (篇)
Number of articles
发文百分比
Percentage (%)
总被引次数
Total citations
每篇平均被引次数
Average citations per paper
H指数
H-index
1 印度India 121 19.36 1 590 13.14 21
2 加拿大Canada 112 17.92 6 343 56.63 44
3 巴基斯坦Pakistan 84 13.44 1 431 17.04 18
4 中国China 65 10.40 529 8.14 11
5 美国USA 59 9.44 1 584 26.85 20
6 韩国South Korea 54 8.64 836 15.48 17
7 日本Japan 24 3.84 594 24.75 12
8 德国Germany 23 3.68 505 21.96 10
9 意大利Italy 19 3.04 660 34.74 9
10 俄罗斯Russia 19 3.04 884 46.53 9

选择全球及印度、加拿大和中国的发文量按发表年份汇总分析,结果见图 1。由图 1可知,在Web of science数据库中,全球范围内关于ACC脱氨酶的研究自2006年开始进入快速发展阶段,在2008年发文量达到巅峰之后略有下降,自2010年发文量又进入到快速稳步攀升阶段。1991年开始出现关于ACC脱氨酶的研究论文,共2篇,其中日本北海道大学和美国孟山都公司各发表一篇。由美国孟山都Klee等[8]发表在Plant Cell上的“Control of ethylene synthesis by expression of a bacterial enzyme in transgenic tomato plants”,被引次数达到255。加拿大的首篇论文发表于1994年,是由滑铁卢大学Glick等[9]发表于Canadian Journal of Microbiology上的“1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid deaminase mutants of the plant-growth promoting rhizobacterium Pseudomonas putida GR12-2 do not stimulate canola root elongation”,被引次数为132。中国的首篇论文是2007年大连海事大学Ji等[10]发表的一篇会议论文“Effects of plant growth-promoting rhizobacteria on the seedling growth of oat and annual ryegrass under salt stress”,被引次数为0。印度自2004年发表首篇论文以来,直接进入到稳步快速发展阶段,与全球研究趋势相保持一致。加拿大逐年的发文量虽然较低,但发文影响力高,每年平均引用次数达到276.30。相比之下,中国ACC脱氨酶研究无论在起步还是发展阶段,都存在一定差距。

图 1 ACC脱氨酶文献在全球及印度、加拿大、中国年发文趋势 Figure 1 Tendency of ACC deaminase literatures in the world, India, Canada and China
2.2 研究机构分析

在统计范围内,发文量全球排名前十的研究机构见表 2。这10个研究机构发文量共计257篇,占全球发文的41.12%。其中,加拿大滑铁卢大学无论在发文数量还是影响力方面都遥遥领先,总发文量为100,被引总次数达到5 564,平均每篇被引次数达55.64。从单篇影响力来看,俄罗斯科学研究院农业微生物研究所的平均影响力也较高,平均每篇被引次数为49.36,排名第二。从近五年发文量来看,巴基斯坦费萨拉巴德农业大学排名第一,其次是加拿大滑铁卢大学和韩国国立忠北大学。从近五年发文量百分比来看,伊朗德黑兰大学、中国南京农业大学和韩国全北国立大学近几年的研究发展呈现出强劲势头,分别占相应国家总发文量的87.50%、83.33%和77.78%。中国ACC脱氨酶的研究力量主要集中于南京农业大学,发文量排名第五,被引总次数排名第六,近五年发文量排名第三。

表 2 ACC脱氨酶文献发表量总数居前十名的研究机构 Table 2 The top 10 research institutes of literatures on ACC deaminase
排名
Rank
研究机构
Research institutes
发文量 (篇)
Number of articles
发文百分比
Percentage (%)
被引总次数
Total citations
每篇平均被引次数
Average citations per paper
近五年发文量 (篇)
Number of articles in recent 5 years
近五年发文量百分比
Percentage of publications in recent 5 years (%)
H指数
H-index
1 加拿大滑铁卢大学
UNIV WATERLOO
100 16.00 5 564 55.64 28 28.00 43
2 巴基斯坦费萨拉巴德农业大学
UNIV AGR FAISALABAD
54 8.64 966 17.89 32 59.26 15
3 韩国国立忠北大学
CHUNGBUK NATL UNIV
26 4.16 637 25.48 10 38.46 14
4 俄罗斯科学研究院农业微生物研究所
ALL RUSSIA RES INST AGR MICROBIOL
14 2.24 691 49.36 7 50.00 9
5 兰开斯特大学
UNIV LANCASTER
12 1.92 251 20.92 8 66.67 7
6 中国南京农业大学
NANJING AGR UNIV
12 1.92 246 20.50 10 83.33 6
7 印度农业研究所
INDIAN AGR RES INST
12 1.92 78 6.00 9 75.00 6
8 印度泰米尔纳德邦农业大学
TAMIL NADU AGR UNIV
10 1.60 211 21.10 6 60.00 6
9 韩国全北国立大学
CHONBUK NATL UNIV
9 1.44 39 4.88 7 77.78 3
10 伊朗德黑兰大学
UNIV TEHRAN
8 1.28 50 6.25 7 87.50 5
2.3 作者分析

统计范围内,发文量排名前十的作者见表 3。他们分别来自加拿大、巴基斯坦、俄罗斯、韩国四个国家,其中来自巴基斯坦4位,其余3个国家分别2位。这10位作者累积发文量为259篇,占所有作者发文总量的41.44%。来自加拿大滑铁卢大学的Glick BR发文量97,被引总次数5 428,发文量与文章影响力均排名第一,明显高于其他作者。来自俄罗斯的两位作者Belimov AA和Safronova VI按发文量分别排名第四和第八,但按被引总次数和篇均被引次数排名,均名列前茅,说明俄罗斯的这两位作者虽然发文量少,但文章影响力较高。发文量前十的作者中暂无中国作者列入。从H指数排名来看,前四位作者分别是Glick BR、Zahir ZA、Arshad M和Madhaiyan M,与发文数量排名基本一致,但与被引总次数和篇均被引次数排序有些出入,说明H指数能够减少为高度引用论文或尚未被引用论文分配的不当权重。

表 3 ACC脱氨酶文献发表量总数居前十名的作者 Table 3 The top 10 authors of literatures on ACC deaminase
排名
Rank
作者
Authors
国家
Country
发文量 (篇)
Number of articles
发文百分比
Percentage (%)
被引总次数
Total citations
每篇平均被引次数
Average citations per paper
H指数
H-index
1 Glick BR 加拿大 97 15.52 5 428 55.96 43
2 Zahir ZA 巴基斯坦 33 5.28 671 20.33 12
3 Arshad M 巴基斯坦 29 4.64 795 27.41 12
4 Belimov AA 俄罗斯 16 2.56 822 51.38 9
5 Madhaiyan M 韩国 16 2.56 494 30.88 12
6 Sa T 韩国 16 2.56 427 26.69 9
7 Naveed M 巴基斯坦 14 2.24 306 21.86 10
8 Safronova VI 俄罗斯 13 2.08 796 61.23 7
9 Shah S 加拿大 13 2.08 503 38.69 9
10 Shaharoona B 巴基斯坦 12 1.92 432 36.00 8
2.4 学科领域分析

关于ACC脱氨酶研究涉及的主要学科领域分布情况见表 4。该研究方向涉及最多的10个学科,微生物学位居首位,发文量占30.56%,其他学科依次为生物技术与应用微生物学、植物科学、农业及生态环境科学等。其中说明ACC脱氨酶的研究方向更多倾向于农业生产、环境保护以及交叉学科的研究。

表 4 ACC脱氨酶研究所涉及的主要学科领域 Table 4 The main research fields involved in ACC deaminase studies
学科类别
Subject
发文量 (篇)
Number of articles
发文百分比
Percentage (%)
百分比条形图
Bar chart
微生物学
Microbiology
191 30.56
生物技术与应用微生物学
Biotechnology & Applied Microbiology
168 26.88
植物科学
Plant Sciences
162 25.92
农业
Agriculture
130 20.80
生态环境科学
Environmental Sciences Ecology
68 10.88
生物与化学分子生物学
Biochemistry & Molecular Biology
58 9.28
免疫学
Immunology
26 4.16
其他生命科学与生物医学
Life Sciences & Biomedicine Other Topics
20 3.20
其他科学技术
Science Technology Other Topics
19 3.04
工程学
Engineering
12 1.92
2.5 载文期刊分析

统计范围内,全球ACC脱氨酶研究发文量排名前十的期刊见表 5。这10种期刊总共发文171篇,占总发文量的27.36%,平均影响因子是2.078。载文量最多的期刊是“Canadian journal of microbiology”,影响因子为1.221,发文量为25篇,被引总次数、篇均被引次数及H指数也均以绝对优势位居第一。但该期刊的影响因子低于平均值,表明单纯以影响因子的高低评价论文的学术价值并不合理。单篇最高引用次数排名第一的期刊是“Plant and soil”,达到580,影响因子2.952。从载文期刊综合数据分析,收录ACC脱氨酶研究的期刊较为分散,平均影响因子较低,多集中于微生物学、植物学以及土壤学领域。

表 5 ACC脱氨酶文献发表量总数居前十名的期刊 Table 5 The top 10 journals of literatures on ACC deaminase
排名
Rank
来源出版物名称
Journals
影响因子
Impact factor
发文量 (篇)
Number of Articles
发文百分比
Percentage (%)
被引总次数
Total citations
每篇平均被引次数
Average citations per paper
单篇最高引用次数
Highest cited times of single articles
H指数
H-index
1 Canadian Journal of Microbiology 1.221 25 4.00 1 645 65.80 183 21
2 Plant and Soil 2.952 21 3.36 945 45.00 580 12
3 Plant Physiology and Biochemistry 2.756 21 3.36 877 41.76 274 11
4 World Journal of Microbiology Biotechnology 1.779 18 2.88 321 17.83 143 9
5 Applied Soil Ecology 2.644 18 2.88 232 12.89 42 9
6 Journal of Basic Microbiology 1.823 16 2.56 93 5.81 21 6
7 Plos One 3.234 14 2.24 185 13.21 60 8
8 Pakistan Journal of Botany 0.822 14 2.24 63 4.50 11 6
9 Annals of Microbiology 0.990 13 2.08 277 21.31 193 7
10 Microbiological Research 2.561 11 1.76 246 22.36 163 4
2.6 高被引论文分析

一定时期内,高被引论文能够反映学术界对某一领域关注的重点及关注程度。统计范围内,1991–2016年Web of science数据库中ACC脱氨酶方面被引次数最高的前十篇论文见表 6。从国别来看,加拿大4篇,以色列2篇,俄罗斯、美国、奥地利、巴基斯坦各1篇。再一次说明加拿大在ACC脱氨酶方面的研究处于国际领先地位,中国尚无作者进入此行列。在这10篇论文中,被引次数最高的是发表在“Plant and Soil”,其作者来自加拿大曼尼托巴大学,被引总次数达580,平均每年被引次数为41.64。8篇高引论文集中发表于2003−2005年,而其中又有5篇关注非生物环境胁迫条件下ACC脱氨酶对植物的促生长作用,这表明ACC脱氨酶提高植物抗逆性是这一时期的关注热点。

表 6 ACC脱氨酶研究被引总次数居前十名的文章 Table 6 The top 10 most cited papers on ACC deaminase
排名
Rank
题目
Title
作者
Authors
第一作者国别机构
Country and institute of the first author
被引总次数
Total citations
每年平均被引次数
Average citations per year
发表期刊
Journal
1 Plant growth promoting rhizobacteria as biofertilizers Vessey 加拿大曼尼托巴大学
UNIV MANITOBA
580 41.64 Plant and soil
2 Cadmium-tolerant plant growth-promoting bacteria associated with the roots of Indian mustard (Brassica juncea L. Czern.) Belimov AA, Hontzeas N, Safronova VI, 等 俄罗斯科学研究院农业微生物研究所
ALL RUSSIA RES INST AGR
279 23.42 Soil biology & biochemistry
3 Plant growth-promoting bacteria confer resistance in tomato plants to salt stress Mayak S, Tirosh T, Glick BR 以色列耶路撒冷希伯来大学
HEBREW UNIV JERUSALEM
274 21.23 Plant physiology and biochemistry
4 Methods for isolating and characterizing ACC deaminase-containing plant growth-promoting rhizobacteria Penrose DM, Glick BR 加拿大滑铁卢大学
UNIV WATERLOO
262 18.71 Physiologia plantarum
5 Phytoremediation: synergistic use of plants and bacteria to clean up the environment Glick BR 加拿大滑铁卢大学
UNIV WATERLOO
255 18.21 Biotechnology advances
6 Control of ethylene synthesis by expression of a bacterial enzyme in transgenic tomato plants Klee HJ, Hayford MB, Kretzmer KA, 等 美国孟山都公司
Monsanto CO, USA
255 9.81 Plant cell
7 Bacterial communities associated with flowering plants of the Ni hyperaccumulator Thlaspi goesingense Idris R, Trifonova R, Puschenreiter M, 等 奥地利ARC塞伯斯多夫研究所
ARC SEIBERSDORF RES GMBH
214 16.54 Applied and environmental microbiology
8 Plant growth-promoting bacteria that confer resistance to water stress in tomatoes and peppers Mayak S, Tirosh T, Glick BR 以色列耶路撒冷希伯来大学
HEBREW UNIV JERUSALEM
204 15.85 Plant science
9 Modulation of plant ethylene levels by the bacterial enzyme ACC deaminase Glick BR 加拿大滑铁卢大学
UNIV WATERLOO
196 16.50 Fems microbiology letters
10 Soil beneficial bacteria and their role in plant growth promotion: a review Hayat Rifat, Ali Safdar, Amara Ummay, 等 巴基斯坦PMA干旱农业大学
PMAS ARID AGR UNIV
193 28.14 Annals of microbiology
2.7 研究内容与关注热点分析

2.7.1 全球及国家的高频关键词: 通过对1991−2016年间全球及印度、加拿大和中国科研人员发表的ACC脱氨酶相关文献的关键词进行词频分析。词频数居前十名的关键词列于表 7。从全球范围来看,植物 (根际) 促生菌 (PGPR/PGPB) 以绝对优势排名第一,词频次数为195,说明ACC脱氨酶主要是作为促植物生长特性被研究关注。进一步说,ACC脱氨酶主要集中于包括PseudomonasBacillus在内的根际细菌、内生细菌,以及在环境胁迫条件下 (高盐、重金属等) 对植物生长促进作用的研究。因此,植物修复 (Phytoremediation) 也成为全球范围内的关注热点之一。除此之外,通过印度、加拿大和中国的比较可知,印度学者比较注重同时具有其他促植物生长特性,例如铁载体,或同时具有重金属抗性的菌株研究;加拿大学者更加注重在农业技术及农业生产方面的应用价值;而中国的科研人员在重金属抗性菌株、植物与微生物之间的互作及微生物群落方面有更多的关注。

表 7 全球、印度、加拿大及中国ACC脱氨酶研究文章中词频居前十名的关键词 Table 7 The top 10 keywords with highest frequency in ACC deaminase research papers published in the world, India, Canada and China
排名
Rank
全球
Global
印度
India
加拿大
Canada
中国
China
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
1 PGPR/PGPB 195 Siderophore 18 Salt stress/Salinity 29 Heavy metal-resistant bacteria 19
2 Salinity/Salt stress 60 Brassica 17 PGPB/PGPR 14 Plant growth promotion/PGP 19
3 Pseudomonas 58 Phytoremediation 13 Agricultural biotechnology 10 PGPB/PGPR 18
4 Ethylene 53 PGPR/PGPB 12 Ethylene 10 Plant-microbe interactions 18
5 Endophytic bacteria 51 Saline/Salt stress 11 Plant growth-promoting bacterial endophyte 15 Nitrogen fixation 15
6 Phytoremediation 45 Metal tolerant bacteria 10 Biopesticides 9 Phytoextraction 14
7 Rhizobacteria 45 Ethylene 9 Bacillus 9 Microbial communities 13
8 Plant growth promotion 43 Plant growth-promoting traits of rhizobacteria 9 Biofertilizers 9 ACC 13
9 Bacillus 38 Wheat 9 Iturin A 9 Rape 12
10 IAA 30 Field conditions 9 Surfactin 9 Ninhydrin reaction 10

2.7.2 不同时期的关键词分析: 将1991−2016年发表的ACC脱氨酶的研究论文分为5个时间段:1991−1995年、1996−2000年、2001−2005年、2006−2010年及2011−2016年。通过对高频关键词和新出现的关键词词频数进行统计分析,得到不同时期内ACC脱氨酶研究热点的变化。从表 8可知,1991−1995年,统计到的关键词只有7个,主要集中于PGPR、ACC以及菌肥的研究上,说明这一时期的研究刚刚起步;1996−2000年,除PGPR、ACC之外,乙烯、ACC合成酶成为新的高频关键词,说明该阶段重点关注具有ACC脱氨酶活性的PGPR促进植物生长的机理研究,此外这一阶段还新出现了生物技术等应用方面的关键词,例如植物修复技术、生物防治、转基因番茄等;2001−2005年,与上一阶段相比,植物修复、植物防治、转基因番茄以及重金属等关注度增加,并新出现了根际细菌群落、具有重金属抗性的PGPB等关键词;2006−2010年,这一时期是ACC脱氨酶研究快速发展的阶段,出现了很多新的高频关键词,如溶磷作用、固氮螺菌、肌醇六磷酸酶、内生细菌、结瘤、耐盐菌等,说明这一时期更关注新的PGPR及其促植物生长特性的发掘与研究,同时也更多地关注到PGPR促进植物生长作用机理的研究;2011−2016年,这一阶段在前期研究的基础上表现出进一步的延伸和发展,PGPR/PGPB、根际细菌、内生细菌、油菜、水稻仍然列为高频关键词,同时还出现了促植物生长复合特性、抗氧化剂、干旱胁迫、挥发性有机化合物等新的高频关键词,说明这一阶段的研究延伸到更多类型的非生物胁迫条件下,ACC脱氨酶对植物生长及其耐受性的影响。除此之外,从生物菌肥、生物杀菌剂、可持续农业等关键词可以看出,这一阶段的ACC脱氨酶研究已有向农业生产实际应用发展的趋势。

表 8 5个时期内ACC脱氨酶研究文章中关键词统计表 Table 8 The keywords and their frequency in ACC deaminase research papers published during 5 periods
排名
Rank
1991−1995年 1996−2000年 2001−2005年 2006−2010年 2011−2016年
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
1 PGPR 10 ACC 40 Ethylene 14 PGPR/PGPB 31 PGPR/PGPB 24
2 ACC 10 PGPR 23 PGPB 12 Phosphorus solubilization 14 Rhizobacteria 16
3 Bacterial fertilizer 5 Ethylene 19 Heavy metal 10 Azospirillum 11 Endophytic bacteria 10
4 Continuous assay 1 ACC synthase 14 Rhizobacterial communities 10 Bacillus 10 Oilseed rape 10
5 Adenosine deaminase 1 Penicillium citrinum 14 Metal-resistant PGPB 10 Phytase 10 Rice (Oryza sativa) 12
6 Pyridoxal phosphate 1 Soil bacteria 10 Lycopersicon esculentum cv. Heinz 902 9 Mechanisms of action 10 Multiple PGP traits 10
7 Site-directed mutagenesis 1 Indole-3-acetic acid 9 Transgenic tomato plant 9 Biofertilizers 10 Antioxidant 10
8 PGPR-adventitious roots 9 Growth 9 Endophytic bacteria 9 Drought stress 9
9 Mung bean 9 Fruit 9 Diversity 9 VOCs 9
10 Phytoremediation 4 Azospirillum brasilense 8 Nodulation 9 LapA 9
11 Transgenic tomato 4 Carnation 8 Plant growth promotion 9 EPS 9
12 Heavy metals 4 Cuttings 8 16S rRNA 9 Biofertilizer 9
13 Stress 4 Rooting 8 Halotolerant bacteria 8 Biofungicide 8
14 Biocontrol 2 Biocontrol 7 Root elongation 8 Indole-3-acetic acid 8
15 Ethylene biosensors 2 Phytoremediation 7 Canola 8 Spoon-leaved sundew 8
16 Enterobacter cloacae 1 Pseudomonas putida 7 Salt stress 8 Sustainable agriculture 8
17 Leucine responsive regulatory protein 1 Bacillus sp. 7 Biocontrol 8 Endophyte community 7
18 Scotch Bonnet pepper 7 Exudate 7 Plant stress tolerance 7
19 Brassica napus 7 Phytohormones 7 Pathogenicity suppression 7
(待续)
(续表)
20 Stress 6 Solanum nigrum L. 6 Salvia officinalis 6
21 Copper 1 Phytoextraction 6 Essential oils 6
22 Polycyclic aromatic hydrocarbons 1 IAA 6 Cis-Thujene 6
23 Alginate encapsulation 1 Siderophores 6 Antibacterial 6
24 ACC 6 Hungarian vetch 5
25 Burkholderia phytofirmans 5 Humic acid 5
26 Ethylene 5 Salinity 5
27 Nitrogen 4 Autochthonous mycorrhizal fungi 4
28 Rhizosphere competence 3 Autochthonous bacterial strain 4
29 Organic acids 3 Water stress 4
30 Rhizobium 2 xidative damage 4
31 Sugarcane 2 Yerba mate 3
32 Symbiotic 1 Nitrogen fertilizer 2
33 Non-symbiotic 1 Nutrient uptake 2

2.7.3 不同类型的关键词分析: 含有ACC脱氨酶的PGPR能够缓解植物因受到逆境胁迫产生大量乙烯而造成的抑制作用,提高植物在干旱、盐胁迫、洪涝、低温及重金属污染等逆境条件下的耐受能力。因此,将1991−2016年发表的ACC脱氨酶的研究论文中出现的关键词按照植物类型、微生物类型、环境胁迫类型分类排序,以此来分析ACC脱氨酶方面研究和应用较多的植物、微生物及环境胁迫种类 (表 9)。从植物类型来看,主要以农作物为主,其中以水稻、小麦、油菜为关键词的频次分别排名前三,说明ACC脱氨酶研究主要集中于对农作物生长及其耐受性的促进作用。从微生物类型可知,ACC脱氨酶主要是在细菌中被发现研究,其中假单胞菌属 (Pseudomonas)、芽孢杆菌属 (Bacillus) 和根瘤菌属 (Rhizobium) 的词频数分别达到58、38和27,排名前三,说明ACC脱氨酶在这三类细菌中被发现和研究最多。ACC脱氨酶在环境胁迫下的研究主要集中在非生物胁迫条件,其中盐胁迫、重金属、干旱成为研究热点,词频数分别达到62、47和26,明显高于对其他环境胁迫类型的关注度。

表 9 ACC脱氨酶研究文章中不同类型的词频居前十名的关键词 Table 9 Different types of top 10 keywords with highest frequency occurred in ACC deaminase research papers
排名
Rank
植物
Plant
微生物
Microorganism
环境胁迫
Environmental stress
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
关键词
Keywords
频次 (次)
Frequency
1 Rice 31 Pseudomonas 58 Salinity/Salt 62
2 Wheat 22 Bacillus 38 Heavy metal 47
3 Canola/Brassica 21 Rhizobium 27 Drought 26
4 Maize/Zea mays 14 Burkholderia 14 Waterlogging 6
5 Tomato 14 Enterobacter 13 Petroleum 5
6 Arabidopsis 10 Azospirillum 12 Hoypoxic 4
7 Switchgrass 7 Burkholderia 9 VOCs (volatile organic compounds) 3
8 Soybean 6 Agrobacterium 8 Air pollutants 2
9 Pepper 5 Methylobacterium 8 Osmotic 1
10 Cucumber 5 Mycorrhizal fungi 7 Low-temperature 1
3 小结

随着土壤污染问题日趋严重,PGPR提高植物抗逆性与生态修复作用也日益得到关注。ACC脱氨酶作为逆境条件下PGPR促进植物生长的一种重要机理,其相关研究也自然受到全球范围的关注。各国学者积极不断地致力于ACC脱氨酶的作用机理与应用研究。研究论文数量在近几年呈现出持续增长态势,特别是在2010年以后,论文数量快速增长。其中印度、加拿大和巴基斯坦在ACC脱氨酶研究领域处于国际领先地位。加拿大的发文量和发文影响力均位于首位,研究力量集中,研究人员实力较强,如滑铁卢大学的发文篇数占加拿大总发文量的Glick BR发文篇数占86.61%,主要关注于ACC脱氨酶的作用机理及其在农业生产方面的应用价值。

ACC脱氨酶在农业生产及环境修复两方面的应用研究引起了微生物、植物、农业、生态环境等各界领域研究人员的广泛关注,并成为近几年相关领域内一直活跃的研究热点。ACC脱氨酶能够增强植物抗逆性,促进植物生长已被越来越多的科研人员在大田试验中所证实[11-13],这为解决农业增产、生物防治、环境治理等问题提供了新的希望和思路。中国在ACC脱氨酶方面的研究虽然起步较晚,但目前开展的相关研究也已取得一定进展。姚军朋等[14]综述了ACC脱氨酶在提高作物抗逆性及产量和转基因技术等方面的国内外应用研究进展,展望了ACC脱氨酶在植物修复领域的应用价值及其对农业可持续发展的重要意义,并针对ACC脱氨酶应用研究尚存在的问题提出采取对策。

中国的发表论文数量虽然排名全球第四,但其影响力却较弱,研究实力有待提高。南京农业大学在ACC脱氨酶研究中显示出相对优势,其论文数量、被引总频次与篇均被引频次在全球范围内的研究机构中均排名前十。今后中国在ACC脱氨酶的研究要更加注重高水平论文的发表,要实现从量变到质变的飞跃,同时也要加强与高水平研究机构之间的合作,由高水平的个体研究机构带动该领域科研力量的整体提升。中国对ACC脱氨酶研究的关注热点体现出一定的特色和前瞻性,从植物修复、植物与微生物互作及微生物生态学等多个领域开展研究。目前利用PGPR强化植物修复重金属污染土壤的研究主要停留在修复效果的评价,然而,土壤修复的最终目的不仅仅是去除土壤中过量的重金属,更重要的是恢复土壤的生态生产功能。土壤微生物能够有效反映土壤重金属胁迫程度和健康状况,是土壤修复评价与调控的重要指标。但是,大量引入外源微生物对原有土壤生态环境的影响和作用机制目前还尚未清楚。另外,不同的PGPR影响植物生长及其重金属吸收特性的方式也不同,提高植物修复效率势必要阐明PGPR的促植物生长特性及其与土壤微生物、植物以及重金属之间相互作用的机制。因此,植物-微生物相互作用机制、微生物生态学也是今后该领域值得重点关注和跟踪研究的方向。

参考文献
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[12] Prakamhang J, Tittabutr P, Boonkerd N, et al. Proposed some interactions at molecular level of PGPR coinoculated with Bradyrhizobium diazoefficiens USDA110 and B. japonicum THA6 on soybean symbiosis and its potential of field application[J]. Applied Soil Ecology, 2015, 85 : 38–49. DOI:10.1016/j.apsoil.2014.08.009
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