低等白蚁肠道里存在着复杂的微生物区系，包括真核微生物鞭毛虫和原核生物，细菌及古细菌。低等白蚁的后肠以特别膨大的囊形胃及其氢氧浓度的明显梯度分布和丰富的微生物区系为特征，是白蚁进行木质纤维素消化的主要器官。后肠内的鞭毛虫能将纤维素水解并发酵为乙酸，二氧化碳和氢，为白蚁提供营养和能源。系统发育研究表明，低等白蚁肠道共生细菌的主要类群为白蚁菌群1、螺旋体、拟杆菌，低G+C mol%含量的革兰氏阳性菌和紫细菌等。而古细菌主要为甲烷短杆菌属的产甲烷菌。共生原核生物与二氧化碳的还原和氮的循环等代谢有关。但肠道共生微生物的具体功能和作用机制还有待进一步的揭示。