《生物工程学报》是由中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办的，国内外公开发行的学术期刊。本刊已被美国化学文摘CA、美国生物学文摘BA、美国医学索引IM/MEDLINE、俄罗斯文摘AJ、日本科学技术社数据库JST、英国国际农业与生物科学研究文摘CABI、美国剑桥科学文摘（自然科学卷）CSA(NS)、波兰哥白尼索引IC、荷兰Elsevier的Scopus、荷兰医学文摘EMBASE、中国科学引文数据库、万方数据库及中国电子期刊光盘版等检索系统收录，是中国自然科学核心期刊。主要报道生物工程研究的新发展、新成果、新技术。刊登的内容包括：基因工程、细胞工程、酶工程、生化工程、组织工程、生物制药、生物信息、生物芯片等。2009年对栏目进行重新划分，详见下表。