扩展功能
文章信息
- 孔召玉, 邓振山, 马燕天, 吴子君, 吴兰
- KONG Zhao-Yu, DENG Zhen-Shan, MA Yan-Tian, WU Zi-Jun, WU Lan
- 基于Web of science数据库的ACC脱氨酶研究文献计量分析
- Bibliometric analysis of 1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase research based on Web of science
- 微生物学通报, 2017, 44(4): 959-969
- Microbiology China, 2017, 44(4): 959-969
- DOI: 10.13344/j.microbiol.china.160399
-
文章历史
- 收稿日期: 2016-05-18
- 接受日期: 2016-09-14
- 优先数字出版日期(www.cnki.net): 2016-09-29
2. 延安大学生命科学学院 陕西 延安 716000
2. School of Life Science, Yan'an University, Yan'an, Shaanxi 716000, China
全球气候变化、土壤盐渍化及重金属污染等是影响农业生产和土壤生态环境的严重问题。提高耕地土壤质量,增强植物抗逆性,促进植物生长,增加农作物产量是当前农业可持续发展的重大现实需求。植物根际促生长细菌 (Plant growth-promoting rhizobacteria,PGPR) 能够改善土壤质量,抑制病原物微生物,增强植物抗逆性,促进植物生长,兼具农业增产、生物防治和环境治理的功效[1]。近几年,随着土壤环境日益恶化,PGPR提高植物抗逆性与生态修复功能也备受关注[2]。
含有ACC脱氨酶 (1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase) 的PGPR能够利用并分解植物产生的乙烯合成前体ACC,将ACC分解形成α-丁酮酸和氨气,从而抑制植物体内乙烯合成,缓解植物因受到逆境胁迫产生大量乙烯而造成的抑制作用,提高植物在干旱、盐胁迫及重金属污染等逆境条件下的耐受能力[3-5],同时还可以增加根际土壤中的碳、氮营养[6]。当今我国土壤环境问题突出,耕地土壤环境质量堪忧,ACC脱氨酶的研究与应用越来越凸显其潜在的价值[7]。ACC脱氨酶的开发与应用对改善农田土壤质量、提高土壤肥力、提高农作物产量、减少农药化肥污染等具有重要意义。为全面了解ACC脱氨酶方面的作用机理与应用研究进展,本文采用文献计量分析的方法,对1991−2016年科学引文数据库的Web of knowledge的Web of scienceTM核心合集中ACC脱氨酶研究文献进行统计分析,旨在了解当前国际研究现状,以便推动我国ACC脱氨酶相关研究及其在土壤污染修复中的应用。
1 数据来源与分析方法利用美国科学信息研究所 (ISI) Web of knowledge的Web of scienceTM核心合集,数据采集范围为1991年−2016年 (1991年之前文献量较少未做统计),数据检索时间为2016年4月20日,数据库更新时间为2016年4月20日。采用基本检索方式,用“ACC deaminase”、“1-aminocyclop ropane-1-carboxylate deaminase”作为主题词,以“OR”关系进行检索,文章类型选择Article、Review和Proceeding paper,获取相关文献共计625条。核心期刊分析使用ISI的期刊引证报告JCR (Journal citation reports) 及Bibexcel进行数据清理与分析 (主要针对机构、作者和关键词的同义归并等)。
2 结果与分析 2.1 全球及国家发文趋势分析表 1结果表明,1991–2016年文献发表量总数前十的国家从高到低依次为:印度、加拿大、巴基斯坦、中国、美国、韩国、日本、德国、意大利、俄罗斯。其中,发文量排名前五的国家的发文总量超过全球发文量的一半以上,达到70.68%。印度和加拿大的发文量明显高于其他国家,分别占ACC脱氨酶研究论文总数的19.39%和17.95%。加拿大的发文影响力远远高于其他国家,被引总次数达到6 343,平均每篇被引次数为56.63,说明加拿大在此研究领域占据主导地位。中国的发文总量为65,占全部发文量的10.42%,排名第四,但被引总次数却较为落后,仅为529,平均每篇被引次数仅为8.14,说明论文整体影响力不高,研究力量仍需进一步加强。此外还统计了H指数,H指数表示有H篇论文至少被引用H次,H指数越高,表明论文影响力越大。H指数排名前三的国家分别是加拿大、印度和美国,与按论文被引总次数排序一致。
排名 Rank |
国家 Country |
发文量 (篇) Number of articles |
发文百分比 Percentage (%) |
总被引次数 Total citations |
每篇平均被引次数 Average citations per paper |
H指数 H-index |
1 | 印度India | 121 | 19.36 | 1 590 | 13.14 | 21 |
2 | 加拿大Canada | 112 | 17.92 | 6 343 | 56.63 | 44 |
3 | 巴基斯坦Pakistan | 84 | 13.44 | 1 431 | 17.04 | 18 |
4 | 中国China | 65 | 10.40 | 529 | 8.14 | 11 |
5 | 美国USA | 59 | 9.44 | 1 584 | 26.85 | 20 |
6 | 韩国South Korea | 54 | 8.64 | 836 | 15.48 | 17 |
7 | 日本Japan | 24 | 3.84 | 594 | 24.75 | 12 |
8 | 德国Germany | 23 | 3.68 | 505 | 21.96 | 10 |
9 | 意大利Italy | 19 | 3.04 | 660 | 34.74 | 9 |
10 | 俄罗斯Russia | 19 | 3.04 | 884 | 46.53 | 9 |
选择全球及印度、加拿大和中国的发文量按发表年份汇总分析,结果见图 1。由图 1可知,在Web of science数据库中,全球范围内关于ACC脱氨酶的研究自2006年开始进入快速发展阶段,在2008年发文量达到巅峰之后略有下降,自2010年发文量又进入到快速稳步攀升阶段。1991年开始出现关于ACC脱氨酶的研究论文,共2篇,其中日本北海道大学和美国孟山都公司各发表一篇。由美国孟山都Klee等[8]发表在Plant Cell上的“Control of ethylene synthesis by expression of a bacterial enzyme in transgenic tomato plants”,被引次数达到255。加拿大的首篇论文发表于1994年,是由滑铁卢大学Glick等[9]发表于Canadian Journal of Microbiology上的“1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid deaminase mutants of the plant-growth promoting rhizobacterium Pseudomonas putida GR12-2 do not stimulate canola root elongation”,被引次数为132。中国的首篇论文是2007年大连海事大学Ji等[10]发表的一篇会议论文“Effects of plant growth-promoting rhizobacteria on the seedling growth of oat and annual ryegrass under salt stress”,被引次数为0。印度自2004年发表首篇论文以来,直接进入到稳步快速发展阶段,与全球研究趋势相保持一致。加拿大逐年的发文量虽然较低,但发文影响力高,每年平均引用次数达到276.30。相比之下,中国ACC脱氨酶研究无论在起步还是发展阶段,都存在一定差距。
2.2 研究机构分析在统计范围内,发文量全球排名前十的研究机构见表 2。这10个研究机构发文量共计257篇,占全球发文的41.12%。其中,加拿大滑铁卢大学无论在发文数量还是影响力方面都遥遥领先,总发文量为100,被引总次数达到5 564,平均每篇被引次数达55.64。从单篇影响力来看,俄罗斯科学研究院农业微生物研究所的平均影响力也较高,平均每篇被引次数为49.36,排名第二。从近五年发文量来看,巴基斯坦费萨拉巴德农业大学排名第一,其次是加拿大滑铁卢大学和韩国国立忠北大学。从近五年发文量百分比来看,伊朗德黑兰大学、中国南京农业大学和韩国全北国立大学近几年的研究发展呈现出强劲势头,分别占相应国家总发文量的87.50%、83.33%和77.78%。中国ACC脱氨酶的研究力量主要集中于南京农业大学,发文量排名第五,被引总次数排名第六,近五年发文量排名第三。
排名 Rank |
研究机构 Research institutes |
发文量 (篇) Number of articles |
发文百分比 Percentage (%) |
被引总次数 Total citations |
每篇平均被引次数 Average citations per paper |
近五年发文量 (篇) Number of articles in recent 5 years |
近五年发文量百分比 Percentage of publications in recent 5 years (%) |
H指数 H-index |
1 | 加拿大滑铁卢大学 UNIV WATERLOO |
100 | 16.00 | 5 564 | 55.64 | 28 | 28.00 | 43 |
2 | 巴基斯坦费萨拉巴德农业大学 UNIV AGR FAISALABAD |
54 | 8.64 | 966 | 17.89 | 32 | 59.26 | 15 |
3 | 韩国国立忠北大学 CHUNGBUK NATL UNIV |
26 | 4.16 | 637 | 25.48 | 10 | 38.46 | 14 |
4 | 俄罗斯科学研究院农业微生物研究所 ALL RUSSIA RES INST AGR MICROBIOL |
14 | 2.24 | 691 | 49.36 | 7 | 50.00 | 9 |
5 | 兰开斯特大学 UNIV LANCASTER |
12 | 1.92 | 251 | 20.92 | 8 | 66.67 | 7 |
6 | 中国南京农业大学 NANJING AGR UNIV |
12 | 1.92 | 246 | 20.50 | 10 | 83.33 | 6 |
7 | 印度农业研究所 INDIAN AGR RES INST |
12 | 1.92 | 78 | 6.00 | 9 | 75.00 | 6 |
8 | 印度泰米尔纳德邦农业大学 TAMIL NADU AGR UNIV |
10 | 1.60 | 211 | 21.10 | 6 | 60.00 | 6 |
9 | 韩国全北国立大学 CHONBUK NATL UNIV |
9 | 1.44 | 39 | 4.88 | 7 | 77.78 | 3 |
10 | 伊朗德黑兰大学 UNIV TEHRAN |
8 | 1.28 | 50 | 6.25 | 7 | 87.50 | 5 |
统计范围内,发文量排名前十的作者见表 3。他们分别来自加拿大、巴基斯坦、俄罗斯、韩国四个国家,其中来自巴基斯坦4位,其余3个国家分别2位。这10位作者累积发文量为259篇,占所有作者发文总量的41.44%。来自加拿大滑铁卢大学的Glick BR发文量97,被引总次数5 428,发文量与文章影响力均排名第一,明显高于其他作者。来自俄罗斯的两位作者Belimov AA和Safronova VI按发文量分别排名第四和第八,但按被引总次数和篇均被引次数排名,均名列前茅,说明俄罗斯的这两位作者虽然发文量少,但文章影响力较高。发文量前十的作者中暂无中国作者列入。从H指数排名来看,前四位作者分别是Glick BR、Zahir ZA、Arshad M和Madhaiyan M,与发文数量排名基本一致,但与被引总次数和篇均被引次数排序有些出入,说明H指数能够减少为高度引用论文或尚未被引用论文分配的不当权重。
排名 Rank |
作者 Authors |
国家 Country |
发文量 (篇) Number of articles |
发文百分比 Percentage (%) |
被引总次数 Total citations |
每篇平均被引次数 Average citations per paper |
H指数 H-index |
1 | Glick BR | 加拿大 | 97 | 15.52 | 5 428 | 55.96 | 43 |
2 | Zahir ZA | 巴基斯坦 | 33 | 5.28 | 671 | 20.33 | 12 |
3 | Arshad M | 巴基斯坦 | 29 | 4.64 | 795 | 27.41 | 12 |
4 | Belimov AA | 俄罗斯 | 16 | 2.56 | 822 | 51.38 | 9 |
5 | Madhaiyan M | 韩国 | 16 | 2.56 | 494 | 30.88 | 12 |
6 | Sa T | 韩国 | 16 | 2.56 | 427 | 26.69 | 9 |
7 | Naveed M | 巴基斯坦 | 14 | 2.24 | 306 | 21.86 | 10 |
8 | Safronova VI | 俄罗斯 | 13 | 2.08 | 796 | 61.23 | 7 |
9 | Shah S | 加拿大 | 13 | 2.08 | 503 | 38.69 | 9 |
10 | Shaharoona B | 巴基斯坦 | 12 | 1.92 | 432 | 36.00 | 8 |
关于ACC脱氨酶研究涉及的主要学科领域分布情况见表 4。该研究方向涉及最多的10个学科,微生物学位居首位,发文量占30.56%,其他学科依次为生物技术与应用微生物学、植物科学、农业及生态环境科学等。其中说明ACC脱氨酶的研究方向更多倾向于农业生产、环境保护以及交叉学科的研究。
学科类别 Subject |
发文量 (篇) Number of articles |
发文百分比 Percentage (%) |
百分比条形图 Bar chart |
微生物学 Microbiology |
191 | 30.56 | |
生物技术与应用微生物学 Biotechnology & Applied Microbiology |
168 | 26.88 | |
植物科学 Plant Sciences |
162 | 25.92 | |
农业 Agriculture |
130 | 20.80 | |
生态环境科学 Environmental Sciences Ecology |
68 | 10.88 | |
生物与化学分子生物学 Biochemistry & Molecular Biology |
58 | 9.28 | |
免疫学 Immunology |
26 | 4.16 | |
其他生命科学与生物医学 Life Sciences & Biomedicine Other Topics |
20 | 3.20 | |
其他科学技术 Science Technology Other Topics |
19 | 3.04 | |
工程学 Engineering |
12 | 1.92 |
统计范围内,全球ACC脱氨酶研究发文量排名前十的期刊见表 5。这10种期刊总共发文171篇,占总发文量的27.36%,平均影响因子是2.078。载文量最多的期刊是“Canadian journal of microbiology”,影响因子为1.221,发文量为25篇,被引总次数、篇均被引次数及H指数也均以绝对优势位居第一。但该期刊的影响因子低于平均值,表明单纯以影响因子的高低评价论文的学术价值并不合理。单篇最高引用次数排名第一的期刊是“Plant and soil”,达到580,影响因子2.952。从载文期刊综合数据分析,收录ACC脱氨酶研究的期刊较为分散,平均影响因子较低,多集中于微生物学、植物学以及土壤学领域。
排名 Rank |
来源出版物名称 Journals |
影响因子 Impact factor |
发文量 (篇) Number of Articles |
发文百分比 Percentage (%) |
被引总次数 Total citations |
每篇平均被引次数 Average citations per paper |
单篇最高引用次数 Highest cited times of single articles |
H指数 H-index |
1 | Canadian Journal of Microbiology | 1.221 | 25 | 4.00 | 1 645 | 65.80 | 183 | 21 |
2 | Plant and Soil | 2.952 | 21 | 3.36 | 945 | 45.00 | 580 | 12 |
3 | Plant Physiology and Biochemistry | 2.756 | 21 | 3.36 | 877 | 41.76 | 274 | 11 |
4 | World Journal of Microbiology Biotechnology | 1.779 | 18 | 2.88 | 321 | 17.83 | 143 | 9 |
5 | Applied Soil Ecology | 2.644 | 18 | 2.88 | 232 | 12.89 | 42 | 9 |
6 | Journal of Basic Microbiology | 1.823 | 16 | 2.56 | 93 | 5.81 | 21 | 6 |
7 | Plos One | 3.234 | 14 | 2.24 | 185 | 13.21 | 60 | 8 |
8 | Pakistan Journal of Botany | 0.822 | 14 | 2.24 | 63 | 4.50 | 11 | 6 |
9 | Annals of Microbiology | 0.990 | 13 | 2.08 | 277 | 21.31 | 193 | 7 |
10 | Microbiological Research | 2.561 | 11 | 1.76 | 246 | 22.36 | 163 | 4 |
一定时期内,高被引论文能够反映学术界对某一领域关注的重点及关注程度。统计范围内,1991–2016年Web of science数据库中ACC脱氨酶方面被引次数最高的前十篇论文见表 6。从国别来看,加拿大4篇,以色列2篇,俄罗斯、美国、奥地利、巴基斯坦各1篇。再一次说明加拿大在ACC脱氨酶方面的研究处于国际领先地位,中国尚无作者进入此行列。在这10篇论文中,被引次数最高的是发表在“Plant and Soil”,其作者来自加拿大曼尼托巴大学,被引总次数达580,平均每年被引次数为41.64。8篇高引论文集中发表于2003−2005年,而其中又有5篇关注非生物环境胁迫条件下ACC脱氨酶对植物的促生长作用,这表明ACC脱氨酶提高植物抗逆性是这一时期的关注热点。
排名 Rank |
题目 Title |
作者 Authors |
第一作者国别机构 Country and institute of the first author |
被引总次数 Total citations |
每年平均被引次数 Average citations per year |
发表期刊 Journal |
1 | Plant growth promoting rhizobacteria as biofertilizers | Vessey | 加拿大曼尼托巴大学 UNIV MANITOBA |
580 | 41.64 | Plant and soil |
2 | Cadmium-tolerant plant growth-promoting bacteria associated with the roots of Indian mustard (Brassica juncea L. Czern.) | Belimov AA, Hontzeas N, Safronova VI, 等 | 俄罗斯科学研究院农业微生物研究所 ALL RUSSIA RES INST AGR |
279 | 23.42 | Soil biology & biochemistry |
3 | Plant growth-promoting bacteria confer resistance in tomato plants to salt stress | Mayak S, Tirosh T, Glick BR | 以色列耶路撒冷希伯来大学 HEBREW UNIV JERUSALEM |
274 | 21.23 | Plant physiology and biochemistry |
4 | Methods for isolating and characterizing ACC deaminase-containing plant growth-promoting rhizobacteria | Penrose DM, Glick BR | 加拿大滑铁卢大学 UNIV WATERLOO |
262 | 18.71 | Physiologia plantarum |
5 | Phytoremediation: synergistic use of plants and bacteria to clean up the environment | Glick BR | 加拿大滑铁卢大学 UNIV WATERLOO |
255 | 18.21 | Biotechnology advances |
6 | Control of ethylene synthesis by expression of a bacterial enzyme in transgenic tomato plants | Klee HJ, Hayford MB, Kretzmer KA, 等 | 美国孟山都公司 Monsanto CO, USA |
255 | 9.81 | Plant cell |
7 | Bacterial communities associated with flowering plants of the Ni hyperaccumulator Thlaspi goesingense | Idris R, Trifonova R, Puschenreiter M, 等 | 奥地利ARC塞伯斯多夫研究所 ARC SEIBERSDORF RES GMBH |
214 | 16.54 | Applied and environmental microbiology |
8 | Plant growth-promoting bacteria that confer resistance to water stress in tomatoes and peppers | Mayak S, Tirosh T, Glick BR | 以色列耶路撒冷希伯来大学 HEBREW UNIV JERUSALEM |
204 | 15.85 | Plant science |
9 | Modulation of plant ethylene levels by the bacterial enzyme ACC deaminase | Glick BR | 加拿大滑铁卢大学 UNIV WATERLOO |
196 | 16.50 | Fems microbiology letters |
10 | Soil beneficial bacteria and their role in plant growth promotion: a review | Hayat Rifat, Ali Safdar, Amara Ummay, 等 | 巴基斯坦PMA干旱农业大学 PMAS ARID AGR UNIV |
193 | 28.14 | Annals of microbiology |
排名 Rank |
全球 Global |
印度 India |
加拿大 Canada |
中国 China |
|||||||
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
||||
1 | PGPR/PGPB | 195 | Siderophore | 18 | Salt stress/Salinity | 29 | Heavy metal-resistant bacteria | 19 | |||
2 | Salinity/Salt stress | 60 | Brassica | 17 | PGPB/PGPR | 14 | Plant growth promotion/PGP | 19 | |||
3 | Pseudomonas | 58 | Phytoremediation | 13 | Agricultural biotechnology | 10 | PGPB/PGPR | 18 | |||
4 | Ethylene | 53 | PGPR/PGPB | 12 | Ethylene | 10 | Plant-microbe interactions | 18 | |||
5 | Endophytic bacteria | 51 | Saline/Salt stress | 11 | Plant growth-promoting bacterial endophyte | 15 | Nitrogen fixation | 15 | |||
6 | Phytoremediation | 45 | Metal tolerant bacteria | 10 | Biopesticides | 9 | Phytoextraction | 14 | |||
7 | Rhizobacteria | 45 | Ethylene | 9 | Bacillus | 9 | Microbial communities | 13 | |||
8 | Plant growth promotion | 43 | Plant growth-promoting traits of rhizobacteria | 9 | Biofertilizers | 9 | ACC | 13 | |||
9 | Bacillus | 38 | Wheat | 9 | Iturin A | 9 | Rape | 12 | |||
10 | IAA | 30 | Field conditions | 9 | Surfactin | 9 | Ninhydrin reaction | 10 |
排名 Rank |
1991−1995年 | 1996−2000年 | 2001−2005年 | 2006−2010年 | 2011−2016年 | |||||||||
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
|||||
1 | PGPR | 10 | ACC | 40 | Ethylene | 14 | PGPR/PGPB | 31 | PGPR/PGPB | 24 | ||||
2 | ACC | 10 | PGPR | 23 | PGPB | 12 | Phosphorus solubilization | 14 | Rhizobacteria | 16 | ||||
3 | Bacterial fertilizer | 5 | Ethylene | 19 | Heavy metal | 10 | Azospirillum | 11 | Endophytic bacteria | 10 | ||||
4 | Continuous assay | 1 | ACC synthase | 14 | Rhizobacterial communities | 10 | Bacillus | 10 | Oilseed rape | 10 | ||||
5 | Adenosine deaminase | 1 | Penicillium citrinum | 14 | Metal-resistant PGPB | 10 | Phytase | 10 | Rice (Oryza sativa) | 12 | ||||
6 | Pyridoxal phosphate | 1 | Soil bacteria | 10 | Lycopersicon esculentum cv. Heinz 902 | 9 | Mechanisms of action | 10 | Multiple PGP traits | 10 | ||||
7 | Site-directed mutagenesis | 1 | Indole-3-acetic acid | 9 | Transgenic tomato plant | 9 | Biofertilizers | 10 | Antioxidant | 10 | ||||
8 | PGPR-adventitious roots | 9 | Growth | 9 | Endophytic bacteria | 9 | Drought stress | 9 | ||||||
9 | Mung bean | 9 | Fruit | 9 | Diversity | 9 | VOCs | 9 | ||||||
10 | Phytoremediation | 4 | Azospirillum brasilense | 8 | Nodulation | 9 | LapA | 9 | ||||||
11 | Transgenic tomato | 4 | Carnation | 8 | Plant growth promotion | 9 | EPS | 9 | ||||||
12 | Heavy metals | 4 | Cuttings | 8 | 16S rRNA | 9 | Biofertilizer | 9 | ||||||
13 | Stress | 4 | Rooting | 8 | Halotolerant bacteria | 8 | Biofungicide | 8 | ||||||
14 | Biocontrol | 2 | Biocontrol | 7 | Root elongation | 8 | Indole-3-acetic acid | 8 | ||||||
15 | Ethylene biosensors | 2 | Phytoremediation | 7 | Canola | 8 | Spoon-leaved sundew | 8 | ||||||
16 | Enterobacter cloacae | 1 | Pseudomonas putida | 7 | Salt stress | 8 | Sustainable agriculture | 8 | ||||||
17 | Leucine responsive regulatory protein | 1 | Bacillus sp. | 7 | Biocontrol | 8 | Endophyte community | 7 | ||||||
18 | Scotch Bonnet pepper | 7 | Exudate | 7 | Plant stress tolerance | 7 | ||||||||
19 | Brassica napus | 7 | Phytohormones | 7 | Pathogenicity suppression | 7 | ||||||||
(待续) | ||||||||||||||
(续表) | ||||||||||||||
20 | Stress | 6 | Solanum nigrum L. | 6 | Salvia officinalis | 6 | ||||||||
21 | Copper | 1 | Phytoextraction | 6 | Essential oils | 6 | ||||||||
22 | Polycyclic aromatic hydrocarbons | 1 | IAA | 6 | Cis-Thujene | 6 | ||||||||
23 | Alginate encapsulation | 1 | Siderophores | 6 | Antibacterial | 6 | ||||||||
24 | ACC | 6 | Hungarian vetch | 5 | ||||||||||
25 | Burkholderia phytofirmans | 5 | Humic acid | 5 | ||||||||||
26 | Ethylene | 5 | Salinity | 5 | ||||||||||
27 | Nitrogen | 4 | Autochthonous mycorrhizal fungi | 4 | ||||||||||
28 | Rhizosphere competence | 3 | Autochthonous bacterial strain | 4 | ||||||||||
29 | Organic acids | 3 | Water stress | 4 | ||||||||||
30 | Rhizobium | 2 | xidative damage | 4 | ||||||||||
31 | Sugarcane | 2 | Yerba mate | 3 | ||||||||||
32 | Symbiotic | 1 | Nitrogen fertilizer | 2 | ||||||||||
33 | Non-symbiotic | 1 | Nutrient uptake | 2 |
排名 Rank |
植物 Plant |
微生物 Microorganism |
环境胁迫 Environmental stress |
|||||
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
关键词 Keywords |
频次 (次) Frequency |
|||
1 | Rice | 31 | Pseudomonas | 58 | Salinity/Salt | 62 | ||
2 | Wheat | 22 | Bacillus | 38 | Heavy metal | 47 | ||
3 | Canola/Brassica | 21 | Rhizobium | 27 | Drought | 26 | ||
4 | Maize/Zea mays | 14 | Burkholderia | 14 | Waterlogging | 6 | ||
5 | Tomato | 14 | Enterobacter | 13 | Petroleum | 5 | ||
6 | Arabidopsis | 10 | Azospirillum | 12 | Hoypoxic | 4 | ||
7 | Switchgrass | 7 | Burkholderia | 9 | VOCs (volatile organic compounds) | 3 | ||
8 | Soybean | 6 | Agrobacterium | 8 | Air pollutants | 2 | ||
9 | Pepper | 5 | Methylobacterium | 8 | Osmotic | 1 | ||
10 | Cucumber | 5 | Mycorrhizal fungi | 7 | Low-temperature | 1 |
随着土壤污染问题日趋严重,PGPR提高植物抗逆性与生态修复作用也日益得到关注。ACC脱氨酶作为逆境条件下PGPR促进植物生长的一种重要机理,其相关研究也自然受到全球范围的关注。各国学者积极不断地致力于ACC脱氨酶的作用机理与应用研究。研究论文数量在近几年呈现出持续增长态势,特别是在2010年以后,论文数量快速增长。其中印度、加拿大和巴基斯坦在ACC脱氨酶研究领域处于国际领先地位。加拿大的发文量和发文影响力均位于首位,研究力量集中,研究人员实力较强,如滑铁卢大学的发文篇数占加拿大总发文量的Glick BR发文篇数占86.61%,主要关注于ACC脱氨酶的作用机理及其在农业生产方面的应用价值。
ACC脱氨酶在农业生产及环境修复两方面的应用研究引起了微生物、植物、农业、生态环境等各界领域研究人员的广泛关注,并成为近几年相关领域内一直活跃的研究热点。ACC脱氨酶能够增强植物抗逆性,促进植物生长已被越来越多的科研人员在大田试验中所证实[11-13],这为解决农业增产、生物防治、环境治理等问题提供了新的希望和思路。中国在ACC脱氨酶方面的研究虽然起步较晚,但目前开展的相关研究也已取得一定进展。姚军朋等[14]综述了ACC脱氨酶在提高作物抗逆性及产量和转基因技术等方面的国内外应用研究进展,展望了ACC脱氨酶在植物修复领域的应用价值及其对农业可持续发展的重要意义,并针对ACC脱氨酶应用研究尚存在的问题提出采取对策。
中国的发表论文数量虽然排名全球第四,但其影响力却较弱,研究实力有待提高。南京农业大学在ACC脱氨酶研究中显示出相对优势,其论文数量、被引总频次与篇均被引频次在全球范围内的研究机构中均排名前十。今后中国在ACC脱氨酶的研究要更加注重高水平论文的发表,要实现从量变到质变的飞跃,同时也要加强与高水平研究机构之间的合作,由高水平的个体研究机构带动该领域科研力量的整体提升。中国对ACC脱氨酶研究的关注热点体现出一定的特色和前瞻性,从植物修复、植物与微生物互作及微生物生态学等多个领域开展研究。目前利用PGPR强化植物修复重金属污染土壤的研究主要停留在修复效果的评价,然而,土壤修复的最终目的不仅仅是去除土壤中过量的重金属,更重要的是恢复土壤的生态生产功能。土壤微生物能够有效反映土壤重金属胁迫程度和健康状况,是土壤修复评价与调控的重要指标。但是,大量引入外源微生物对原有土壤生态环境的影响和作用机制目前还尚未清楚。另外,不同的PGPR影响植物生长及其重金属吸收特性的方式也不同,提高植物修复效率势必要阐明PGPR的促植物生长特性及其与土壤微生物、植物以及重金属之间相互作用的机制。因此,植物-微生物相互作用机制、微生物生态学也是今后该领域值得重点关注和跟踪研究的方向。
[1] | Glick BR. Bacteria with ACC deaminase can promote plant growth and help to feed the world[J]. Microbiological Research, 2014, 169(1) : 30–39. DOI:10.1016/j.micres.2013.09.009 |
[2] | Liu DD, Li M, Liu RJ. Recent advances in the study of plant growth-promoting rhizobacteria in China[J]. Chinese Journal of Ecology, 2016, 35(3) : 815–824. (in Chinese) 刘丹丹, 李敏, 刘润进. 我国植物根围促生细菌研究进展[J]. 生态学杂志, 2016, 35(3) : 815–824. |
[3] | Gamalero E, Glick BR. Ethylene and abiotic stress tolerance in plants[A]//Ahmad P, Prasad MNV. Environmental Adaptations and Stress Tolerance of Plants in the Era of Climate Change[M]. New York: Springer, 2012: 395-412 https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4614-0815-4_18?no-access=true |
[4] | Glick BR. Plant growth-promoting bacteria: mechanisms and applications[J]. Scientifica, 2012, 2012 : 963401. |
[5] | Lugtenberg B, Kamilova F. Plant-growth-promoting rhizobacteria[J]. Annual Review of Microbiology, 2009, 63 : 541–556. DOI:10.1146/annurev.micro.62.081307.162918 |
[6] | Dobbelaere S, Vanderleyden J, Okon Y. Plant growth-promoting effects of diazotrophs in the rhizosphere[J]. Critical Reviews in Plant Sciences, 2003, 22(2) : 107–149. DOI:10.1080/713610853 |
[7] | Singh RP, Shelke GM, Kumar A, et al. Biochemistry and genetics of ACC deaminase: a weapon to "stress ethylene" produced in plants[J]. Frontiers in Microbiology, 2015, 6 : 937. |
[8] | Klee HJ, Hayford MB, Kretzmer KA, et al. Control of ethylene synthesis by expression of a bacterial enzyme in transgenic tomato plants[J]. The Plant Cell, 1991, 3(11) : 1187–1193. DOI:10.1105/tpc.3.11.1187 |
[9] | Glick BR, Jacobson CB, Schwarze MMK, et al. 1-Aminocyclopropane-1-carboxylic acid deaminase mutants of the plant growth promoting rhizobacterium Pseudomonas putida GR12-2 do not stimulate canola root elongation[J]. Canadian Journal of Microbiology, 1994, 40(11) : 911–915. DOI:10.1139/m94-146 |
[10] | Ji YX, Huang XD. Effects of plant growth-promoting rhizobacteria on the seedling growth of oat and annual ryegrass under salt stress[J]. Peoples R China Orient Acad Forum, 2007 : 661–665. |
[11] | Nadeem SM, Zahir ZA, Naveed M, et al. Rhizobacteria containing ACC-deaminase confer salt tolerance in maize grown on salt-affected fields[J]. Canadian Journal of Microbiology, 2009, 55(11) : 1302–1309. DOI:10.1139/W09-092 |
[12] | Prakamhang J, Tittabutr P, Boonkerd N, et al. Proposed some interactions at molecular level of PGPR coinoculated with Bradyrhizobium diazoefficiens USDA110 and B. japonicum THA6 on soybean symbiosis and its potential of field application[J]. Applied Soil Ecology, 2015, 85 : 38–49. DOI:10.1016/j.apsoil.2014.08.009 |
[13] | Shaharoona B, Arshad M, Zahir ZA, et al. Performance of Pseudomonas spp. containing ACC-deaminase for improving growth and yield of maize (Zea mays L.) in the presence of nitrogenous fertilizer[J]. Soil Biology and Biochemistry, 2006, 38(9) : 2971–2975. DOI:10.1016/j.soilbio.2006.03.024 |
[14] | Yao JP, Yao T, Wang XL. Research progress and application of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate deaminase[J]. Biotechnology, 2010, 20(2) : 87–91. (in Chinese) 姚军朋, 姚拓, 王小利. ACC脱氨酶的应用研究进展与评述[J]. 生物技术, 2010, 20(2) : 87–91. |