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文章信息
- 于越, 朱凌峰, 王丽敏, 于波, 郭红莲
- YU Yue, ZHU Ling-Feng, WANG Li-Min, YU Bo, GUO Hong-Lian
- 来自詹氏乳杆菌的耐热D-乳酸脱氢酶的酶学性质研究
- Biochemical characterization of a novel thermostable D-lactate dehydrogenase from Lactobacillus jensenii
- 微生物学通报, 2015, 42(3): 460-466
- Microbiology China, 2015, 42(3): 460-466
- 10.13344/j.microbiol.china.140565
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文章历史
- 收稿日期: 2014-07-23
- 接受日期: 2014-10-09
- 优先数字出版日期(www.cnki.net): 2014-10-11
2. 中国科学院微生物研究所 中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室 北京 100101
2. CAS Key Laboratory of Microbial Physiological and Metabolic Engineering, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China
乳酸是三大有机酸之一,被广泛应用在食品、医药、化妆品及化工产业[1]。乳酸未来最广泛的工业用途是用于生产生物可降解材料聚乳酸(PLA),聚乳酸由于其良好的材料性能和可降解性,被认为是最可能替代石化塑料的生物可降解塑料[2]。乳酸单体有两种同分异构体,即D-乳酸和L-乳酸,他们分别由丙酮酸在NAD依赖型D-乳酸脱氢酶(EC 1.1.1.28)和L-乳酸脱氢酶(EC 1.1.1.27)的作用下还原产生的[3, 4]。研究表明,在聚L-乳酸中添加等量的聚D-乳酸可以显著提高聚乳酸材料的耐温性。因此,随着聚乳酸产业的不断发展,D-乳酸单体生产受到越来越多的关注。
L-乳酸由于其在食品和工业上有非常广泛的应用空间,发展历史较长,工业化微生物发酵法生产L-乳酸已经很成熟。L-乳酸的发酵温度一般在40 °C以上[5, 6],近期报道的一些耐热菌种,如凝结芽孢杆菌,最佳的发酵温度在50−55 °C,并产高光学纯度的L-乳酸[7]。由于该菌株的耐热性,可以满足粗放的不灭菌高温发酵工艺,因此在工业生产上具有很大的优势。与成熟的L-乳酸发酵工艺不同,目前国内还未有D-乳酸的生产线。其原因一方面受到D-乳酸的市场所限;另一方面,目前D-乳酸发酵菌种均不耐热,发酵温度在40 °C以下,因此在工业生产中需要将培养基灭菌;另一方面,由于是常温发酵,操作过程中极易染杂菌从而降低光学纯度和转化率,对发酵过程的操作要求较为严格,这就间接提高了D-乳酸的生产成本。
目前报道比较多的D-乳酸发酵菌株为德氏乳杆菌,该菌株可以产较高光学纯度的D-乳酸,但其最佳的发酵温度为37 °C。当培养温度达到40 °C左右时,D-乳酸的产率显著降低。同时,随着对乳酸脱氢酶的研究不断深入,发现即便在同一个菌体里,D-乳酸脱氢酶的热稳定性要明显低于L-乳酸脱氢酶[8]。目前报道的L-乳酸的热稳定性普遍在50 °C以上,而热稳定性好的D-乳酸脱氢酶很少有报道,D-乳酸脱氢酶在45 °C以上的酶活损失很快[9]。因此,推测D-乳酸脱氢酶热稳定性较差可能是限制菌种具有高温D-乳酸发酵能力的重要原因。为了提高D-乳酸发酵的经济性,开发耐热的发酵菌种和开放式发酵工艺是未来的技术方向。D-乳酸生产的最关键酶——目前报道的D-乳酸脱氢酶不耐热的性状严重制约了高温工程菌株的构建。因此找到或设计出耐高温的D-乳酸脱氢酶将是构建D-乳酸高温发酵菌株的关键步骤。
在20世纪70年代,有研究者报道,在测定詹氏乳杆菌(Lactobacillus jensenii)的粗酶液酶活时,发现存在耐温的D-乳酸脱氢酶酶活,对该酶进行了初步的纯化,但是其基因信息未知[9]。近年来,随着基因组测序技术的不断发展,越来越多的新酶资源从海量的基因组数据中被发掘出来。本研究中,我们根据最近公布的全基因组序列,在詹氏乳杆菌的基因组中注释获得一个D-乳酸脱氢酶,并对其进行了克隆纯化。与来自植物乳杆菌中的常温D-乳酸脱氢酶的酶学相比较,发现来自詹氏乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶具有较好的耐温特性,并且催化活力更高,为下一步进行D-乳酸高温发酵菌株的构建提供了非常好的元件。
1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 菌株和质粒:詹氏乳杆菌(Lactobacillus jensenii DSM 20557)和植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum subsp. plantarum DSM 20174)购自德国微生物菌种保藏中心(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH,DSMZ);用于酶的克隆表达菌株E.coli DH5α和E. coli BL21(DE3)购自天根生化科技(北京)有限公司;质粒pETDuet-1本实验室保藏。 1.1.2 主要试剂:细菌基因组DNA提取试剂盒、DNA快速回收纯化试剂盒、胶回收试剂盒购自OMEGA公司;Ex Taq DNA聚合酶及限制性内切酶Hind III和Xho I均购自TaKaRa公司。 1.2 方法 1.2.1 引物设计:詹氏乳杆菌DSM20557是已报道过的含有最耐热的D-乳酸脱氢酶基因[9],但是由于其没有基因测序信息,无法查到其D-乳酸脱氢酶基因。因此根据最新詹氏乳杆菌269-3的基因组测序信息(GenBank登录号:ACOY00000000),设计了其D-乳酸脱氢酶基因引物。上游引物序列为:5′-CCCAAGCTTATGACAAAGATTTTTGC-3′,下游引物序列为:5′-TATCTCGAGTTAACCTAACTT AACTGG-3′,扩增的基因含有终止密码子,表达的蛋白在N端有His-tag标签。同时根据公布的植物乳杆菌DSM20174 (ACGZ02000000)的基因组信息(GenBank登录号:ACGZ02000000),设计了其D-乳酸脱氢酶基因(ldhD)引物。上游引物序列为:5′-CGCAAGCTTATGAAAATTATTGCATATGC-3′,下游引物序列为:5′-TATCTCGAGGTCAAACTTAA CTTGTGTGT-3′ (北京睿博兴科生物技术有限公司合成),均分别引入了Hind III和Xho I两个酶切位点(下划线)。为保持与参考文献[3]一致,扩增的来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶基因不含终止密码子,表达的蛋白除了在N端含有His-tag标签外,同时在C端含有S-tag的标签。 1.2.2 重组质粒的构建:詹氏乳杆菌和植物乳杆菌基因组DNA的提取按照试剂盒说明书操作。经过PCR扩增分别得到两株菌的ldhD。将扩增后的目的片段和pETDuet-1使用相应的限制性内切酶酶切后,用T4 DNA连接酶进行连接,转化至E. coli BL21(DE3)中,分别得到携带pETDuet-ldhD20557和pETDuet-ldhD20174质粒的E. coli BL21(DE3)重组菌株。挑取单菌落经菌落PCR及提取质粒双酶切验证后送去北京睿博兴科生物技术有限公司测序。 1.2.3 重组蛋白D-乳酸脱氢酶的表达与纯化:分别挑取携带pETDuet-ldhD20557和pETDuet-ldhD20174质粒的E. coli BL21(DE3)单菌落,至5 mL LB液体培养基中(蛋白胨10 g,酵母浸粉5 g,NaCl 10 g,氨苄青霉素100 mg/L),过夜培养。以1%的接种量转接到200 mL LB新鲜培养基中,37 °C培养直至OD600达到0.6左右,加入终浓度为0.1 mmol/L的IPTG,转到18 °C过夜诱导。13 000×g、4 °C离心10 min收集E. coli BL21(DE3)菌体细胞,重悬于结合液中(20 mmol/L pH 7.9 Tris,10 mmol/L咪唑,0.5 mol/L NaCl),加入100 μL 20 g/L的溶菌酶,混匀冰上静置30 min,超声破碎细胞,12 000 r/min、4 °C离心10 min,上清液过膜(0.45 μm)后利用Ni-Agarose His标签蛋白纯化试剂盒进行纯化,利用4 mmol/L pH 7.9 Tris,60 mmol/L咪唑,0.1 mol/L NaCl的洗脱液进行杂蛋白的洗脱,利用10 mmol/L pH 7.9 Tris,300 mmol/L咪唑,0.25 mol/L NaCl的洗脱液进行目的蛋白的洗脱,SDS-PAGE检测目的条带,超滤柱脱盐浓缩后,−80 °C保藏。
1.2.4 D-乳酸脱氢酶活力测定:D-乳酸脱氢酶能催化丙酮酸与还原型辅酶Ⅰ(还原态烟酰胺腺嘌呤二核苷酸,NADH)反应生成D-乳酸与氧化态烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+),通过测定NADH的变化可以表征酶反应的快慢[10]。NADH在340 nm有最大吸光度,纯化的D-乳酸脱氢酶活力通过酶标仪检测NADH在340 nm吸光度的减少量,通过标准曲线可以计算出D-乳酸脱氢酶的酶活。具体测定体系(200 μL):pH 7.0磷酸缓冲液100 mmol/L;丙酮酸20 mmol/L;NADH 0.2 mmol/L;酶液适量;检测OD340的变化。1个酶活单位(1 U)定义为每分钟内氧化1 μmol NADH所需要的酶量。
1.2.5 D-乳酸脱氢酶产物光学纯度的测定:根据文献[11]利用高效液相手性柱检测来自两种菌的酶促反应产物的光学纯度,看是否只产生D-乳酸,同时将来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶分别放置在不同温度下(35、45、55 °C)进行反应,观察温度对D-乳酸脱氢酶的立体选择性的影响。其流动相是 2 mmol/L的硫酸铜溶液,柱温是25 °C,检测波长为254 nm,流速为0.5 mL/min,进样5 μL。根据标品确定反应产物的纯度。 1.2.6 D-乳酸脱氢酶的最适反应温度:在0.1 mol/L pH 7.0磷酸缓冲液中,加入底物丙酮酸20 mmol/L,辅酶NADH 0.2 mmol/L。在不同温度下反应,酶标仪测其反应速度,以最高的反应速度作为100%反应活力,得到其他的相对活力,100%反应活力对应的温度即是最适温度。 1.2.7 D-乳酸脱氢酶最适pH的筛选:在不同pH的0.1 mol/L磷酸缓冲液中,加入底物丙酮酸 20 mmol/L,辅酶NADH 0.2 mmol/L,37 °C反应,酶标仪测其反应速度,以最高的反应速度作为100%反应活力,得到其他的相对活力。 1.2.8 D-乳酸脱氢酶动力学参数测定:在最适pH磷酸缓冲液(0.1 mol/L)中加入辅酶NADH 0.2 mmol/L,不同浓度的底物丙酮酸,最适温度下反应,测其反应速度。用双倒数方程求得动力学参数。 1.2.9 D-乳酸脱氢酶的热稳定性和热失活性:将酶在不同温度(25、30、35、40、45、50、55和60 °C)下分别放置10 min,冰浴0.5 h后,在各自最适pH和最适温度下进行反应,分别测定其剩余酶活。定义25 °C温度下处理10 min后的剩余酶活为100%,分别计算在不同温度下处理10 min后酶的相对酶活。T5010定义为酶在放置10 min后,酶活力降低到相对于置于25 °C 10 min的酶活力一半时,所需要的温度。酶在特定的温度下的热失活性是通过将酶在45 °C下放置0-90 min,冰浴10 min,分别测定其剩余酶活。酶的热失活半寿期(t1/2)是指酶活力降低到初始活力的一半时所需要的时间。
2 结果与分析 2.1 D-乳酸脱氢酶基因克隆、表达与纯化以詹氏乳杆菌和植物乳杆菌基因组DNA为模板进行PCR扩增,产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测,得到的目的片段大小分别在1 002 bp和999 bp左右,与预期大小一致。经酶切后,连接到经同样酶切处理的pETDuet-1质粒,分别构建了重组质粒pETDuet-ldhD20557和pETDuet-ldhD20174质粒,经测序分析验证,证明重组质粒插入片段正确,并与GenBank中对应的D-乳酸脱氢酶基因一致。
分别使用携带pETDuet-ldhD20557、pETDuet-ldhD20174质粒的E. coli BL21(DE3)来表达D-乳酸脱氢酶,在18 °C低温诱导下,细胞能较好破壁,并且由于目的蛋白上已被添加His标签,通过Ni-Agarose His标签蛋白纯化试剂盒纯化后的蛋白条带单一(图1),可用于下一步酶学实验。
2.2 反应产物光学纯度检测用纯化、脱盐后的詹氏乳杆菌和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶催化丙酮酸与NADH反应,得到反应产物。用高效液相手性柱可以将D-乳酸、L-乳酸分离,根据标准品的出峰时间可以确定反应产物的光学纯度。如图2所示,来自詹氏乳杆菌和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶均仅催化丙酮酸生成D-乳酸,
而没有L-乳酸的产生,说明两种来源的D-乳酸脱氢酶均是严格的D-乳酸脱氢酶,且来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的催化特性并未受到温度的影响。
2.3 D-乳酸脱氢酶的最适反应温度的确定由图3A可见詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的最适温度在45 °C左右,而植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶(图3B)的最适温度则在30 °C左右,从最适反应温度上来看詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的最适温度要大于植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶的最适温度,因此詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶更适于高温生产D-乳酸。
2.4 D-乳酸脱氢酶的最适酶反应pH值分别在不同pH条件下的磷酸缓冲液中反应,把最高的活力算作100%的活力。来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶(图4A)和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶(图4B)分别在pH为6.5和7.0的时候酶的活力最高。
2.5 D-乳酸脱氢酶的热稳定性和热失活性的确定将酶在不同温度下放置10 min后,再测其酶活。根据酶活的大小判断在不同温度下D-乳酸脱氢酶的稳定性。将放在25 °C的酶作为对照,其反应活力为100%,其他则有相对的活力(图5A)。来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的酶活力随着温度的升高热稳定性在缓慢的降低,当温度达到55 °C以后时,酶活力降低到25 °C的酶活力的一半,60 °C温浴后酶完全失活,所以T5010要在55−60 °C之间。而来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶在温度达到35 °C之后,酶活力迅速下降,仅剩下25 °C下的酶活力的25%左右,T5010仅在35−40 °C之间,与来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的T5010相比低了近20 °C,表明来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶热稳定性良好。
将酶在同一温度下放置0−90 min,每10 min测其酶活,根据酶活的大小判断在不同加热时间下的酶热失活性。将放置0 min的酶作为对照,其反应活力为100%的活力,计算其他的相对活力(图5B)。来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶在加热初期酶活力就迅速降到40%左右,t1/2不足10 min。而詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的酶活力虽然在开始温浴的10 min中里,酶活力迅速降到66%,但之后酶活下降缓慢,直至接近80 min时酶活力才降低到初始活力的50%,t1/2在70−80 min之间,与来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶相比较,具有较高耐热性。
2.6 D-乳酸脱氢酶动力学参数的确定在各自最适反应条件下,分别测定两种不同来源D-乳酸脱氢酶的动力学参数。采用Lineweaver-Burk双倒数法作图,计算D-乳酸脱氢酶对丙酮酸的Km值、kcat值以及kcat/Km值(表1)。其中来自植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶的Km值约是来自詹氏乳杆菌D-乳酸脱氢酶的Km值的14倍,说明植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶对丙酮酸的亲合力不如詹氏乳杆菌。虽然来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的kcat值要比来自植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶的kcat值低,但是来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶对底物丙酮酸的亲和力更高(相差13倍),从而使得kcat/Km值比来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的kcat/Km值高出3倍多,表明其在D-乳酸的生产上有更高的催化效率,这些说明了来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶在生产D-乳酸上更具潜力。
Lactobacillus jensenii D-LDH | Lactobacillus plantarum D-LDH | |
Km (mmol/L) | 0.2±0.0 | 2.7±0.3 |
kcat (s−1) | 26.3±0.6 | 91.3±0.9 |
kcat/Km (L/(mol·s)) | (11.0±0.5)x104 | (3.4±0.0)x104 |
随着聚乳酸产业对高光学纯D-乳酸的需求不断增长,D-乳酸的发酵生产逐步受到重视。目前D-乳酸发酵菌种均为常温菌株,培养基及发酵系统需要灭菌处理,并且操作过程中要求较高,需要避免染菌,从而提高了D-乳酸的发酵成本。而在L-乳酸发酵中采用耐热的凝结芽孢杆菌作为发酵菌株,该菌株的最佳发酵温度在50 °C以上,可以采用不灭菌的开放式发酵工艺,从而显著降低了发酵成本[12]。由于D-乳酸脱氢酶的不耐热性,限制了D-乳酸的高温发酵菌株的构建。本文通过基因资源发现,并分别克隆了来自詹氏乳杆菌和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的基因,实现其在E. coli BL21(DE3)中的高效异源表达。通过对两株菌的D-乳酸脱氢酶的一系列酶学性质的比较,詹氏乳杆菌比目前报道的来自植物乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶的温度耐受性更佳,并且詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的催化效率也远大于来自植物乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶的催化效率。通过本文获取的来自詹氏乳杆菌的耐温D-乳酸脱氢酶,采用耐热的宿主,如凝结芽孢杆菌作为宿主,通过基因工程改造,替换原有的L-乳酸脱氢酶,可以构建重组凝结芽孢杆菌,实现高光学纯D-乳酸的高温开放式发酵,从而显著降低生产成本。
[1] | Cuong MN, Gyung JC, Yong HC, et al. D- and L-lactic acid production from fresh sweet potato through simultaneous saccharification and fermentation[J]. Biochemical Engineering Journal, 2013, 81: 40-46 |
[2] | Hidaka T, Horie T, Akao S, et al. Kinetic model of thermophilic L-lactate fermentation by Bacillus coagulans combined with real-time PCR quantification[J]. Water Research, 2010, 44(8): 2554-2562 |
[3] | Zheng ZJ, Sheng BB, Ma CQ, et al. Relative catalytic efficiency of ldhL- and ldhD-encoded products is crucial for optical purity of lactic acid produced by Lactobacillus strains[J]. Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78(9): 3480-3483 |
[4] | Michael AS, Marcus AM, Armel G, et al. Kinetic characterization of recombinant Corynebacterium glutamicum NAD+-dependent LDH over-expressed in E. coli and its rescue of an lldDO- phenotype in C. glutamicum: the issue of reversibility re-examined[J]. Archives of Microbiology, 2011, 193(10): 731-740 |
[5] | Ma KD, Toshinari M, You HY, et al. Open fermentative production of L-lactic acid with high optical purity by thermophilic Bacillus coagulans using excess sludge as nutrient[J]. Bioresource Technology, 2014, 151: 28-35 |
[6] | Meng Y, Xue YF, Yu B, et al. Efficient production of L-lactic acid with high optical purity by alkaliphilic Bacillus sp. WL-S20[J]. Bioresource Technology, 2012, 116: 334-339 |
[7] | John RP, Nampoothiri KM, Pandey A. Fermentative production of lactic acid from biomass: an overview on process developments and future perspectives[J]. Applied Microbiology and Biotechnology, 2007, 74(3): 524-534 |
[8] | Su Y, Rhee MS, Ingram LO, et al. Physiological and fermentation properties of Bacillus coagulans and a mutant lacking fermentative lactate dehydrogenase activity[J]. Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 2011, 38(3): 441-450 |
[9] | Gasser F, Doudoroff M, Contopoulos R. Purification and properties of NAD-dependentlactic dehydrogenases of different species of Lactobacillus[J]. Journal of General Microbiology, 1970, 62(2): 241-250 |
[10] | Wang XW, Zheng ZJ, Dou PP. Cloning, expression, purification, and activity assay of proteins related to D-lactic acid formation in Lactobacillus rhamnosus[J]. Applied Microbiology and Biotechnology, 2010, 87(6): 2117-2123 |
[11] | Li Y, Wang LM, Ju JS, et al. Efficient production of polymer-grade D-lactate by Sporolactobacillus laevolacticus DSM442 with agricultural waste cottonseed as the sole nitrogen source[J]. Bioresource Technology, 2013, 142: 186-191 |
[12] | Peng LL, Wang LM, Che CC, et al. Bacillus sp. strain P38: an efficient producer of L-lactate from cellulosic hydrolysate, with high tolerance for 2-furfural[J]. Bioresource Technology, 2013, 149: 169-176 |