微生物学通报  2015, Vol. 42 Issue (3): 460-466

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于越, 朱凌峰, 王丽敏, 于波, 郭红莲
YU Yue, ZHU Ling-Feng, WANG Li-Min, YU Bo, GUO Hong-Lian
来自詹氏乳杆菌的耐热D-乳酸脱氢酶的酶学性质研究
Biochemical characterization of a novel thermostable D-lactate dehydrogenase from Lactobacillus jensenii
微生物学通报, 2015, 42(3): 460-466
Microbiology China, 2015, 42(3): 460-466
10.13344/j.microbiol.china.140565

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收稿日期: 2014-07-23
接受日期: 2014-10-09
优先数字出版日期(www.cnki.net): 2014-10-11
来自詹氏乳杆菌的耐热D-乳酸脱氢酶的酶学性质研究
于越1, 2, 朱凌峰2, 王丽敏2, 于波2, 郭红莲1     
1. 天津科技大学 食品工程与生物技术学院 天津 300457
2. 中国科学院微生物研究所 中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室 北京 100101
摘要: 【目的】D-乳酸脱氢酶是催化丙酮酸合成D-乳酸的关键酶。由于其不耐热,从而限制了D-乳酸高温发酵菌株的构建。本文从詹氏乳杆菌中克隆新型D-乳酸脱氢酶研究其酶学性质,为构建D-乳酸高温发酵菌株,进一步降低D-乳酸生产成本奠定基础。【方法】通过克隆詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶,将其进行体外表达,并与来自植物乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶的最适温度、最适pH、动力学参数及热稳定性和热失活性相比较,研究詹氏乳杆菌D-乳酸脱氢酶的耐热性。【结果】詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶最适温度(45 °C)比植物乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶的最适温度(30 °C)高很多,热失活的时间和温度均要比植物乳杆菌中D-乳酸脱氢酶高很多。同时其催化效率(kcat/Km)是植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶的3倍左右。【结论】詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶具有更好的耐热性和更高的催化活力。
关键词: D-乳酸脱氢酶    耐热    詹氏乳杆菌    
Biochemical characterization of a novel thermostable D-lactate dehydrogenase from Lactobacillus jensenii
CAI Yu-Meng1,2, ZHU Ling-Feng2, WANG Li-Min2, YU Bo2, GUO Hong-Lian1     
1. School of Food Engineering and Biological Technology, Tianjin University of Science & Technology, Tianjin 300457, China
2. CAS Key Laboratory of Microbial Physiological and Metabolic Engineering, Institute of Microbiology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China
Abstract:[Objective] NAD-dependent D-lactate dehydrogenase (D-LDH) catalyzed the conversion of pyruvate to D-lactic acid. However, the weakness of thermostability of D-LDHs reported to date hindered the recombinant strain construction for high-temperature fermentation process. Finding a novel thermostable D-LDH would lay the foundation for constructing the efficient D-lactate producer under high-temperature fermentation conditions and thus will reduce the operation cost of producing D-lactic acid. [Methods] D-LDH was cloned from Lactobacillus jensenii strain and then expressed in Escherichia coli to determine its optimal reaction temperature, optimal reaction pH, kinetic parameter, thermostability and thermal inactivation, which is compared with the mesophilic D-LDH from Lactobacillus plantarum ssp. plantarum. [Results] D-LDH from Lactobacillus jensenii strain had higher optimal reaction temperature (45 °C), better thermostability and 3 times higher catalytic activity (kcat/Km) than those of D-LDH from Lactobacillus plantarum ssp. plantarum (optimal reaction temperature was just 30 °C). [Conclusion] D-LDH from Lactobacillus jensenii strain had better thermostability and higher catalytic activity, which is useful component for industrial applications.
Key words: D-lactate dehydrogenase    Thermostable    Lactobacillus jensenii    

乳酸是三大有机酸之一,被广泛应用在食品、医药、化妆品及化工产业[1]。乳酸未来最广泛的工业用途是用于生产生物可降解材料聚乳酸(PLA),聚乳酸由于其良好的材料性能和可降解性,被认为是最可能替代石化塑料的生物可降解塑料[2]。乳酸单体有两种同分异构体,即D-乳酸和L-乳酸,他们分别由丙酮酸在NAD依赖型D-乳酸脱氢酶(EC 1.1.1.28)和L-乳酸脱氢酶(EC 1.1.1.27)的作用下还原产生的[3, 4]。研究表明,在聚L-乳酸中添加等量的聚D-乳酸可以显著提高聚乳酸材料的耐温性。因此,随着聚乳酸产业的不断发展,D-乳酸单体生产受到越来越多的关注。

L-乳酸由于其在食品和工业上有非常广泛的应用空间,发展历史较长,工业化微生物发酵法生产L-乳酸已经很成熟。L-乳酸的发酵温度一般在40 °C以上[5, 6],近期报道的一些耐热菌种,如凝结芽孢杆菌,最佳的发酵温度在50−55 °C,并产高光学纯度的L-乳酸[7]。由于该菌株的耐热性,可以满足粗放的不灭菌高温发酵工艺,因此在工业生产上具有很大的优势。与成熟的L-乳酸发酵工艺不同,目前国内还未有D-乳酸的生产线。其原因一方面受到D-乳酸的市场所限;另一方面,目前D-乳酸发酵菌种均不耐热,发酵温度在40 °C以下,因此在工业生产中需要将培养基灭菌;另一方面,由于是常温发酵,操作过程中极易染杂菌从而降低光学纯度和转化率,对发酵过程的操作要求较为严格,这就间接提高了D-乳酸的生产成本。

目前报道比较多的D-乳酸发酵菌株为德氏乳杆菌,该菌株可以产较高光学纯度的D-乳酸,但其最佳的发酵温度为37 °C。当培养温度达到40 °C左右时,D-乳酸的产率显著降低。同时,随着对乳酸脱氢酶的研究不断深入,发现即便在同一个菌体里,D-乳酸脱氢酶的热稳定性要明显低于L-乳酸脱氢酶[8]。目前报道的L-乳酸的热稳定性普遍在50 °C以上,而热稳定性好的D-乳酸脱氢酶很少有报道,D-乳酸脱氢酶在45 °C以上的酶活损失很快[9]。因此,推测D-乳酸脱氢酶热稳定性较差可能是限制菌种具有高温D-乳酸发酵能力的重要原因。为了提高D-乳酸发酵的经济性,开发耐热的发酵菌种和开放式发酵工艺是未来的技术方向。D-乳酸生产的最关键酶——目前报道的D-乳酸脱氢酶不耐热的性状严重制约了高温工程菌株的构建。因此找到或设计出耐高温的D-乳酸脱氢酶将是构建D-乳酸高温发酵菌株的关键步骤。

在20世纪70年代,有研究者报道,在测定詹氏乳杆菌(Lactobacillus jensenii)的粗酶液酶活时,发现存在耐温的D-乳酸脱氢酶酶活,对该酶进行了初步的纯化,但是其基因信息未知[9]。近年来,随着基因组测序技术的不断发展,越来越多的新酶资源从海量的基因组数据中被发掘出来。本研究中,我们根据最近公布的全基因组序列,在詹氏乳杆菌的基因组中注释获得一个D-乳酸脱氢酶,并对其进行了克隆纯化。与来自植物乳杆菌中的常温D-乳酸脱氢酶的酶学相比较,发现来自詹氏乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶具有较好的耐温特性,并且催化活力更高,为下一步进行D-乳酸高温发酵菌株的构建提供了非常好的元件。

1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 菌株和质粒:詹氏乳杆菌(Lactobacillus jensenii DSM 20557)和植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum subsp. plantarum DSM 20174)购自德国微生物菌种保藏中心(Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH,DSMZ);用于酶的克隆表达菌株E.coli DH5α和E. coli BL21(DE3)购自天根生化科技(北京)有限公司;质粒pETDuet-1本实验室保藏。

1.1.2 主要试剂:细菌基因组DNA提取试剂盒、DNA快速回收纯化试剂盒、胶回收试剂盒购自OMEGA公司;Ex Taq DNA聚合酶及限制性内切酶Hind III和Xho I均购自TaKaRa公司。

1.2 方法 1.2.1 引物设计:詹氏乳杆菌DSM20557是已报道过的含有最耐热的D-乳酸脱氢酶基因[9],但是由于其没有基因测序信息,无法查到其D-乳酸脱氢酶基因。因此根据最新詹氏乳杆菌269-3的基因组测序信息(GenBank登录号:ACOY00000000),设计了其D-乳酸脱氢酶基因引物。上游引物序列为:5′-CCCAAGCTTATGACAAAGATTTTTGC-3′,下游引物序列为:5′-TATCTCGAGTTAACCTAACTT AACTGG-3′,扩增的基因含有终止密码子,表达的蛋白在N端有His-tag标签。同时根据公布的植物乳杆菌DSM20174 (ACGZ02000000)的基因组信息(GenBank登录号:ACGZ02000000),设计了其D-乳酸脱氢酶基因(ldhD)引物。上游引物序列为:5′-CGCAAGCTTATGAAAATTATTGCATATGC-3′,下游引物序列为:5′-TATCTCGAGGTCAAACTTAA CTTGTGTGT-3′ (北京睿博兴科生物技术有限公司合成),均分别引入了Hind III和Xho I两个酶切位点(下划线)。为保持与参考文献[3]一致,扩增的来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶基因不含终止密码子,表达的蛋白除了在N端含有His-tag标签外,同时在C端含有S-tag的标签。

1.2.2 重组质粒的构建:詹氏乳杆菌和植物乳杆菌基因组DNA的提取按照试剂盒说明书操作。经过PCR扩增分别得到两株菌的ldhD。将扩增后的目的片段和pETDuet-1使用相应的限制性内切酶酶切后,用T4 DNA连接酶进行连接,转化至E. coli BL21(DE3)中,分别得到携带pETDuet-ldhD20557和pETDuet-ldhD20174质粒的E. coli BL21(DE3)重组菌株。挑取单菌落经菌落PCR及提取质粒双酶切验证后送去北京睿博兴科生物技术有限公司测序。

1.2.3 重组蛋白D-乳酸脱氢酶的表达与纯化:分别挑取携带pETDuet-ldhD20557和pETDuet-ldhD20174质粒的E. coli BL21(DE3)单菌落,至5 mL LB液体培养基中(蛋白胨10 g,酵母浸粉5 g,NaCl 10 g,氨苄青霉素100 mg/L),过夜培养。以1%的接种量转接到200 mL LB新鲜培养基中,37 °C培养直至OD600达到0.6左右,加入终浓度为0.1 mmol/L的IPTG,转到18 °C过夜诱导。

13 000×g、4 °C离心10 min收集E. coli BL21(DE3)菌体细胞,重悬于结合液中(20 mmol/L pH 7.9 Tris,10 mmol/L咪唑,0.5 mol/L NaCl),加入100 μL 20 g/L的溶菌酶,混匀冰上静置30 min,超声破碎细胞,12 000 r/min、4 °C离心10 min,上清液过膜(0.45 μm)后利用Ni-Agarose His标签蛋白纯化试剂盒进行纯化,利用4 mmol/L pH 7.9 Tris,60 mmol/L咪唑,0.1 mol/L NaCl的洗脱液进行杂蛋白的洗脱,利用10 mmol/L pH 7.9 Tris,300 mmol/L咪唑,0.25 mol/L NaCl的洗脱液进行目的蛋白的洗脱,SDS-PAGE检测目的条带,超滤柱脱盐浓缩后,−80 °C保藏。

1.2.4 D-乳酸脱氢酶活力测定:D-乳酸脱氢酶能催化丙酮酸与还原型辅酶Ⅰ(还原态烟酰胺腺嘌呤二核苷酸,NADH)反应生成D-乳酸与氧化态烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+),通过测定NADH的变化可以表征酶反应的快慢[10]

NADH在340 nm有最大吸光度,纯化的D-乳酸脱氢酶活力通过酶标仪检测NADH在340 nm吸光度的减少量,通过标准曲线可以计算出D-乳酸脱氢酶的酶活。具体测定体系(200 μL):pH 7.0磷酸缓冲液100 mmol/L;丙酮酸20 mmol/L;NADH 0.2 mmol/L;酶液适量;检测OD340的变化。1个酶活单位(1 U)定义为每分钟内氧化1 μmol NADH所需要的酶量。

1.2.5 D-乳酸脱氢酶产物光学纯度的测定:根据文献[11]利用高效液相手性柱检测来自两种菌的酶促反应产物的光学纯度,看是否只产生D-乳酸,同时将来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶分别放置在不同温度下(35、45、55 °C)进行反应,观察温度对D-乳酸脱氢酶的立体选择性的影响。其流动相是 2 mmol/L的硫酸铜溶液,柱温是25 °C,检测波长为254 nm,流速为0.5 mL/min,进样5 μL。根据标品确定反应产物的纯度。

1.2.6 D-乳酸脱氢酶的最适反应温度:在0.1 mol/L pH 7.0磷酸缓冲液中,加入底物丙酮酸20 mmol/L,辅酶NADH 0.2 mmol/L。在不同温度下反应,酶标仪测其反应速度,以最高的反应速度作为100%反应活力,得到其他的相对活力,100%反应活力对应的温度即是最适温度。

1.2.7 D-乳酸脱氢酶最适pH的筛选:在不同pH的0.1 mol/L磷酸缓冲液中,加入底物丙酮酸 20 mmol/L,辅酶NADH 0.2 mmol/L,37 °C反应,酶标仪测其反应速度,以最高的反应速度作为100%反应活力,得到其他的相对活力。

1.2.8 D-乳酸脱氢酶动力学参数测定:在最适pH磷酸缓冲液(0.1 mol/L)中加入辅酶NADH 0.2 mmol/L,不同浓度的底物丙酮酸,最适温度下反应,测其反应速度。用双倒数方程求得动力学参数。

1.2.9 D-乳酸脱氢酶的热稳定性和热失活性:将酶在不同温度(25、30、35、40、45、50、55和60 °C)下分别放置10 min,冰浴0.5 h后,在各自最适pH和最适温度下进行反应,分别测定其剩余酶活。定义25 °C温度下处理10 min后的剩余酶活为100%,分别计算在不同温度下处理10 min后酶的相对酶活。T5010定义为酶在放置10 min后,酶活力降低到相对于置于25 °C 10 min的酶活力一半时,所需要的温度。

酶在特定的温度下的热失活性是通过将酶在45 °C下放置0-90 min,冰浴10 min,分别测定其剩余酶活。酶的热失活半寿期(t1/2)是指酶活力降低到初始活力的一半时所需要的时间。

2 结果与分析 2.1 D-乳酸脱氢酶基因克隆、表达与纯化

以詹氏乳杆菌和植物乳杆菌基因组DNA为模板进行PCR扩增,产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测,得到的目的片段大小分别在1 002 bp和999 bp左右,与预期大小一致。经酶切后,连接到经同样酶切处理的pETDuet-1质粒,分别构建了重组质粒pETDuet-ldhD20557和pETDuet-ldhD20174质粒,经测序分析验证,证明重组质粒插入片段正确,并与GenBank中对应的D-乳酸脱氢酶基因一致。

分别使用携带pETDuet-ldhD20557、pETDuet-ldhD20174质粒的E. coli BL21(DE3)来表达D-乳酸脱氢酶,在18 °C低温诱导下,细胞能较好破壁,并且由于目的蛋白上已被添加His标签,通过Ni-Agarose His标签蛋白纯化试剂盒纯化后的蛋白条带单一(图1),可用于下一步酶学实验。

图1  重组D-乳酸脱氢酶的SDS-PAGE分析 Figure 1  Analysis of purified D-LDHs by SDS-PAGE Note: M: Protein molecular weight marker; 1: D-LDH of Lactobacillus plantarum; 2: D-LDH of Lactobacillus jensenii.
2.2 反应产物光学纯度检测

用纯化、脱盐后的詹氏乳杆菌和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶催化丙酮酸与NADH反应,得到反应产物。用高效液相手性柱可以将D-乳酸、L-乳酸分离,根据标准品的出峰时间可以确定反应产物的光学纯度。如图2所示,来自詹氏乳杆菌和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶均仅催化丙酮酸生成D-乳酸,

图2  来自詹氏乳杆菌和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶催化丙酮酸的产物分析 Figure 2  HPLC analyses of the products from pyruvate by D-LDHs,respectively Note: A: The standard of D-lactic acid and L-lactic acid; B,C,D: The products from pyruvate by D-LDHs from Lactobacillus jensenii at 35,45,55 °C,respectively; E: The products from pyruvate by D-LDHs from Lactobacillus plantarum.

而没有L-乳酸的产生,说明两种来源的D-乳酸脱氢酶均是严格的D-乳酸脱氢酶,且来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的催化特性并未受到温度的影响。

2.3 D-乳酸脱氢酶的最适反应温度的确定

图3A可见詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的最适温度在45 °C左右,而植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶(图3B)的最适温度则在30 °C左右,从最适反应温度上来看詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的最适温度要大于植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶的最适温度,因此詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶更适于高温生产D-乳酸。

图3  D-乳酸脱氢酶最适反应温度的测定 Figure 3  The optimal temperature profile of the D-LDHs enzymatic activities Note: A: The optimal temperature for D-LDH of Lactobacillus jensenii; B: The optimal temperature for D-LDH of Lactobacillus plantarum.
2.4 D-乳酸脱氢酶的最适酶反应pH

分别在不同pH条件下的磷酸缓冲液中反应,把最高的活力算作100%的活力。来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶(图4A)和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶(图4B)分别在pH为6.5和7.0的时候酶的活力最高。

图4  D-乳酸脱氢酶的最适反应pH Figure 4  The optimal pH profile of the D-LDHs enzymatic activities Note: A: The optimal pH for D-LDH of Lactobacillus jensenii; B: The optimal pH for D-LDH of Lactobacillus plantarum.
2.5 D-乳酸脱氢酶的热稳定性和热失活性的确定

将酶在不同温度下放置10 min后,再测其酶活。根据酶活的大小判断在不同温度下D-乳酸脱氢酶的稳定性。将放在25 °C的酶作为对照,其反应活力为100%,其他则有相对的活力(图5A)。来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的酶活力随着温度的升高热稳定性在缓慢的降低,当温度达到55 °C以后时,酶活力降低到25 °C的酶活力的一半,60 °C温浴后酶完全失活,所以T5010要在55−60 °C之间。而来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶在温度达到35 °C之后,酶活力迅速下降,仅剩下25 °C下的酶活力的25%左右,T5010仅在35−40 °C之间,与来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的T5010相比低了近20 °C,表明来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶热稳定性良好。

图5  D-乳酸脱氢酶耐热性质的测定 Figure 5  The heat resistant properties of the D-LDHs Note: A: The thermostability of the D-LDHs; B: The thermal inactivation of the D-LDHs. -■-: D-LDHs of Lactobacillus jensenii; -△-: D-LDHs of Lactobacillus plantarum.

将酶在同一温度下放置0−90 min,每10 min测其酶活,根据酶活的大小判断在不同加热时间下的酶热失活性。将放置0 min的酶作为对照,其反应活力为100%的活力,计算其他的相对活力(图5B)。来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶在加热初期酶活力就迅速降到40%左右,t1/2不足10 min。而詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的酶活力虽然在开始温浴的10 min中里,酶活力迅速降到66%,但之后酶活下降缓慢,直至接近80 min时酶活力才降低到初始活力的50%,t1/2在70−80 min之间,与来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶相比较,具有较高耐热性。

2.6 D-乳酸脱氢酶动力学参数的确定

在各自最适反应条件下,分别测定两种不同来源D-乳酸脱氢酶的动力学参数。采用Lineweaver-Burk双倒数法作图,计算D-乳酸脱氢酶对丙酮酸的Km值、kcat值以及kcat/Km值(表1)。其中来自植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶的Km值约是来自詹氏乳杆菌D-乳酸脱氢酶的Km值的14倍,说明植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶对丙酮酸的亲合力不如詹氏乳杆菌。虽然来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的kcat值要比来自植物乳杆菌D-乳酸脱氢酶的kcat值低,但是来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶对底物丙酮酸的亲和力更高(相差13倍),从而使得kcat/Km值比来自植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的kcat/Km值高出3倍多,表明其在D-乳酸的生产上有更高的催化效率,这些说明了来自詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶在生产D-乳酸上更具潜力。

表1  D-乳酸脱氢酶的动力学参数 Table 1  Kinetic parameters of D-LDHs from Lactobacillus jensenii and Lactobacillus plantarum
Lactobacillus jensenii D-LDH Lactobacillus plantarum D-LDH
Km (mmol/L) 0.2±0.0 2.7±0.3
kcat (s−1) 26.3±0.6 91.3±0.9
kcat/Km (L/(mol·s)) (11.0±0.5)x104 (3.4±0.0)x104
3 结论

随着聚乳酸产业对高光学纯D-乳酸的需求不断增长,D-乳酸的发酵生产逐步受到重视。目前D-乳酸发酵菌种均为常温菌株,培养基及发酵系统需要灭菌处理,并且操作过程中要求较高,需要避免染菌,从而提高了D-乳酸的发酵成本。而在L-乳酸发酵中采用耐热的凝结芽孢杆菌作为发酵菌株,该菌株的最佳发酵温度在50 °C以上,可以采用不灭菌的开放式发酵工艺,从而显著降低了发酵成本[12]。由于D-乳酸脱氢酶的不耐热性,限制了D-乳酸的高温发酵菌株的构建。本文通过基因资源发现,并分别克隆了来自詹氏乳杆菌和植物乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的基因,实现其在E. coli BL21(DE3)中的高效异源表达。通过对两株菌的D-乳酸脱氢酶的一系列酶学性质的比较,詹氏乳杆菌比目前报道的来自植物乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶的温度耐受性更佳,并且詹氏乳杆菌的D-乳酸脱氢酶的催化效率也远大于来自植物乳杆菌中的D-乳酸脱氢酶的催化效率。通过本文获取的来自詹氏乳杆菌的耐温D-乳酸脱氢酶,采用耐热的宿主,如凝结芽孢杆菌作为宿主,通过基因工程改造,替换原有的L-乳酸脱氢酶,可以构建重组凝结芽孢杆菌,实现高光学纯D-乳酸的高温开放式发酵,从而显著降低生产成本。

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