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微生物学报

  • 2020年第60卷第1期文章目次
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      2020, 60(1):0-0.

      摘要 (383) HTML (175) PDF 5.57 M (587) 评论 (0) 收藏

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      2020, 60(1):0-0.

      摘要 (296) HTML (174) PDF 965.77 K (448) 评论 (0) 收藏

      摘要:

    • >综述
    • 瘤胃甲烷菌第七目的研究进展

      2020, 60(1):1-12. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190110

      摘要 (1503) HTML (1642) PDF 1.79 M (1266) 评论 (0) 收藏

      摘要:随着测序技术和体外培养技术的进步,越来越多的未知甲烷菌被发现。近年来,第七个甲烷菌目"Methanomassiliicoccales"(简称Mmc)被发现并建立。这一目甲烷菌在进化关系上与热原体古菌相近,但又存在较远距离,独立成簇。Mmc分布广泛,遍布哺乳动物和昆虫的消化道以及稻田、湿地等环境,但不同来源菌株表现出生境偏好性。Mmc缺少将CO2还原为甲基辅酶M的完整代谢途径,导致它们严格利用氢气还原甲基底物生成甲烷。全面深入地了解Mmc在反刍动物瘤胃中发挥的功能,将有助于新型高效反刍动物甲烷减排策略的提出。因此,本文主要综述了Mmc菌株的分离培养、生理生化和基因组特性及其在瘤胃甲烷生成中的作用。

    • 红树林沉积物中微生物驱动硫循环研究进展

      2020, 60(1):13-25. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190117

      摘要 (1163) HTML (4736) PDF 1.42 M (1490) 评论 (0) 收藏

      摘要:红树林滨海湿地是在周期性咸水、淡水作用下形成的特殊生态系统,其沉积物中有机质含量丰富,微生物驱动的营养物质循环活跃。由于红树林沉积物中硫酸盐含量高、硫化物种类多,因此红树林是研究硫元素生物地球化学循环过程和机制的理想系统。本文综述了红树林生态系统中主要的硫元素循环过程,重点总结了硫氧化和硫酸盐还原过程及其功能微生物,分析了影响硫氧化和硫酸盐还原的主要环境因素,并对红树林沉积物中微生物驱动硫循环的重点研究方向进行了展望。鉴于微生物驱动的硫循环过程耦合碳、氮和金属元素循环,本文可为深入探究微生物驱动的生物地球化学元素循环耦合机制提供参考。

    • >研究报告
    • 顺反式肉桂醛对肉源隆德假单胞菌生物被膜和致腐性的抑制作用

      2020, 60(1):26-35. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20180541

      摘要 (878) HTML (1138) PDF 1.44 M (846) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 为比较反式和顺式肉桂醛对肉源假单胞菌生物被膜和致腐性的影响。[方法] 通过平板计数测定两种肉桂醛对隆德假单胞菌的最小抑菌浓度(MIC),结晶紫法、珠涡流法、激光共聚焦显微镜观察、福林法等检测亚抑菌浓度肉桂醛处理下隆德假单胞菌生物被膜形成、运动性和胞外酶活性变化。荧光定量RT-PCR检测肉桂醛对隆德假单胞菌粘附lapA、鞭毛fliC、蛋白酶aprX和脂肪酶lip基因表达量的影响。[结果] 反式和顺式肉桂醛对隆德假单胞菌的MIC分别为200μg/mL和225 μg/mL,1/8 MIC、1/4 MIC、1/2 MIC亚抑菌浓度肉桂醛显著降低隆德假单胞菌生物被膜结晶紫和粘附性,其中1/2 MIC反式和顺式肉桂醛处理下被膜分别减少60.27%和52.05%,菌体粘附降低56.35%和61.10%。亚抑菌浓度肉桂醛显著减少被膜厚度,反式肉桂醛还能显著杀灭被膜菌。且肉桂醛能显著抑制菌体的泳动性,反式肉桂醛对生物被膜和泳动性的抑制效果更强。肉桂醛还能抑制隆德假单胞菌蛋白酶和脂肪酶活性,其中1/2 MIC反式和顺式肉桂醛处理下菌体蛋白酶分别减少61.90%和76.19%,脂肪酶降低40.17%和47.01%。且发现肉桂醛显著降低lapAfliCaprXlip表达量,其中1/2 MIC反式和顺式肉桂醛分别降低4个基因表达量至对照组的0.05-0.16和0.02-0.12倍。[结论] 两种亚抑菌浓度肉桂醛异构体显著抑制隆德假单胞菌生物被膜和致腐性,其中反式肉桂醛对生物被膜抑制较强,而顺式肉桂醛更有效地降低致腐酶活性,其与肉桂醛下调相应基因表达密切相关。

    • 冷激条件下预形成副溶血性弧菌生物被膜的发展变化

      2020, 60(1):36-48. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190089

      摘要 (640) HTML (1020) PDF 5.81 M (819) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 生物被膜可附着在食品或医药生物材料表面引起持续性的感染,而现今极少有关于温度变化对预形成生物被膜影响的研究。本文分析了冷激条件下副溶血性弧菌预形成生物被膜的发展变化。[方法] 以改进的结晶紫染色法检测生物被膜总量,以改进的超声法和Lowry法量化胞外多糖和蛋白质,以RNA试剂盒提取并纯化生物被膜形成的相关基因。同时,激光共聚焦扫描显微镜直观显示了冷激条件下预形成生物被膜形态结构的变化,并深入分析了生物被膜结构的变化,以及生物被膜结构参数和基因转录的相关性。[结果] 在冷激条件下,副溶血性弧菌生物被膜总量增加,同时,副溶血性弧菌预形成的生物被膜胞外多聚物的主要成分胞外多糖和蛋白质也逐渐增加,被膜形成相关鞭毛基因和毒力基因的转录活跃。生物被膜的平均厚度(MT)、平均扩散距离(ADD)、孔隙率(P)、生物被膜粗糙度(BR)和均匀性(H)在冷激过程中也发生了变化,同时这些参数之间存在显著相关性(P<0.01),而生物被膜结构参数与生物被膜相关基因转录的相关性较弱(P<0.05)。[结论] 因此,4℃和10℃冷激不能完全抑制副溶血性弧菌预形成生物被膜的生长,风险评估人员在制定控制食源性感染风险的战略时应考虑到这一因素。

    • 大肠杆菌细胞壁肽聚糖的化学修饰及荧光标记

      2020, 60(1):49-59. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190091

      摘要 (1181) HTML (5483) PDF 2.55 M (1624) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 发展一种活细菌细胞壁荧光标记方法,为后期研究细菌肽聚糖的生物合成和代谢规律以及其与细菌感染致病的关系提供新的工具。[方法] 对细菌肽聚糖的生物合成前体N-乙酰葡萄糖胺-1-磷酸(GlcNAc-1-P)进行化学修饰,设计并合成含有叠氮基的GlcNAc-1-P类似物(化合物5:Ac3GlcNAz-1-P)。将该类似物与细菌共同孵育,使其作为探针进入细菌肽聚糖天然合成途径。之后提取并酶解肽聚糖组分,用红外光谱(FTIR)和液质联用(LC/MS)检测探针是否通过代谢进入细菌肽聚糖结构中。同时用外源荧光素对代谢掺入细菌肽聚糖中的探针进行染色。在激光共聚焦显微镜下观察对活细菌的荧光标记效果。[结果] 通过四步有机合成反应,以79%的总收率成功获得了化合物5。将大肠杆菌(Escherichia coli BL21)作为模式菌株与化合物5共孵育后,其肽聚糖组分的LC/MS和FTIR分析结果均显示探针可以被细菌利用并被代谢掺入到肽聚糖结构中。激光共聚焦显微镜观察结果显示,荧光素可以高效标记表面携带有生物正交探针的大肠杆菌。[结论] 设计合成了一种新型探针,可用于活细菌成像,为深入研究细菌肽聚糖的生物学功能及其与细菌感染致病的关系提供了一种简便的方法。

    • 链霉菌IMS002的分类鉴定及其抗真菌活性物质解析

      2020, 60(1):60-68. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190094

      摘要 (798) HTML (2334) PDF 1.57 M (1198) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 对一株分离自植物根际土壤的具有抗真菌活性的链霉菌IMS002进行菌株分类鉴定,通过活性追踪分离纯化并鉴定有机相中的活性物质。[方法] 通过16S rDNA和5个不同基因(atpDgyrBrecArpoBtrpB)串联聚类分析以及生理生化实验分析,对链霉菌IMS002进行菌株分类鉴定,用扫描电子显微镜观察该株链霉菌的菌丝及孢子形态,以尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)为指示菌进行生物活性追踪,通过硅胶柱层析、凝胶柱层析及高压液相色谱(HPLC)对活性物质进行分离和纯化,使用液质联用高分辨质谱仪、500 MHz核磁共振波谱仪以及圆二色光谱仪确定该物质的化学结构。[结果] IMS002经初步鉴定与产二素链霉菌(Streptomyces ambofaciens)具有较近的亲缘关系,其发酵液对尖孢镰刀菌具有良好的抑菌效果,经分离和纯化以及现代波谱技术分析,确定有机相中的抑菌活性组分为Borrelidin。[结论] 链霉菌IMS002能够产生化合物Borrelidin,该化合物对尖孢镰刀菌具有抑制活性。

    • 一种来源于兼性嗜碱菌Bacillus pseudofirmus 703的β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶

      2020, 60(1):69-80. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190095

      摘要 (579) HTML (1228) PDF 1.42 M (822) 评论 (0) 收藏

      摘要:β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶作用于肽聚糖或几丁质,从其非还原末端水解产生β-D-N-乙酰氨基葡萄糖单体,该酶在细胞壁代谢过程中起重要作用,在医药和生物技术领域也有广泛的应用。[目的] 克隆表达来源于兼性嗜碱菌Bacillus pseudofirmus 703的β-N-乙酰葡糖胺糖苷酶NagZ703,为获得乙酰氨基葡萄糖单体奠定基础。[方法] 以B.pseudofirmus 703基因组DNA为模板,克隆得到了β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶基因NagZ703,通过构建pET28a-nagZ703表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达NagZ703,利用镍柱纯化得到NagZ703纯蛋白,并对其酶学和生化性质进行分析。[结果] NagZ703与其同源蛋白多序列比对分析结果表明,NagZ703属于糖苷水解酶3家族(GH3),由2个结构域构成,催化活性中心由位于N端结构域的Arg232-His234-Arg318组成,和研究最多的Bacillus subtilis 168来源的BsNagZ氨基酸的序列相似性为37%。酶学性质分析表明,以对硝基酚-β-乙酰氨基葡萄糖苷(pNP-β-GlcNAc)为底物,NagZ703的最适反应温度和pH分别为60℃和pH 6.5,比酶活为10.79 U/mg,其KmVmax分别为0.276 mmol/L和0.612 mmol/(mg·min)。该酶具有较好的稳定性,在50℃处理30 min,或在pH 6.0-10.5条件下,4℃保存12 h后,仍保留80%以上的酶活力。EDTA不影响该酶的活性,推测其为非金属依赖酶,且Hg2+可完全抑制酶活性。[结论] 本研究将兼性嗜碱菌Bacillus pseudofirmus 703来源的β-N-乙酰葡糖胺糖苷酶NagZ703在大肠杆菌中成功表达和纯化,并分析了其酶学性质;NagZ703的最适pH为6.5,没有表现出耐盐嗜碱的特征;NagZ703能水解胶体几丁质产生GlcNAc,为酶解生产GlcNAc提供了一条可行的思路。

    • 小麦叶锈菌休眠与萌发夏孢子的差异表达

      2020, 60(1):81-94. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190096

      摘要 (699) HTML (2136) PDF 2.32 M (888) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 小麦叶锈菌引起的小麦叶锈病是小麦的重要病害之一,孢子萌发和侵入气孔是保证叶锈菌正常侵染寄主的重要前提。本研究旨在研究小麦叶锈菌夏孢子萌发的差异表达特性,为揭示萌发的机制及其与致病的关系提供依据。[方法] 利用小麦叶锈菌致病类型THTT的休眠夏孢子和萌发夏孢子进行RNA-seq分析。[结果] 在萌发夏孢子中筛选出相比休眠夏孢子上调表达的基因为4400个,下调基因5325个。GO富集分析发现,上调差异基因主要涉及细胞进程、有机物代谢、信号传导、单个有机体过程、催化酶活性等;下调基因主要涉及单组织过程、单个有机体细胞过程、有机物代谢过程、催化活性调节等过程。利用KEGG分析发现,差异基因共参与109条通路,从中筛选出两条与孢子萌发相关的通路——丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路和囊泡运输中的SNARE蛋白交流。10个基因的定量分析结果与基因数字表达谱分析结果一致。[结论] 研究获得了叶锈菌孢子萌发及侵入气孔过程中的重要差异基因,研究结果为研究叶锈菌致病机制奠定基础。

    • Cr(VI)还原菌Microbacterium sp.BD6的分离鉴定及还原特性

      2020, 60(1):95-105. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190101

      摘要 (528) HTML (1128) PDF 3.36 M (801) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 从电镀厂下水道的淤泥中分离筛选Cr(VI)高效还原菌,并对其生长和还原特性进行研究,以期为Cr(VI)污染的生物修复提供优质的菌种资源和应用参考。[方法] 采用富集培养法从淤泥中分离、筛选出Cr(VI)还原菌,通过生理生化及16S rRNA基因序列分析进行初步鉴定。采用单因素实验确定菌株的最佳培养条件和抵抗胁迫环境的能力,利用外加电子供体改善菌株的Cr(VI)还原能力,筛选出最佳电子供体研究对菌株还原的影响。[结果] 经分离筛选得到1株Cr(VI)耐受还原菌,初步鉴定为微杆菌属(Microbacterium sp.),命名为BD6。菌株BD6适宜在中温、偏碱性的环境条件下生长,能耐受50.0 g/L NaCl的高盐环境。Mn2+对菌种的生长表现出较高的抑制,Ni2+、Zn2+、Cd2+的抑制作用较小,Cu2+产生了一定的促进作用。Cr(VI)对BD6的最低抑菌浓度为1700 mg/L。添加甘油、果糖、乳糖、葡萄糖、丙酮酸钠作为电子供体促进了菌株对Cr(VI)的还原。选择甘油作为菌株还原Cr(VI)的最佳电子供体,无电子供体添加时菌株96 h内对100 mg/L Cr(VI)的还原率仅为69.63%,添加2 g/L的甘油菌株在36 h内的还原率达到了100%。通过加大甘油的添加量可以促进菌株对初始浓度较高Cr(VI)的还原,但要受到Cr(VI)的毒性限制。菌株的最适还原条件和最适生长条件吻合,在50.0 g/L NaCl的高盐条件和50 mg/L Cd2+的毒性环境中,添加2 g/L的甘油,菌株对100 mg/L Cr(VI)的还原率分别为72 h 96.79%、54 h 99.86%。[结论] 分离筛选得到的Microbacterium sp.BD6是一株潜在的可用于Cr(VI)污染生物还原修复的候选菌株。

    • 红树林源白骨壤链霉菌中多环稠合大环内酰胺类化合物的结构多样性研究

      2020, 60(1):106-117. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190102

      摘要 (488) HTML (1081) PDF 620.95 K (1033) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 通过基因组挖掘的方法,研究红树林来源白骨壤链霉菌Streptomyces avicenniae 9-9中多环稠合大环内酰胺(PTMs)类化合物的结构多样性。[方法] 通过生物信息学分析白骨壤链霉菌基因组序列,寻找PTMs类化合物的生物合成相关基因;利用UPLC-MS/MS技术对该菌的次级代谢产物进行分析。[结果] 在白骨壤链霉菌基因组中发现PTMs生物合成基因簇(aviA-D);从菌液提取物中鉴定出5个PTMs类化合物,其中包括ikarugamycin(化合物1)和capsimycin B(化合物2);基于PTMs类化合物5-6-5环类型的MS/MS碎裂规律,对化合物3-5的结构进行了推测。[结论] 红树林来源白骨壤链霉菌S.avicenniae 9-9具有产生5-6-5环类型的PTMs类化合物的能力。

    • 游动放线菌Actinoplanes sp.SE50/110中阿卡波糖脱氧氨基糖单元的生物合成

      2020, 60(1):118-134. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190109

      摘要 (745) HTML (1730) PDF 1.97 M (1091) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 解析Actinoplanes sp. SE50/110(简称SE50/110)中阿卡波糖脱氧氨基糖单元的生物合成机制。[方法] 经过BLASTp分析,推测了AcbA、AcbB和AcbV负责阿卡波糖脱氧氨基糖单元的生物合成。首先,本研究在SE50/110中分别构建了acbAacbBacbV的同框缺失和回补突变株。然后,利用大肠杆菌BL21(DE3)/pGro7分别对AcbA、AcbB和AcbV成功实现了可溶性表达。最后,以D-葡萄糖-1-磷酸为起始底物,通过体外催化反应,研究脱氧氨基糖单元的生物合成过程和相关蛋白的酶学性质。[结果] 在SE50/110中分别缺失acbAacbBacbV基因后,相应突变株均丧失了阿卡波糖的合成能力,将acbAacbBacbV基因分别回补后,各菌株又恢复了阿卡波糖的合成能力,证明了它们均为阿卡波糖生物合成的必需基因。在体外酶促反应中,D-葡萄糖-1-磷酸-胸腺嘧啶转移酶AcbA催化D-葡萄糖-1-磷酸和dTTP合成dTDP-D-葡萄糖,对D-葡萄糖-1-磷酸的Km值为(0.185±0.053)mmol/L,Vmax为(2.366±0.217)μmol/(min·mg);对dTTP的Km值为(4.964±1.089)mmol/L,Vmax为(60.310±5.419)μmol/(min·mg)。dTDP-D-葡萄糖-4,6-脱水酶AcbB催化dTDP-D-葡萄糖转化为dTDP-4-酮基-6-脱氧-D-葡萄糖,Km值和Vmax分别为(0.353±0.089)mmol/L和(306.401±28.740)μmol/(min·mg)。氨基转移酶AcbV催化dTDP-4-酮基-6-脱氧-D-葡萄糖生成dTDP-4-氨基-4,6-双脱氧-D-葡萄糖,Km值和Vmax分别为(1.411±0.293)mmol/L和(3.447±0.279)μmol/(min·mg)。[结论] 本研究阐明了阿卡波糖脱氧氨基糖单元的生物合成过程,为全面解析阿卡波糖生物合成途径奠定了基础。同时,测定了相关酶的动力学参数,为代谢工程改造SE50/110,提高阿卡波糖产量提供了重要的理论依据。

    • 华北落叶松树皮表面细菌群落多样性及其分布格局

      2020, 60(1):135-147. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190113

      摘要 (653) HTML (1065) PDF 1.28 M (929) 评论 (0) 收藏

      摘要:附生在树皮表面的微生物,对于宿主植物的健康和环境适应性发挥重要作用,树皮微生境中微生物群落结构和多样性及其维持机制有待关注。[目的] 本文对庞泉沟自然保护区不同海拔梯度的华北落叶松树干的背阴面与向阳面的树皮表面细菌群落的分布特征和适应机制进行了研究。[方法] 通过PCR-DGGE和高通量测序技术研究细菌群落特征,对树皮表面细菌群落的空间分布特征进行了非度量多维尺度(NMDS)排序分析,通过冗余分析(RDA)研究细菌群落与树皮表面理化性质的关系,单因素方差分析(One-way ANOVA)比较树皮背阴面与向阳面细菌群落组成,基于零偏差分析研究背阴面与向阳面细菌群落构建的驱动因素。[结果] 不同海拔梯度间的细菌群落结构有显著性差异(ANOSIM;P<0.05),树皮表面的微环境因子pH和总碳(TC)与群落结构显著相关(P<0.05);向阳面树皮表面的光合自养型细菌(隶属于蓝细菌门的未命名的目)的相对丰度显著高于背阴面,而根瘤菌目的相对丰度呈相反的趋势,光照可能是引起细菌群落结构发生变化的驱动因子;零偏差分析结果表明,华北落叶松树皮背阴面、向阳面细菌群落的多样性格局主要受环境过滤的影响。[结论] 环境因子主导的确定性过程是驱动该地区华北落叶松树皮表面细菌群落结构和多样性的主导因素。

    • 典型生境巨菌草根内生固氮菌的群落多样性

      2020, 60(1):148-160. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190118

      摘要 (676) HTML (914) PDF 867.89 K (931) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 探究不同生境巨菌草内生固氮菌群落组成多样性及其分异规律。[方法] 采用高通量测序固氮酶nifH标靶基因方法,研究了我国6个典型地区的巨菌草内生固氮菌群,包括福建闽侯县、新疆墨玉县、内蒙古阿拉善左旗、青海贵德县、甘肃安定区、海南那大镇,结合地理气候因子统计,分析了固氮菌多样性的环境驱动机制。[结果] 共获得64122条nifH基因的有效序列,640个OTUs,归属于6个门、10个纲、17个目、24个科、33个属和39个种。不同地区巨菌草中优势内生固氮菌群的种类和丰度存在较大的差异。在门水平上,福州闽侯县、甘肃安定区、新疆墨玉县、内蒙古阿拉善左旗和青海贵德县5个地区的优势菌门均为变形菌门,海南那大镇的优势菌门为变形菌门和蓝藻菌门;属水平上,不同地区巨菌草最优势内生固氮菌类群分别为:福州闽侯县(变形菌门中未定属,80.56%);新疆墨玉县(变形菌门中未定属,33.14%);内蒙古阿拉善左旗(变形菌门中未定属,76.23%);甘肃安定区(α-变形菌纲中的未定属,53.78%);海南那大镇(变形菌门中未定属,38.37%);青海贵德县(变形菌门中未定属,46.12%)。Alpha多样性和Beta多样性分析表明,不同地区巨菌草内生固氮菌群落的多样性存在较大的差异,海南那大镇样本中巨菌草各类内生固氮菌群的多样性及丰富度最高,福建闽侯县样本中巨菌草各类内生固氮菌群的多样性及丰富度最低。典范对应分析(CCA)结果表明,年均降雨量和年均气温是影响巨菌草内生固氮菌群变化的主要因素,其次是土壤有机质、土壤全氮和土壤pH。[结论] 不同地区巨菌草内生固氮菌群落的组成及丰度存在着较大的差异,海南那大镇巨菌草内生固氮菌群的种类及相对丰度较高,本研究可为巨菌草内生固氮菌群的资源开发及其固氮微生物肥料的菌种选育和生产应用提供理论支持。

    • 青藏高原三个盐碱湖的产甲烷菌群和产甲烷代谢途径分析

      2020, 60(1):161-171. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190123

      摘要 (693) HTML (2481) PDF 1.03 M (1266) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 分析青藏高原不同类型盐碱湖中的优势产甲烷菌群和优势产甲烷代谢途径。[方法] 以不同盐度和植被类型的公珠错、昆仲错和无植被的兹格塘错的沉积物为研究对象,通过高通量测序和qPCR定量古菌16S rRNA多样性分析优势古菌类群;模拟原位盐浓度及pH,比较不同产甲烷底物(甲醇、三甲胺、乙酸和H2/CO2)富集沉积物的产甲烷速率,分析其优势产甲烷菌代谢类型。通过添加产甲烷抑制剂(2-溴乙烷磺酸盐),检测沉积物中产甲烷底物积累,确定不同盐碱湖中主要的产甲烷途径。[结果] 昆仲错的优势菌群包括甲基/乙酸型的甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae,11%),乙酸型的甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae,7.9%)和氢型甲烷菌甲烷杆菌目(Methanomicrobiales,7.4%);公珠错和兹格塘错的优势菌群为甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)分别占15%和15.3%,及甲烷杆菌属(Methanobacterium)和甲基型的甲烷叶菌属(Methanolobus)。公珠错和昆仲错分别以乙酸和甲醇产甲烷速率最高,而兹格塘错从不同底物产甲烷速率无差异。抑制甲烷产生后,公珠错主要积累乙酸,昆仲错主要积累甲醇;兹格塘错不仅甲烷排放低,也无产甲烷物质显著积累。[结论] 昆仲错沉积物中的甲烷主要来自甲醇,公珠错中的甲烷主要来自乙酸,而兹格塘错产甲烷和底物积累不活跃。因而推测高原盐碱湖主要的产甲烷途径和菌群可能与周围植被类型的相关性更高,而与盐度的直接相关性较低。

    • 低温几丁质酶基因在乳酸克鲁维酵母中的重组表达及酶学性质表征

      2020, 60(1):172-182. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190129

      摘要 (671) HTML (772) PDF 1.18 M (995) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 通过构建假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp.DL-6)低温几丁质酶(chitinase A,chiA;chitinase C,chiC)的重组乳酸克鲁维酵母菌株、纯化重组蛋白并对其进行酶学性质表征,为低温几丁质酶潜在工业化生产几丁寡糖奠定理论基础。[方法] 人工合成密码子优化的几丁质酶基因,构建重组乳酸克鲁维酵母表达质粒(pKLAC1-chiA、pKLAC1-chiC)并用电脉冲法转化到乳酸克鲁维酵母中,实现低温几丁质酶的可溶表达。利用镍柱亲和层析纯化得到高纯度的重组几丁质酶。[结果] 成功构建产低温几丁质酶的重组乳酸克鲁维酵母并纯化获得高纯度的重组几丁质酶。经SDS-PAGE分析在110 kDa与90 kDa附近出现符合预期大小的蛋白条带。铁氰化钾法测得ChiA和ChiC的酶活分别为51.45 U/mg与108.56 U/mg。最适反应温度分别为20℃和30℃,最适pH分别为8.0和9.0。在低于40℃,pH 8.0-12.0时,ChiA和ChiC重组酶较稳定。ChiA和ChiC对胶体几丁质以及粉状底物α-几丁质与β-几丁质具有明显的降解活性,且具有一定协同降解能力。[结论] 首次实现假交替单胞菌来源的低温几丁质酶在乳酸克鲁维酵母中的重组表达、纯化、酶学性质及其降解产物分析,为其他低温几丁质酶的研究提供借鉴意义。

    • 米曲霉裂解性多糖单加氧酶的异源表达与性质分析

      2020, 60(1):183-199. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190134

      摘要 (626) HTML (1072) PDF 9.99 M (978) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 裂解性多糖单加氧酶(lytic polysaccharide monooxygenases,LPMOs)是一类以氧化方式断裂多聚糖糖苷键的新型木质纤维素降解酶,本文旨在挖掘新型LPMOs并研究其性质。[方法] 从米曲霉中克隆LPMO基因,利用毕赤酵母表达系统进行异源表达,研究其酶学性质和还原剂对其活性的影响,进一步探讨LPMO与糖苷水解酶协同作用时的底物结合现象。[结果] AoLPMO2和AoLPMO5序列分析显示,两种蛋白都为辅助酶类9家族的LPMOs;电击转化至真核毕赤酵母GS115中,获得双拷贝转化子GS/AO5-4,经1%甲醇诱导4 d后,上清液蛋白表达量为0.19±0.01 g/L。重组蛋白分子量约34 kDa,高于理论分子量,推测可能存在翻译后修饰。酶学性质分析表明,AoLPMO5对刺槐豆胶的最适反应温度和pH分别为60℃和5.0,KmVmax分别为8.72±1.99 mg/mL和109.4±12.8μmol/(s·mg)。0.1 mmol/L Cu2+促进酶活性提高(7.10±1.32)%(P<0.05),0.5、2.0和2.5 mmol/L H2O2分别促进酶活性提高(21.11±6.17)%(P<0.01)、(20.22±1.13)%(P<0.01)和(18.40±2.86)%(P<0.01),而没食子酸和维生素C对活性无明显作用。在反应前期,AoLPMO5与刺槐豆胶底物结合从而影响甘露聚糖酶BsMAN3的降解作用。而在反应后期,AoLPMO5与BsMAN3则表现出协同增效作用。[结论] AoLPMO5是一种全新的生物质降解酶,阐明其酶学性质和底物作用方式,将为天然木质纤维素类底物的高效转化与生物炼制,如第二代生物乙醇、功能性低聚寡糖等生产建立基础。

    • 苏云金芽胞杆菌dxr1基因的转录受SigH控制

      2020, 60(1):200-210. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20190136

      摘要 (495) HTML (1048) PDF 1.87 M (880) 评论 (0) 收藏

      摘要:[目的] 萜类化合物广泛分布在生物界,是重要的生命物质。目前发现有两条萜类化合物的生物合成途径,即甲羟戊酸(MVA)途径和2-甲基-D-赤藓糖醇-4-磷酸(MEP)途径。MEP代谢途径中的关键酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构化酶(DXR,EC1.1.1.267)催化1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸生成MEP。枯草芽胞杆菌中dxr基因编码DXR酶,而在苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)中有2个基因(dxr1dxr2)编码DXR酶。通过分析Bt HD73菌株的dxr1基因的转录活性和dxr1突变体表型,明确dxr1基因的转录调控机制和功能。[方法] 通过5'RACE分析dxr1的转录起始位点;β-半乳糖苷酶活性测定分析dxr1基因启动子(Pdxr1)的转录活性;采用同源重组技术分别敲除Bt HD73菌株的dxr1dxr2基因;利用总蛋白定量确定Cry1Ac蛋白产量;利用DXR检测试剂盒检测Bt菌株的DXR活性。[结果] dxr1基因的转录起始位点位于起始密码子上游39 bp处的G碱基;与出发菌株HD73相比,Pdxr1sigH突变体中的转录活性明显降低;dxr1dxr2基因的缺失对菌体生长、芽胞形成率和Cry1Ac蛋白产量无显著影响,但使DXR活性下降。[结论] Bt中dxr1基因的转录受SigH控制,dxr1基因的缺失影响DXR的活性。

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