《菌物学报》主要刊登我国菌物学（包括真菌、粘菌、卵菌、地衣等）研究领域在理论上、实践上有创造性、高水平的科研成果及研究论文、研究快报和综述。报道内容包含菌物系统分类学、形态学、分子与细胞水平的进化菌物学、菌物区系地理学、菌物多样性、濒危菌物物种保护生物学以及与菌物系统分类有关的医学真菌、兽医真菌、生态学、遗传学、生理学、病理学、生物化学等研究论文和简报。

   另外，菌物资源开发利用：食用药用真菌；工业真菌（发酵、酶、多糖、制药等）；真菌生态及生物防治（虫生真菌等）；菌物共生作用（内生真菌、菌根、地衣等）；真菌毒素；致病真菌（人、动物、植物）方面的研究内容也属于本刊报道范围。