尽管从列文虎克1676年发现微生物^[1]迄今已经约340年了，微生物研究取得了很多的进展，但是给微生物定名却并不久远，原核生物的系统命名可以说是从1980年^[2]才开始的。而且无论中外，迄今未有一个原核生物(该词是否正确仍有待商榷^[3])命名的官方机构^[4]和官方的分类^[5]，无论是伯杰氏手册还是国际系统细菌学杂志/国际系统和进化微生物学杂志(IJSB/IJSEM)^[6]等，是“权威”刊物，但不是“官方”的，因为微生物分类学仍然是基于科学判断和一般通则的。这在以往中文微生物学命名中更是如此，迄今未见统一的规范，可能因为中国微生物学研究源于西方微生物学，而西方微生物学研究在1980年自身存在较大的混乱。

“杆”或“小杆”是迄今发现原核生物所展现的最大生命形状，以之命名的种属非常之多，约占迄今合格发表 4 000菌属20 000菌种的十分之一强，对其进行生境、形态学、生物化学和进化的系统化和标准化中-拉对译命名意义重大。本文探讨“杆”(bacter)和“小杆”(bacterium)，在中文微生物学中一般是不加以明确区分的^[7]，而且很多时候，与“菌”或“细菌”(bacterium)也混淆，这造成了很多不必要的麻烦^[8]，对于区分和分类研究都是不利的。为了更加清晰地定位，我们首次尝试明确这些杆/小杆、菌/细菌以及生境、功能、生物化学和分子生物学等区别^[9] 。

1 杆 、 小杆 、 杆状的形状和尺寸特征 1.1 杆和小杆的定名、形状和尺寸

虽然在词性上来说^[10]，bacter是阳性词，bacterium是中性词，因此两者在微生物学中可能并无本质的意义区别，但中文属名中为了与“杆”(bacter)相区别，用“小杆”(bacterium)对译。这一方面是表示两者的区别，另一方面表示其尺寸比“杆”更小。

小杆：拉丁文中性名词bacterium。bacterium该词来自希腊文“βακτήριον” (bakterion)。该词大约在1828年^[11]或1838年^[12]由德国自然学家埃伦堡(C.G. Ehrenberg，1795−1876)首先使用的，用于表示在显微镜下观察到的类似于小拐杖、小棍的东西(可能以当时的显微镜技术，镜下观察到的微生物都是棍棒形的)。该小杆(bacterium)作为后缀的时候(即-bacterium)表示小棒、小杆。虽然在中文中一直不被区别，但这在拉丁文词源学中是十分明确的，从1880年的色小杆菌属(Chromobacterium)开始，就是小棒/杆(small rod)^[2]。

杆：新拉丁文阳性名词bacter。新拉丁文中的bacter来自bacterium。该杆(bacter)作为后缀时(即-bacter)表示棒/杆(rod)。

迄今得到合格发表的杆和小杆菌属已经分别有350多属和120多属，除去一些另行归属(合并)的，杆属有近340属，小杆属有近110属(见后文)。在这些菌属种，如表 1所示，定义杆(bacter)和小杆(bacterium)时十分明确地区分这些属的差异，避免重名造成的麻烦。

在总计450多属合格属名中，仅仅17属在中文命名时需要特别区分，与竿(bacillus)和杆(bacter)的中文命名重复率相比也低得多^[9]，不被中文微生物学者注意也就可以理解了。但需特别指出的是，虽然现在很多的菌属并没有重名，但不能保证今后不出现这种意义上的重名。表 1中，1919年已有了微小杆菌属，但直到2014年才出现微杆菌属，相隔近百年；1898年有了醋杆菌属，直到1977年才出现醋小杆菌属，也是相隔近八十年。因此，随着微生物分类学的进一步发展，这种情况必定增多，先行标准化命名是未雨绸缪。

无论如何，明确地区分此两词，并在命名时严格遵守是十分必要的，以免引起不必要的混乱。比如杆菌目(bacterales)和小杆菌目(bacteriales) (这里指的是**杆菌目或**小杆菌目)，肠杆菌科(Enterobacteraceae)和肠小杆菌科(Enterobacteriaceae)，黄杆菌纲(Flavobacteria)和黄小杆菌纲(Flavobacteriia)，在拉丁文中只差一个字母“i”，中文中也只差一个“小”，但其模式属是完全不同的。

同时，非杆(bacter)和小杆(bacterium)类的重名也要重视。

例如鸟小杆菌属和曲杆菌属。1994年定的鳥小杆菌属(Ornithobacterium)和2005年定的鸟小杆菌属(Avibacterium)，除了拼写方式(前者ornis来自希腊文，后者avium来自拉丁文)，其词源意义完全一样，都表示鸟或鸟类(birds)。杨瑞馥和陶天申等把这两属分别写成鸟杆状菌属和鸟杆菌属^[7]，但显然把ornithobacterium译成鸟“杆状”菌属是没有依据的，因为“杆状”对应的拉丁文实际上是“bacteroide”(表 2)，而且这种加“状”或“形”的用法显得十分随机，与把bacterium一会儿译成“杆”、一会儿译成“小杆”如出一辙，没有沿用性。与之类似的，1983年定的麯杆菌属(Ancylobacter)和2004年定的曲杆菌属(Curvibacter)，除了拼写方式(前者希腊文ankuros与后者拉丁文curvus)，其词源意义一样，均表示弯曲的(curved or crooked)。杨瑞馥和陶天申等把这两属分别写成屈曲杆菌属和弯钩菌属^[7]，显然是把curvus理解成弯钩了，并把bacter意化为菌不译了。这本也无可非议，但是该词典在其它很多场合对于拉丁文curvus的理解各不相同，比如把2009年定的脱硫化曲菌属(Desulfocurvus)译成“还原硫酸盐弧菌属”(这是十分错误的，因为弧菌属是特定的)，而对2004年定的硫曲菌属(Sulfuricurvum)又译成“硫弯曲菌属”等，这种多变的释义显然是不可沿用的。这种情况下，根据拉丁文和希腊文的渊源关系，可以定义把希腊文词源字词译为中文繁体字或异体字，比如1994年的Ornithobacterium写成鳥小杆菌属，1983年的Ancylobacter译为麯杆菌属，也符合我国语言文字法第十七条“(五)出版、教学、研究中需要使用的”^[13]的规定。由于希腊文和拉丁文在当今的微生物命名中大量存在，是主体用语，中文繁简共用， 或是一条解决现存微生物拉丁文命名中译名重名的捷径。

再如1983年定的秘小杆菌属(Arcanobacterium)和1999年定的隐小杆菌属(Cryptobacterium)。除了拼写方式，前者arcanus来自拉丁文，后者kruptos来自希腊文，但均表示隐秘的(hidden)。杨瑞馥和陶天申等把这两属分别写成隐秘杆菌属和隐秘小杆菌属^[7]，但显然把bacterium既译为“杆”又译为“小杆”，是非常随意的，不可延续和把握的。这种情况，根据汉语中词语同义复指的情况，把“隐秘”两字分开来用，即一个拉丁文(或希腊文)只用一个汉字对应。此处不用隐秘的繁简或异体字是因为区分度不大，在有选择的情况下，优选这种同义复指字词。

1.2 杆状

与上述杆或小杆密切相关的“杆状”由杆(bacter)和状(oides)构成，表示类似杆棒形的微生物有7属(表 2)。这7属定名明显是1919年的杆状菌属衍生来的，有3属是直接与杆状菌属有密切关系的参照菌属，属于杆状菌门(Bacteroidetes)，而有另3属则与杆状菌属一样，仅仅表示形状类似杆形，属于厚壁菌门(Firmicutes)，与上述大部分杆属和小杆属的分类不同，但都属于细菌域。

1.3 尺寸特征

需要特别说明的是，当前微生物界在命名时，实际上对“杆”和“小杆”已有明确的界定，比如已经有如下4属92种复合了尺寸长短的概念。

1953年的短小杆菌属(Brevibacterium)，“短”即表示尺寸的长短，此属已定50种。

1981年定的甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)，“短”即表示尺寸的长短，此属已定15种。

1972年的矬小杆菌属(Curtobacterium)，“矬”即表示尺寸的长短，此属已定11种。

1988年定的矮小杆菌属(Brachybacterium)，“矮”即表示尺寸的长短，此属已定16种。

另有两种模式种，1994年新合并的模式种短固杆菌(Empedobacter brevis)和1999年定的模式种矬隐小杆菌(Cryptobacterium curtum)表示尺寸的长短。

但综合来看，科学界虽然试图区分杆和小杆，实际上并无尺寸大小的具体规定，因为实际操作中也有一些问题，比如建立尺寸衡量的生长时期等。所造成的混乱例子也很多。例如，1961年的杆线菌属(Bacterionema)在1983年被归属到棒小杆菌属(Corynebacterium)，1978年的奶酪杆菌属(Caseobacter)在1987年被归属到棒小杆菌属(Corynebacterium)，就是典型的例证。反之，1984年的釜小杆菌属(Calderobacterium)在2001年被归属到氢杆菌属(Hydrogenobacter)，2004年的小链小杆菌属(Catellibacterium)在2013年被归属到芽杆菌属(Gemmobacter)也是典型的例证。

但今后或可在命名这两类生物时加以具体尺寸的规定。让杆和小杆能够除了表示杆棒形之外，还带上尺寸，比如是否可以讨论给杆规定是1 μm以上，小杆是1 μm以下，这样多一种尺度，可进一步刻画菌属特征，增加区分度。

2 杆和小杆的细菌属性

很明显，当细菌(bacterium)一词被埃伦堡引入微生物界以后，该词在相当长的时间内和相当大的程度上是微生物的代名词，细菌也就成了微生物的代名词。沿用至今，细菌(非斜体单数bacterium和复数bacteria)已经成了一个独立的生命域，细菌域(Bacteria)。微生物定名中的小杆(bacterium)和杆(bacter)，在表示上述第一层含义——即表示(小)杆棒(形/状)之外，也有了第二层含义，特指“细菌”(或许正是在这层意思上，中文译名中，bacterium和bacter有时候就被直接译为“菌”或“细菌”，但这也造成了一词多译的混乱)。

表 3是在所有的以杆(表 4)、小杆(表 5)或杆状(表 2)命名的近500属原核生物中，现在明确属于古菌的仅有5属。表 3中这些菌属都属于古菌中的广古菌门，分别属于甲烷小杆菌纲和卤杆菌纲。

由于历史的原因，生物化学(细胞壁组成和结构)、形态学(形状、孢子、芽孢/芽胞等)和代谢(底物)一直是原核生物分类的依据^[11]。直至1977年，尽管有了基因分类(系统发育)分析，古菌仍然没有从细菌域分离出来而称为古细菌^[14]，并一直到1990年^[15]才单列出古菌域。所以1936年的甲烷小杆菌属、1957年的卤小杆菌属、1981年的甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、1984年的泡碱小杆菌属和2000年的甲烷热杆菌属(Methanothermobacter)，虽然一开始以“杆(bacter)”或小杆(bacterium)命名，但后来归属于古菌是合乎情理的。这也说明，即使有分子生物学的手段，有DNA分析，并不能一劳永逸地解决微生物的分类问题，微生物的分类仍然需要依靠多种手段多管齐下和观念的突破^[3]。不过，以杆(bacter)和小杆(bacterium)命名的菌属大多数为细菌是正确的，今后也不太容易再错。

因此，应当特别指出的是，以“杆”或“小杆”定名的属，完全可以省略“菌”字，因为“杆”和“小杆”就表明了细菌的意义(表 4和表 5)。并可用如下简式表示：杆=细菌；小杆=细菌。

在属名中省略“菌”字，也符合定名简洁的原则^[16]，并把“菌”字专一性地赋予微生物(细菌、古菌和真菌)的“菌名”。比如“杆属”取代“杆菌属”，因为“杆”已经十分明确其“细菌”属性，加“菌”并不能明确其任何归属意义，显得画蛇添足。例如，1886年的Cystobacter为腺杆属，其模式种菌名则为暗腺杆菌(Cystobacter fuscus)。但因为现阶段中文微生物学界中的一种传统习惯，公众对于微生物的陌生，属名可暂时不去除“菌”字，也算是同义复指吧。

现约有350多属以“杆”命名，表示“杆棒”形状，但不少属进行了重新划分，目前在IJSB/IJSEM^[6]合格或合格化发表的大约338属，1 548种，64亚种(表 4)。很多以其它形态命名的菌属中，也同时以杆描述，表示形状的复合性或多变性，如维杆菌属(Ktedonobacter)、曲杆菌属(Curvibacter)等。现有约120属以“小杆”形命名，除去一些重新进行归属的，现行合格或合格化发表的约109属，如醋厌氧小杆菌属(Acetanaerobacterium)等(表 5)。很明显，109属小杆属数量远少于338属的杆属，但有意思的是，其菌种达到了1 277种，62亚种，并不亚于杆菌的数量。另外，在所有模式种中，以杆和小杆定名的非常少，目前仅有两模式种，1963年的模式种吞小杆蛭弧菌(Bdellovibrio bacteriovorus)，该种名中，小杆即为细菌，吞小杆即为吞细菌的，1975年的模式种非劈杆厌氧原体(Anaeroplasma abactoclasticum)，杆即为细菌，非劈杆即为不溶解细菌的，毫无疑问，这两种模式种也在细菌域^[9]。

3 小结

本文首先对总结460多属近3 000种杆和小杆类原核微生物结合形态、生境、功能和分子生物学特点进行了系统的总结。中文与欧美语系的差异决定了必须有自己的语言特色，在微生物资源和分类学快速发展过程当中，如何结合我国文字特点，介绍和发展好中国微生物资源和分类学，是十分紧迫的事情。本文抛砖引玉，除了上述首次在中文中明确一字一义解决了杆、小杆和杆状的几个方面，尚有几个问题需要共同解决：

(1) 拉丁文属名中无论词源还是词意都相差无几的属名，如何确定中文属名。如海杆菌属或海杆属(Marinobacter)与海杆菌属或海杆属(Maribacter)，水杆菌属或水杆属(Aquabacter)与水杆菌属或水杆属(Aquibacter)。这些菌属的词源和拼写几乎没有差别，符合原核生物命名的唯一性原则，但是中文中如何区分词型和词性差异值得思考。

(2) 与定量表达的分子生物学技术相比，定性描述的微生物形态分析似已不再有显著的区分度，但是任何一种生物必定有其相对稳定的生命形态，杆和小杆已经历了长期的历史检验，今后如何使得杆和小杆在尺寸和维度上的差异有一个具体可操作的标准，比如本文提出以1 μm或长宽比是否可行，又以微生物生长的哪个阶段等是否可行。从这些形态共性中，还有哪些典型的共性和异性？

(3) 现行命名方式中以形态定名为主流，辅以颜色、生境、生物化学和代谢、甚至贡献者命名，近来也开始结合分子生物学的特点，但都没有进行统一和规范，今后可以进一步明确双名命名中应当包含的几重信息。

致谢: 感谢陈文新院士不顾年事之高，多次接见当面指教和大力的推荐，特别感谢陶天申教授主动致函多次讲解和指导，促进我们对中外微生物学的发展有更深的理解和把握。